sql/4_1_1-to-4_1_2_upgrade.sql

   1 --
   2 --  Comment Meta Language Constructs:
   3 --
   4 --  #IfNotTable
   5 --    argument: table_name
   6 --    behavior: if the table_name does not exist,  the block will be executed
   7
   8 --  #IfTable
   9 --    argument: table_name
  10 --    behavior: if the table_name does exist, the block will be executed
  11
  12 --  #IfMissingColumn
  13 --    arguments: table_name colname
  14 --    behavior:  if the table exists but the column does not,  the block will be executed
  15
  16 --  #IfNotColumnType
  17 --    arguments: table_name colname value
  18 --    behavior:  If the table table_name does not have a column colname with a data type equal to value, then the block will be executed
  19
  20 --  #IfNotRow
  21 --    arguments: table_name colname value
  22 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value, the block will be executed.
  23
  24 --  #IfNotRow2D
  25 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  26 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  27
  28 --  #IfNotRow3D
  29 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  30 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3, the block will be executed.
  31
  32 --  #IfNotRow4D
  33 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3 colname4 value4
  34 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3 AND colname4 = value4, the block will be executed.
  35
  36 --  #IfNotRow2Dx2
  37 --    desc:      This is a very specialized function to allow adding items to the list_options table to avoid both redundant option_id and title in each element.
  38 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  39 --    behavior:  The block will be executed if both statements below are true:
  40 --               1) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2.
  41 --               2) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname3 = value3.
  42
  43 --  #IfRow2D
  44 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  45 --    behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  46
  47 --  #IfIndex
  48 --    desc:      This function is most often used for dropping of indexes/keys.
  49 --    arguments: table_name colname
  50 --    behavior:  If the table and index exist the relevant statements are executed, otherwise not.
  51
  52 --  #IfNotIndex
  53 --    desc:      This function will allow adding of indexes/keys.
  54 --    arguments: table_name colname
  55 --    behavior:  If the index does not exist, it will be created
  56
  57 --  #IfNotMigrateClickOptions
  58 --    Custom function for the importing of the Clickoptions settings (if exist) from the codebase into the database
  59
  60 --  #EndIf
  61 --    all blocks are terminated with a #EndIf statement.
  62
  63 #IfNotTable report_results
  64 CREATE TABLE `report_results` (
  65   `report_id` bigint(20) NOT NULL,
  66   `field_id` varchar(31) NOT NULL default '',
  67   `field_value` text,
  68   PRIMARY KEY (`report_id`,`field_id`)
  69 ) ENGINE=MyISAM;
  70 #EndIf
  71
  72 #IfMissingColumn version v_acl
  73 ALTER TABLE `version` ADD COLUMN `v_acl` int(11) NOT NULL DEFAULT 0;
  74 #EndIf
  75
  76 #IfMissingColumn documents_legal_detail dld_moved
  77 ALTER TABLE `documents_legal_detail` ADD COLUMN `dld_moved` tinyint(4) NOT NULL DEFAULT '0';
  78 #EndIf
  79
  80 #IfMissingColumn documents_legal_detail dld_patient_comments
  81 ALTER TABLE `documents_legal_detail` ADD COLUMN `dld_patient_comments` text COMMENT 'Patient comments stored here';
  82 #EndIf
  83
  84 #IfMissingColumn documents_legal_master dlm_upload_type
  85 ALTER TABLE `documents_legal_master` ADD COLUMN `dlm_upload_type` tinyint(4) DEFAULT '0' COMMENT '0-Provider Uploaded,1-Patient Uploaded';
  86 #EndIf
  87
  88 #IfMissingColumn list_options codes
  89 ALTER TABLE `list_options` ADD COLUMN `codes` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '';
  90 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:449868002' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='1' AND title='Current every day smoker';
  91 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:428041000124106' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='2' AND title='Current some day smoker';
