sql/4_1_1-to-4_1_2_upgrade.sql

   1 --
   2 --  Comment Meta Language Constructs:
   3 --
   4 --  #IfNotTable
   5 --    argument: table_name
   6 --    behavior: if the table_name does not exist,  the block will be executed
   7
   8 --  #IfTable
   9 --    argument: table_name
  10 --    behavior: if the table_name does exist, the block will be executed
  11
  12 --  #IfMissingColumn
  13 --    arguments: table_name colname
  14 --    behavior:  if the table exists but the column does not,  the block will be executed
  15
  16 --  #IfNotColumnType
  17 --    arguments: table_name colname value
  18 --    behavior:  If the table table_name does not have a column colname with a data type equal to value, then the block will be executed
  19
  20 --  #IfNotRow
  21 --    arguments: table_name colname value
  22 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value, the block will be executed.
  23
  24 --  #IfNotRow2D
  25 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  26 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  27
  28 --  #IfNotRow3D
  29 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  30 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3, the block will be executed.
  31
  32 --  #IfNotRow4D
  33 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3 colname4 value4
  34 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3 AND colname4 = value4, the block will be executed.
  35
  36 --  #IfNotRow2Dx2
  37 --    desc:      This is a very specialized function to allow adding items to the list_options table to avoid both redundant option_id and title in each element.
  38 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  39 --    behavior:  The block will be executed if both statements below are true:
  40 --               1) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2.
  41 --               2) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname3 = value3.
  42
  43 --  #IfRow2D
  44 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  45 --    behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  46
  47 --  #IfIndex
  48 --    desc:      This function is most often used for dropping of indexes/keys.
  49 --    arguments: table_name colname
  50 --    behavior:  If the table and index exist the relevant statements are executed, otherwise not.
  51
  52 --  #IfNotIndex
  53 --    desc:      This function will allow adding of indexes/keys.
  54 --    arguments: table_name colname
  55 --    behavior:  If the index does not exist, it will be created
  56
  57 --  #EndIf
  58 --    all blocks are terminated with a #EndIf statement.
  59
  60 #IfNotTable report_results
  61 CREATE TABLE `report_results` (
  62   `report_id` bigint(20) NOT NULL,
  63   `field_id` varchar(31) NOT NULL default '',
  64   `field_value` text,
  65   PRIMARY KEY (`report_id`,`field_id`)
  66 ) ENGINE=MyISAM;
  67 #EndIf
  68
  69 #IfMissingColumn version v_acl
  70 ALTER TABLE `version` ADD COLUMN `v_acl` int(11) NOT NULL DEFAULT 0;
  71 #EndIf
  72
  73 #IfMissingColumn documents_legal_detail dld_moved
  74 ALTER TABLE `documents_legal_detail` ADD COLUMN `dld_moved` tinyint(4) NOT NULL DEFAULT '0';
  75 #EndIf
  76
  77 #IfMissingColumn documents_legal_detail dld_patient_comments
  78 ALTER TABLE `documents_legal_detail` ADD COLUMN `dld_patient_comments` text COMMENT 'Patient comments stored here';
  79 #EndIf
  80
  81 #IfMissingColumn documents_legal_master dlm_upload_type
  82 ALTER TABLE `documents_legal_master` ADD COLUMN `dlm_upload_type` tinyint(4) DEFAULT '0' COMMENT '0-Provider Uploaded,1-Patient Uploaded';
  83 #EndIf
  84
  85 #IfMissingColumn list_options codes
  86 ALTER TABLE `list_options` ADD COLUMN `codes` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '';
  87 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:449868002' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='1' AND title='Current every day smoker';
  88 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:428041000124106' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='2' AND title='Current some day smoker';
  89 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:8517006' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='3' AND title='Former smoker';
  90 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:266919005' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='4' AND title='Never smoker';
  91 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:77176002' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='5' AND title='Smoker, current status unknown';