  92 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:8517006' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='3' AND title='Former smoker';
  93 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:266919005' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='4' AND title='Never smoker';
  94 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:77176002' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='5' AND title='Smoker, current status unknown';
  95 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:266927001' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='9' AND title='Unknown if ever smoked';
  96 #EndIf
  97
  98 #IfNotRow2Dx2 list_options list_id smoking_status option_id 15 title Heavy tobacco smoker
  99 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default, codes ) VALUES ('smoking_status', '15', 'Heavy tobacco smoker', 70, 0, "SNOMED-CT:428071000124103");
 100 #EndIf
 101
 102 #IfNotRow2Dx2 list_options list_id smoking_status option_id 16 title Light tobacco smoker
 103 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default, codes ) VALUES ('smoking_status', '16', 'Light tobacco smoker', 80, 0, "SNOMED-CT:428061000124105");
 104 #EndIf
 105
 106 #IfMissingColumn code_types ct_term
 107 ALTER TABLE `code_types` ADD COLUMN ct_term tinyint(1) NOT NULL default 0 COMMENT '1 if this is a clinical term';
 108 #EndIf
 109
 110 #IfNotRow code_types ct_key SNOMED-CT
 111 DROP TABLE IF EXISTS `temp_table_one`;
 112 CREATE TABLE `temp_table_one` (
 113   `id` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
 114   `seq` int(11) NOT NULL DEFAULT '0'
 115 ) ENGINE=MyISAM ;
 116 INSERT INTO `temp_table_one` (`id`, `seq`) VALUES ( IF( ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`) + 1), 100 ) , IF( ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`) + 1), 100 )  );
 117 INSERT INTO code_types (ct_key, ct_id, ct_seq, ct_mod, ct_just, ct_fee, ct_rel, ct_nofs, ct_diag, ct_active, ct_label, ct_external, ct_claim, ct_proc, ct_term ) VALUES ('SNOMED-CT' , (SELECT MAX(`id`) FROM `temp_table_one`), (SELECT MAX(`seq`) FROM `temp_table_one`), 0, '', 0, 0, 1, 0, 0, 'SNOMED Clinical Term', 7, 0, 0, 1);
 118 DROP TABLE `temp_table_one`;
 119 #EndIf
 120
 121 #IfNotColumnType codes code varchar(25)
 122 ALTER TABLE `codes` CHANGE `code` `code` varchar(25) NOT NULL default '';
 123 #EndIf
 124
 125 #IfNotColumnType billing code varchar(20)
 126 ALTER TABLE `billing` CHANGE `code` `code` varchar(20) default NULL;
 127 #EndIf
 128
 129 #IfNotColumnType ar_activity code varchar(20)
 130 ALTER TABLE `ar_activity` CHANGE `code` `code` varchar(20) NOT NULL COMMENT 'empty means claim level';
 131 #EndIf
 132
 133 #IfNotTable procedure_questions
 134 CREATE TABLE `procedure_questions` (
 135   `lab_id`              bigint(20)   NOT NULL DEFAULT 0   COMMENT 'references users.id to identify the lab',
 136   `procedure_code`      varchar(31)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'references procedure_type.procedure_code to identify this order type',
 137   `question_code`       varchar(31)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'code identifying this question',
 138   `seq`                 int(11)      NOT NULL default 0   COMMENT 'sequence number for ordering',
 139   `question_text`       varchar(255) NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'descriptive text for question_code',
 140   `required`            tinyint(1)   NOT NULL DEFAULT 0   COMMENT '1 = required, 0 = not',
 141   `maxsize`             int          NOT NULL DEFAULT 0   COMMENT 'maximum length if text input field',
 142   `fldtype`             char(1)      NOT NULL DEFAULT 'T' COMMENT 'Text, Number, Select, Multiselect, Date, Gestational-age',
 143   `options`             text         NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'choices for fldtype S and T',
 144   `activity`            tinyint(1)   NOT NULL DEFAULT 1   COMMENT '1 = active, 0 = inactive',
 145   PRIMARY KEY (`lab_id`, `procedure_code`, `question_code`)
 146 ) ENGINE=MyISAM;
 147 #EndIf
 148
 149 #IfMissingColumn procedure_type activity
 150 ALTER TABLE `procedure_type` ADD COLUMN `activity` tinyint(1) NOT NULL default 1;
 151 #EndIf
 152
 153 #IfMissingColumn procedure_type notes
 154 ALTER TABLE `procedure_type` ADD COLUMN `notes` varchar(255) NOT NULL default '';
 155 #EndIf
 156
 157 #IfNotTable procedure_answers
 158 CREATE TABLE `procedure_answers` (
 159   `procedure_order_id`  bigint(20)   NOT NULL DEFAULT 0  COMMENT 'references procedure_order.procedure_order_id',
 160   `procedure_order_seq` int(11)      NOT NULL DEFAULT 1  COMMENT 'references procedure_order_code.seq',
 161   `question_code`       varchar(31)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'references procedure_questions.question_code',
 162   `answer_seq`          int(11)      NOT NULL AUTO_INCREMENT COMMENT 'supports multiple-choice questions',
 163   `answer`              varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'answer data',
 164   PRIMARY KEY (`procedure_order_id`, `procedure_order_seq`, `question_code`, `answer_seq`)
 165 ) ENGINE=MyISAM;
 166 #EndIf
 167
 168 #IfNotTable procedure_providers
 169 CREATE TABLE `procedure_providers` (
 170   `ppid`         bigint(20)   NOT NULL auto_increment,
 171   `name`         varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 172   `npi`          varchar(15)  NOT NULL DEFAULT '',
 173   `protocol`     varchar(15)  NOT NULL DEFAULT 'DL',
 174   `login`        varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 175   `password`     varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 176   `orders_path`  varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 177   `results_path` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 178   `notes`        text         NOT NULL DEFAULT '',
 179   PRIMARY KEY (`ppid`)
 180 ) ENGINE=MyISAM;
 181 #EndIf
 182
 183 #IfNotTable procedure_order_code
 184 CREATE TABLE `procedure_order_code` (
 185   `procedure_order_id`  bigint(20)  NOT NULL,
 186   `procedure_order_seq` int(11)     NOT NULL AUTO_INCREMENT COMMENT 'supports multiple tests per order',
 187   `procedure_type_id`   bigint(20)  NOT NULL                COMMENT 'references procedure_type.procedure_type_id',
 188   `procedure_code`      varchar(31) NOT NULL DEFAULT ''     COMMENT 'copy of procedure_type.procedure_code',
 189   PRIMARY KEY (`procedure_order_id`, `procedure_order_seq`)
 190 ) ENGINE=MyISAM;
 191 INSERT INTO procedure_order_code
 192   SELECT po.procedure_order_id, 1, po.procedure_type_id, pt.procedure_code
 193   FROM procedure_order AS po
 194   LEFT JOIN procedure_type AS pt ON pt.procedure_type_id = po.procedure_type_id;
 195 ALTER TABLE `procedure_order`
 196   DROP COLUMN `procedure_type_id`;
 197 #EndIf
 198
 199 #IfMissingColumn procedure_order lab_id
 200 ALTER TABLE `procedure_order`
 201   ADD COLUMN `lab_id`            bigint(20)   NOT NULL DEFAULT 0  COMMENT 'references procedure_providers.ppid',
 202   ADD COLUMN `specimen_type`     varchar(31)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'from the Specimen_Type list',
 203   ADD COLUMN `specimen_location` varchar(31)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'from the Specimen_Location list',
 204   ADD COLUMN `specimen_volume`   varchar(30)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'from a text input field';
 205 UPDATE procedure_order AS po, procedure_order_code AS pc, procedure_type AS pt
 206   SET po.lab_id = pt.lab_id WHERE
 207   po.lab_id = 0 AND
 208   pc.procedure_order_id = po.procedure_order_id AND
 209   pt.procedure_type_id = pc.procedure_type_id AND
 210   pt.lab_id != 0;
 211 #EndIf
 212
 213 #IfMissingColumn procedure_report procedure_order_seq
 214 ALTER TABLE procedure_report
 215   ADD COLUMN `procedure_order_seq` int(11) NOT NULL DEFAULT 1 COMMENT 'references procedure_order_code.procedure_order_seq';
 216 #EndIf
 217
 218 #IfMissingColumn procedure_order diagnoses
 219 ALTER TABLE `procedure_order`
 220   ADD COLUMN `diagnoses` text NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'diagnoses and maybe other coding (e.g. ICD9:111.11)';
 221 #EndIf
 222
 223 #IfMissingColumn procedure_providers remote_host
 224 ALTER TABLE `procedure_providers`
 225   ADD COLUMN `remote_host` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'IP or hostname of remote server',
 226   ADD COLUMN `send_app_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Sending application ID (MSH-3.1)',
 227   ADD COLUMN `send_fac_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Sending facility ID (MSH-4.1)',