  92 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:266927001' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='9' AND title='Unknown if ever smoked';
  93 #EndIf
  94
  95 #IfNotRow2Dx2 list_options list_id smoking_status option_id 15 title Heavy tobacco smoker
  96 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default, codes ) VALUES ('smoking_status', '15', 'Heavy tobacco smoker', 70, 0, "SNOMED-CT:428071000124103");
  97 #EndIf
  98
  99 #IfNotRow2Dx2 list_options list_id smoking_status option_id 16 title Light tobacco smoker
 100 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default, codes ) VALUES ('smoking_status', '16', 'Light tobacco smoker', 80, 0, "SNOMED-CT:428061000124105");
 101 #EndIf
 102
 103 #IfMissingColumn code_types ct_term
 104 ALTER TABLE `code_types` ADD COLUMN ct_term tinyint(1) NOT NULL default 0 COMMENT '1 if this is a clinical term';
 105 #EndIf
 106
 107 #IfNotRow code_types ct_key SNOMED-CT
 108 DROP TABLE IF EXISTS `temp_table_one`;
 109 CREATE TABLE `temp_table_one` (
 110   `id` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
 111   `seq` int(11) NOT NULL DEFAULT '0'
 112 ) ENGINE=MyISAM ;
 113 INSERT INTO `temp_table_one` (`id`, `seq`) VALUES ( IF( ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`) + 1), 100 ) , IF( ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`) + 1), 100 )  );
 114 INSERT INTO code_types (ct_key, ct_id, ct_seq, ct_mod, ct_just, ct_fee, ct_rel, ct_nofs, ct_diag, ct_active, ct_label, ct_external, ct_claim, ct_proc, ct_term ) VALUES ('SNOMED-CT' , (SELECT MAX(`id`) FROM `temp_table_one`), (SELECT MAX(`seq`) FROM `temp_table_one`), 0, '', 0, 0, 1, 0, 0, 'SNOMED Clinical Term', 7, 0, 0, 1);
 115 DROP TABLE `temp_table_one`;
 116 #EndIf
 117
 118 #IfNotColumnType codes code varchar(25)
 119 ALTER TABLE `codes` CHANGE `code` `code` varchar(25) NOT NULL default '';
 120 #EndIf
 121
 122 #IfNotColumnType billing code varchar(20)
 123 ALTER TABLE `billing` CHANGE `code` `code` varchar(20) default NULL;
 124 #EndIf
 125
 126 #IfNotColumnType ar_activity code varchar(20)
 127 ALTER TABLE `ar_activity` CHANGE `code` `code` varchar(20) NOT NULL COMMENT 'empty means claim level';
 128 #EndIf
 129
 130 #IfNotTable procedure_questions
 131 CREATE TABLE `procedure_questions` (
 132   `lab_id`              bigint(20)   NOT NULL DEFAULT 0   COMMENT 'references users.id to identify the lab',
 133   `procedure_code`      varchar(31)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'references procedure_type.procedure_code to identify this order type',
 134   `question_code`       varchar(31)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'code identifying this question',
 135   `seq`                 int(11)      NOT NULL default 0   COMMENT 'sequence number for ordering',
 136   `question_text`       varchar(255) NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'descriptive text for question_code',
 137   `required`            tinyint(1)   NOT NULL DEFAULT 0   COMMENT '1 = required, 0 = not',
 138   `maxsize`             int          NOT NULL DEFAULT 0   COMMENT 'maximum length if text input field',
 139   `fldtype`             char(1)      NOT NULL DEFAULT 'T' COMMENT 'Text, Number, Select, Multiselect, Date, Gestational-age',
 140   `options`             text         NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'choices for fldtype S and T',
 141   `activity`            tinyint(1)   NOT NULL DEFAULT 1   COMMENT '1 = active, 0 = inactive',
 142   PRIMARY KEY (`lab_id`, `procedure_code`, `question_code`)
 143 ) ENGINE=MyISAM;
 144 #EndIf
 145
 146 #IfMissingColumn procedure_type activity
 147 ALTER TABLE `procedure_type` ADD COLUMN `activity` tinyint(1) NOT NULL default 1;
 148 #EndIf
 149
 150 #IfMissingColumn procedure_type notes
 151 ALTER TABLE `procedure_type` ADD COLUMN `notes` varchar(255) NOT NULL default '';
 152 #EndIf
 153
 154 #IfNotTable procedure_answers
 155 CREATE TABLE `procedure_answers` (
 156   `procedure_order_id`  bigint(20)   NOT NULL DEFAULT 0  COMMENT 'references procedure_order.procedure_order_id',
 157   `procedure_order_seq` int(11)      NOT NULL DEFAULT 1  COMMENT 'references procedure_order_code.seq',
 158   `question_code`       varchar(31)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'references procedure_questions.question_code',
 159   `answer_seq`          int(11)      NOT NULL AUTO_INCREMENT COMMENT 'supports multiple-choice questions',
 160   `answer`              varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'answer data',
 161   PRIMARY KEY (`procedure_order_id`, `procedure_order_seq`, `question_code`, `answer_seq`)