 228   ADD COLUMN `recv_app_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Receiving application ID (MSH-5.1)',
 229   ADD COLUMN `recv_fac_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Receiving facility ID (MSH-6.1)',
 230   ADD COLUMN `DorP`        char(1)       NOT NULL DEFAULT 'D' COMMENT 'Debugging or Production (MSH-11)';
 231 #EndIf
 232
 233 #IfMissingColumn procedure_order_code procedure_source
 234 ALTER TABLE `procedure_order_code`
 235   ADD COLUMN `procedure_source` char(1) NOT NULL DEFAULT '1' COMMENT '1=original order, 2=added after order sent';
 236 #EndIf
 237
 238 #IfMissingColumn procedure_result result_code
 239 ALTER TABLE `procedure_result`
 240   ADD COLUMN `result_data_type` char(1) NOT NULL DEFAULT 'S' COMMENT
 241   'N=Numeric, S=String, F=Formatted, E=External, L=Long text as first line of comments',
 242   ADD COLUMN `result_code` varchar(31) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT
 243   'LOINC code, might match a procedure_type.procedure_code',
 244   ADD COLUMN `result_text` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT
 245   'Description of result_code';
 246 # This severs the link between procedure_result and procedure_type:
 247 UPDATE procedure_result AS ps, procedure_type AS pt
 248   SET ps.result_code = pt.procedure_code, ps.result_text = pt.description
 249   WHERE pt.procedure_type_id = ps.procedure_type_id;
 250 ALTER TABLE `procedure_result` DROP COLUMN procedure_type_id;
 251 #EndIf
 252
 253 #IfMissingColumn procedure_questions tips
 254 ALTER TABLE `procedure_questions`
 255   ADD COLUMN `tips` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'Additional instructions for answering the question';
 256 #EndIf
 257
 258 #IfMissingColumn procedure_order_code procedure_name
 259 ALTER TABLE `procedure_order_code`
 260   ADD COLUMN `procedure_name` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT
 261   'Descriptive name of procedure_code';
 262 # This severs the link between procedure_order_code and procedure_type:
 263 UPDATE procedure_order_code AS pc, procedure_order AS po, procedure_type AS pt
 264   SET pc.procedure_name = pt.name
 265   WHERE po.procedure_order_id = pc.procedure_order_id AND
 266   pt.lab_id = po.lab_id AND
 267   pt.procedure_code = pc.procedure_code;
 268 ALTER TABLE `procedure_order_code` DROP COLUMN procedure_type_id;
 269 #EndIf
 270
 271 #IfMissingColumn procedure_report report_notes
 272 ALTER TABLE procedure_report
 273   ADD COLUMN `report_notes` text NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'Notes from the lab';
 274 #EndIf
 275
 276 #IfNotRow code_types ct_key SNOMED-PR
 277 DROP TABLE IF EXISTS `temp_table_one`;
 278 CREATE TABLE `temp_table_one` (
 279   `id` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
 280   `seq` int(11) NOT NULL DEFAULT '0'
 281 ) ENGINE=MyISAM ;
 282 INSERT INTO `temp_table_one` (`id`, `seq`) VALUES ( IF( ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`) + 1), 100 ) , IF( ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`) + 1), 100 )  );
 283 INSERT INTO code_types (ct_key, ct_id, ct_seq, ct_mod, ct_just, ct_fee, ct_rel, ct_nofs, ct_diag, ct_active, ct_label, ct_external, ct_claim, ct_proc, ct_term ) VALUES ('SNOMED-PR' , (SELECT MAX(`id`) FROM `temp_table_one`), (SELECT MAX(`seq`) FROM `temp_table_one`), 0, 'SNOMED', 1, 0, 0, 0, 0, 'SNOMED Procedure', 9, 1, 1, 0);
 284 DROP TABLE `temp_table_one`;
 285 #EndIf
 286
 287 #IfNotTable background_services
 288 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `background_services` (
 289   `name` varchar(31) NOT NULL,
 290   `title` varchar(127) NOT NULL COMMENT 'name for reports',
 291   `active` tinyint(1) NOT NULL default '0',
 292   `running` tinyint(1) NOT NULL default '-1',
 293   `next_run` timestamp NOT NULL default CURRENT_TIMESTAMP,
 294   `execute_interval` int(11) NOT NULL default '0' COMMENT 'minimum number of minutes between function calls,0=manual mode',
 295   `function` varchar(127) NOT NULL COMMENT 'name of background service function',
 296   `require_once` varchar(255) default NULL COMMENT 'include file (if necessary)',
 297   `sort_order` int(11) NOT NULL default '100' COMMENT 'lower numbers will be run first',
 298   PRIMARY KEY  (`name`)
 299 ) ENGINE=MyISAM;
 300 #EndIf
 301
 302 #IfNotRow background_services name phimail
 303 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 304 ('phimail', 'phiMail Direct Messaging Service', 5, 'phimail_check', '/library/direct_message_check.inc', 100);
 305 #EndIf
 306
 307 #IfNotRow users username phimail-service
 308 INSERT INTO `users` (username,password,lname,authorized,active)
 309   VALUES ('phimail-service','NoLogin','phiMail Gateway',0,0);
 310 #EndIf
 311
 312 #IfNotRow users username portal-user
 313 INSERT INTO `users` (username,password,lname,authorized,active)
 314   VALUES ('portal-user','NoLogin','Patient Portal User',0,0);
 315 #EndIf
 316
 317 #IfNotTable direct_message_log
 318 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `direct_message_log` (
 319   `id` bigint(20) NOT NULL auto_increment,
 320   `msg_type` char(1) NOT NULL COMMENT 'S=sent,R=received',
 321   `msg_id` varchar(127) NOT NULL,
 322   `sender` varchar(255) NOT NULL,
 323   `recipient` varchar(255) NOT NULL,
 324   `create_ts` timestamp NOT NULL default CURRENT_TIMESTAMP,
 325   `status` char(1) NOT NULL COMMENT 'Q=queued,D=dispatched,R=received,F=failed',
 326   `status_info` varchar(511) default NULL,
 327   `status_ts` timestamp NULL default NULL,
 328   `patient_id` bigint(20) default NULL,
 329   `user_id` bigint(20) default NULL,
 330   PRIMARY KEY  (`id`),
 331   KEY `msg_id` (`msg_id`),
 332   KEY `patient_id` (`patient_id`)
 333 ) ENGINE=MyISAM;
 334 #EndIf
 335
 336 #IfMissingColumn procedure_order_code diagnoses
 337 ALTER TABLE `procedure_order_code`
 338   ADD COLUMN `diagnoses` text NOT NULL DEFAULT '' COMMENT
 339   'diagnoses and maybe other coding (e.g. ICD9:111.11)';
 340 UPDATE procedure_order_code AS pc, procedure_order AS po
 341   SET pc.diagnoses = po.diagnoses
 342   WHERE po.procedure_order_id = pc.procedure_order_id;
 343 #EndIf
 344
 345 # At this point this obsolete column will always exist, because it was created
 346 # and then moved to another table during this release cycle.
 347 ALTER TABLE `procedure_order` DROP COLUMN diagnoses;
 348
 349 #IfMissingColumn lists modifydate
 350 ALTER TABLE `lists` ADD COLUMN `modifydate` timestamp NOT NULL default CURRENT_TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP;
 351 #EndIf
 352
 353 #IfMissingColumn code_types ct_problem
 354 ALTER TABLE `code_types` ADD COLUMN `ct_problem` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '1 if this code type is used as a medical problem';
 355 UPDATE code_types SET ct_problem = 1 WHERE ct_key='ICD9';
 356 UPDATE code_types SET ct_problem = 1 WHERE ct_key='DSMIV';
 357 UPDATE code_types SET ct_problem = 1 WHERE ct_key='ICD10';
 358 UPDATE code_types SET ct_problem = 1 WHERE ct_key='SNOMED';
 359 #EndIf
 360
 361 #IfMissingColumn procedure_order date_transmitted
 362 ALTER TABLE `procedure_order`
 363   ADD COLUMN `date_transmitted` datetime DEFAULT NULL COMMENT
 364   'time of order transmission, null if unsent';
 365 UPDATE procedure_order SET date_transmitted = date_ordered WHERE
 366   date_transmitted IS NULL AND date_ordered IS NOT NULL;
 367 #EndIf
 368
 369 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id issue_types
 370 INSERT INTO list_options (`list_id`,`option_id`,`title`) VALUES ('lists','issue_types','Issue Types');
 371 #EndIf
 372
 373 #IfNotMigrateClickOptions
 374 #EndIf
 375
 376 #IfNotTable issue_types
 377 CREATE TABLE `issue_types` (
 378   `category` varchar(75) NOT NULL DEFAULT '',
 379   `type` varchar(75) NOT NULL DEFAULT '',
 380   `plural` varchar(75) NOT NULL DEFAULT '',
 381   `singular` varchar(75) NOT NULL DEFAULT '',
 382   `abbreviation` varchar(75) NOT NULL DEFAULT '',
 383   `style` smallint(6) NOT NULL DEFAULT '0',
 384   `force_show` smallint(6) NOT NULL DEFAULT '0',
 385   `ordering` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
 386   PRIMARY KEY (`category`,`type`)
 387 ) ENGINE=MyISAM;
 388 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('10','default','medical_problem','Medical Problems','Problem','P','0','1');
 389 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('30','default','medication','Medications','Medication','M','0','1');
 390 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('20','default','allergy','Allergies','Allergy','A','0','1');