 162 ) ENGINE=MyISAM;
 163 #EndIf
 164
 165 #IfNotTable procedure_providers
 166 CREATE TABLE `procedure_providers` (
 167   `ppid`         bigint(20)   NOT NULL auto_increment,
 168   `name`         varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 169   `npi`          varchar(15)  NOT NULL DEFAULT '',
 170   `protocol`     varchar(15)  NOT NULL DEFAULT 'DL',
 171   `login`        varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 172   `password`     varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 173   `orders_path`  varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 174   `results_path` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 175   `notes`        text         NOT NULL DEFAULT '',
 176   PRIMARY KEY (`ppid`)
 177 ) ENGINE=MyISAM;
 178 #EndIf
 179
 180 #IfNotTable procedure_order_code
 181 CREATE TABLE `procedure_order_code` (
 182   `procedure_order_id`  bigint(20)  NOT NULL,
 183   `procedure_order_seq` int(11)     NOT NULL AUTO_INCREMENT COMMENT 'supports multiple tests per order',
 184   `procedure_type_id`   bigint(20)  NOT NULL                COMMENT 'references procedure_type.procedure_type_id',
 185   `procedure_code`      varchar(31) NOT NULL DEFAULT ''     COMMENT 'copy of procedure_type.procedure_code',
 186   PRIMARY KEY (`procedure_order_id`, `procedure_order_seq`)
 187 ) ENGINE=MyISAM;
 188 INSERT INTO procedure_order_code
 189   SELECT po.procedure_order_id, 1, po.procedure_type_id, pt.procedure_code
 190   FROM procedure_order AS po
 191   LEFT JOIN procedure_type AS pt ON pt.procedure_type_id = po.procedure_type_id;
 192 ALTER TABLE `procedure_order`
 193   DROP COLUMN `procedure_type_id`;
 194 #EndIf
 195
 196 #IfMissingColumn procedure_order lab_id
 197 ALTER TABLE `procedure_order`
 198   ADD COLUMN `lab_id`            bigint(20)   NOT NULL DEFAULT 0  COMMENT 'references procedure_providers.ppid',
 199   ADD COLUMN `specimen_type`     varchar(31)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'from the Specimen_Type list',
 200   ADD COLUMN `specimen_location` varchar(31)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'from the Specimen_Location list',
 201   ADD COLUMN `specimen_volume`   varchar(30)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'from a text input field';
 202 UPDATE procedure_order AS po, procedure_order_code AS pc, procedure_type AS pt
 203   SET po.lab_id = pt.lab_id WHERE
 204   po.lab_id = 0 AND
 205   pc.procedure_order_id = po.procedure_order_id AND
 206   pt.procedure_type_id = pc.procedure_type_id AND
 207   pt.lab_id != 0;
 208 #EndIf
 209
 210 #IfMissingColumn procedure_report procedure_order_seq
 211 ALTER TABLE procedure_report
 212   ADD COLUMN `procedure_order_seq` int(11) NOT NULL DEFAULT 1 COMMENT 'references procedure_order_code.procedure_order_seq';
 213 #EndIf
 214
 215 #IfMissingColumn procedure_order diagnoses
 216 ALTER TABLE `procedure_order`
 217   ADD COLUMN `diagnoses` text NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'diagnoses and maybe other coding (e.g. ICD9:111.11)';
 218 #EndIf
 219
 220 #IfMissingColumn procedure_providers remote_host
 221 ALTER TABLE `procedure_providers`
 222   ADD COLUMN `remote_host` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'IP or hostname of remote server',
 223   ADD COLUMN `send_app_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Sending application ID (MSH-3.1)',
 224   ADD COLUMN `send_fac_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Sending facility ID (MSH-4.1)',
 225   ADD COLUMN `recv_app_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Receiving application ID (MSH-5.1)',
 226   ADD COLUMN `recv_fac_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Receiving facility ID (MSH-6.1)',
 227   ADD COLUMN `DorP`        char(1)       NOT NULL DEFAULT 'D' COMMENT 'Debugging or Production (MSH-11)';
 228 #EndIf
 229
 230 #IfMissingColumn procedure_order_code procedure_source
 231 ALTER TABLE `procedure_order_code`
 232   ADD COLUMN `procedure_source` char(1) NOT NULL DEFAULT '1' COMMENT '1=original order, 2=added after order sent';
 233 #EndIf
 234
 235 #IfMissingColumn procedure_result result_code
 236 ALTER TABLE `procedure_result`
 237   ADD COLUMN `result_data_type` char(1) NOT NULL DEFAULT 'S' COMMENT
 238   'N=Numeric, S=String, F=Formatted, E=External, L=Long text as first line of comments',
 239   ADD COLUMN `result_code` varchar(31) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT
 240   'LOINC code, might match a procedure_type.procedure_code',
 241   ADD COLUMN `result_text` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT
 242   'Description of result_code';
 243 # This severs the link between procedure_result and procedure_type:
 244 UPDATE procedure_result AS ps, procedure_type AS pt
 245   SET ps.result_code = pt.procedure_code, ps.result_text = pt.description
 246   WHERE pt.procedure_type_id = ps.procedure_type_id;
 247 ALTER TABLE `procedure_result` DROP COLUMN procedure_type_id;
 248 #EndIf
 249
 250 #IfMissingColumn procedure_questions tips
 251 ALTER TABLE `procedure_questions`
 252   ADD COLUMN `tips` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'Additional instructions for answering the question';
 253 #EndIf
 254
 255 #IfMissingColumn procedure_order_code procedure_name
 256 ALTER TABLE `procedure_order_code`
 257   ADD COLUMN `procedure_name` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT
 258   'Descriptive name of procedure_code';
 259 # This severs the link between procedure_order_code and procedure_type:
 260 UPDATE procedure_order_code AS pc, procedure_order AS po, procedure_type AS pt
 261   SET pc.procedure_name = pt.name
 262   WHERE po.procedure_order_id = pc.procedure_order_id AND
 263   pt.lab_id = po.lab_id AND
 264   pt.procedure_code = pc.procedure_code;
 265 ALTER TABLE `procedure_order_code` DROP COLUMN procedure_type_id;
 266 #EndIf
 267
 268 #IfMissingColumn procedure_report report_notes
 269 ALTER TABLE procedure_report
 270   ADD COLUMN `report_notes` text NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'Notes from the lab';
 271 #EndIf
 272
 273 #IfNotRow code_types ct_key SNOMED-PR
 274 DROP TABLE IF EXISTS `temp_table_one`;
 275 CREATE TABLE `temp_table_one` (
 276   `id` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
 277   `seq` int(11) NOT NULL DEFAULT '0'
 278 ) ENGINE=MyISAM ;
 279 INSERT INTO `temp_table_one` (`id`, `seq`) VALUES ( IF( ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`) + 1), 100 ) , IF( ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`) + 1), 100 )  );
 280 INSERT INTO code_types (ct_key, ct_id, ct_seq, ct_mod, ct_just, ct_fee, ct_rel, ct_nofs, ct_diag, ct_active, ct_label, ct_external, ct_claim, ct_proc, ct_term ) VALUES ('SNOMED-PR' , (SELECT MAX(`id`) FROM `temp_table_one`), (SELECT MAX(`seq`) FROM `temp_table_one`), 0, 'SNOMED', 1, 0, 0, 0, 0, 'SNOMED Procedure', 9, 1, 1, 0);
 281 DROP TABLE `temp_table_one`;
 282 #EndIf
 283
 284 #IfNotTable background_services
 285 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `background_services` (
 286   `name` varchar(31) NOT NULL,
 287   `title` varchar(127) NOT NULL COMMENT 'name for reports',
 288   `active` tinyint(1) NOT NULL default '0',
 289   `running` tinyint(1) NOT NULL default '-1',
 290   `next_run` timestamp NOT NULL default CURRENT_TIMESTAMP,
 291   `execute_interval` int(11) NOT NULL default '0' COMMENT 'minimum number of minutes between function calls,0=manual mode',
 292   `function` varchar(127) NOT NULL COMMENT 'name of background service function',
 293   `require_once` varchar(255) default NULL COMMENT 'include file (if necessary)',
 294   `sort_order` int(11) NOT NULL default '100' COMMENT 'lower numbers will be run first',
 295   PRIMARY KEY  (`name`)
 296 ) ENGINE=MyISAM;
 297 #EndIf
 298
 299 #IfNotRow background_services name phimail
 300 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 301 ('phimail', 'phiMail Direct Messaging Service', 5, 'phimail_check', '/library/direct_message_check.inc', 100);
 302 #EndIf
 303
 304 #IfNotRow users username phimail-service
 305 INSERT INTO `users` (username,password,lname,authorized,active)
 306   VALUES ('phimail-service','NoLogin','phiMail Gateway',0,0);
 307 #EndIf
 308
 309 #IfNotRow users username portal-user
 310 INSERT INTO `users` (username,password,lname,authorized,active)
 311   VALUES ('portal-user','NoLogin','Patient Portal User',0,0);
 312 #EndIf
 313
 314 #IfNotTable direct_message_log
 315 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `direct_message_log` (
 316   `id` bigint(20) NOT NULL auto_increment,
 317   `msg_type` char(1) NOT NULL COMMENT 'S=sent,R=received',
 318   `msg_id` varchar(127) NOT NULL,
 319   `sender` varchar(255) NOT NULL,
 320   `recipient` varchar(255) NOT NULL,
 321   `create_ts` timestamp NOT NULL default CURRENT_TIMESTAMP,
 322   `status` char(1) NOT NULL COMMENT 'Q=queued,D=dispatched,R=received,F=failed',
 323   `status_info` varchar(511) default NULL,
 324   `status_ts` timestamp NULL default NULL,
 325   `patient_id` bigint(20) default NULL,
 326   `user_id` bigint(20) default NULL,
 327   PRIMARY KEY  (`id`),
 328   KEY `msg_id` (`msg_id`),
 329   KEY `patient_id` (`patient_id`)
 330 ) ENGINE=MyISAM;
 331 #EndIf