 391 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('40','default','surgery','Surgeries','Surgery','S','0','0');
 392 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('50','default','dental','Dental Issues','Dental','D','0','0');
 393 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('10','athletic_team','football_injury','Football Injuries','Injury','I','2','1');
 394 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('20','athletic_team','medical_problem','Medical Problems','Medical','P','0','0');
 395 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('30','athletic_team','allergy','Allergies','Allergy','A','1','0');
 396 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('40','athletic_team','general','General','General','G','1','0');
 397 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('10','ippf_specific','medical_problem','Medical Problems','Problem','P','0','1');
 398 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('30','ippf_specific','medication','Medications','Medication','M','0','1');
 399 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('20','ippf_specific','allergy','Allergies','Allergy','Y','0','1');
 400 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('40','ippf_specific','surgery','Surgeries','Surgery','S','0','0');
 401 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('50','ippf_specific','ippf_gcac','Abortions','Abortion','A','3','0');
 402 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('60','ippf_specific','contraceptive','Contraception','Contraception','C','4','0');
 403 #EndIf
 404
 405 #IfMissingColumn issue_types active
 406 ALTER TABLE `issue_types` ADD COLUMN `active` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '1';
 407 #EndIf
 408
 409 #IfNotColumnType immunizations administered_date datetime
 410 ALTER TABLE `immunizations`
 411   MODIFY COLUMN administered_date datetime DEFAULT NULL;
 412 #EndIf
 413
 414 #IfMissingColumn immunizations amount_administered
 415 ALTER TABLE `immunizations`
 416   ADD COLUMN `amount_administered` int(11) DEFAULT NULL;
 417 #EndIf
 418
 419 #IfMissingColumn immunizations amount_administered_unit
 420 ALTER TABLE `immunizations`
 421   ADD COLUMN `amount_administered_unit` varchar(50) DEFAULT NULL;
 422 #EndIf
 423
 424 #IfMissingColumn immunizations expiration_date
 425 ALTER TABLE `immunizations`
 426   ADD COLUMN `expiration_date` date DEFAULT NULL;
 427 #EndIf
 428
 429 #IfMissingColumn immunizations route
 430 ALTER TABLE `immunizations`
 431   ADD COLUMN `route` varchar(100) DEFAULT NULL;
 432 #EndIf
 433
 434 #IfMissingColumn immunizations administration_site
 435 ALTER TABLE `immunizations`
 436   ADD COLUMN `administration_site` varchar(100) DEFAULT NULL;
 437 #EndIf
 438
 439 #IfMissingColumn immunizations added_erroneously
 440 ALTER TABLE `immunizations`
 441   ADD COLUMN `added_erroneously` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '0';
 442 #EndIf
 443
 444 #IfMissingColumn documents path_depth
 445 ALTER TABLE `documents` ADD COLUMN `path_depth` TINYINT DEFAULT '1' COMMENT 'Depth of path to use in url to find document. Not applicable for CouchDB.';
 446 #Endif
 447
 448 #IfNotTable users_secure
 449 CREATE TABLE `users_secure` (
 450   `id` bigint(20) NOT NULL,
 451   `username` varchar(255) DEFAULT NULL,
 452   `password` varchar(255),
 453   `salt` varchar(255),
 454   `last_update` timestamp NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP,
 455   `password_history1` varchar(255),
 456   `salt_history1` varchar(255),
 457   `password_history2` varchar(255),
 458   `salt_history2` varchar(255),
 459   PRIMARY KEY (`id`),
 460   UNIQUE KEY `USERNAME_ID` (`id`,`username`)
 461 ) ENGINE=InnoDb;
 462 #EndIf
 463
 464 #IfMissingColumn patient_access_onsite portal_salt
 465 ALTER TABLE `patient_access_onsite` ADD COLUMN `portal_salt` VARCHAR(100) NULL;
 466 #Endif
 467
 468 #IfMissingColumn procedure_order clinical_hx
 469 ALTER TABLE `procedure_order`
 470   ADD COLUMN `clinical_hx` varchar(255) DEFAULT '' COMMENT
 471   'clinical history text that may be relevant to the order';
 472 #EndIf
 473
 474 #IfMissingColumn procedure_order_code do_not_send
 475 ALTER TABLE `procedure_order_code`
 476   ADD COLUMN `do_not_send` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '0 = normal, 1 = do not transmit to lab';
 477 #EndIf
 478