library/standard_tables_capture.inc

   1 <?php
   2 /**
   3  * This library contains functions that implement the database load processing
   4  * of external database files into openEMR
   5  *
   6  * Copyright (C) 2011 Phyaura, LLC <info@phyaura.com>
   7  *
   8  * LICENSE: This program is free software; you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  13  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
  15  * GNU General Public License for more details.
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  17  * along with this program. If not, see <http://opensource.org/licenses/gpl-license.php>;.
  18  *
  19  * @package OpenEMR
  20  * @author  Rohit Kumar <pandit.rohit@netsity.com>
  21  * @author  (Mac) Kevin McAloon <mcaloon@patienthealthcareanalytics.com>
  22  * @author  Brady Miller <brady@sparmy.com>
  23  * @link    http://www.open-emr.org
  24  */
  25
  26
  27 // Function to copy a package to temp
  28 // $type (RXNORM, SNOMED etc.)
  29 function temp_copy($filename,$type) {
  30
  31     if(!file_exists($filename)) {
  32         return false;
  33     }
  34
  35     if(!file_exists($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type)) {
  36         if(!mkdir($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type, 0777, true)) {
  37                 return false;
  38         }
  39     }
  40
  41     if(copy($filename,$GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type."/".basename($filename))) {
  42         return true;
  43     }
  44     else {
  45         return false;
  46     }
  47 }
  48
  49 // Function to unarchive a package
  50 // $type (RXNORM, SNOMED etc.)
  51 function temp_unarchive($filename,$type) {
  52     $filename = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type."/".basename($filename);
  53     if(!file_exists($filename)) {
  54         return false;
  55     }
  56     else {
  57
  58         // let's uzip the file
  59         // use checksums to determine the "version"
  60         //
  61         $zip = new ZipArchive;
  62         if ($zip->open($filename) === TRUE) {
  63             if (!($zip->extractTo($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type))) {
  64                 return false;
  65             }
  66             $zip->close();
  67             return true;
  68         }
  69         else {
  70             return false;
  71         }
  72     }
  73 }
  74
  75 // Function to import the RXNORM tables
  76 // $is_windows_flag - pass the IS_WINDOWS constant
  77 function rxnorm_import($is_windows_flag) {
  78
  79     // set paths
  80     $dirScripts = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/RXNORM/scripts/mysql";
  81     $dir = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/RXNORM/rrf";
  82     $dir=str_replace('\\','/',$dir);
  83
  84     $rx_info = array();
  85     $rx_info['rxnatomarchive'] = array('title' => "Archive Data", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNATOMARCHIVE.RRF", 'filename' => "RXNATOMARCHIVE.RRF", 'table' => "rxnatomarchive", 'required' => 0);
  86     $rx_info['rxnconso'] = array('title' => "Concept Names and Sources", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNCONSO.RRF", 'filename' => "RXNCONSO.RRF", 'table' => "rxnconso",  'required' => 1);
  87     $rx_info['rxncui'] = array('title' => "Retired RXCUI Data", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNCUI.RRF", 'filename' => "RXNCUI.RRF", 'table' => "rxncui", 'required' => 1);
  88     $rx_info['rxncuichanges'] = array('title' => "Concept Changes", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNCUICHANGES.RRF", 'filename' => "RXNCUICHANGES.RRF", 'table' => "rxncuichanges", 'required' => 1);
  89     $rx_info['rxndoc'] = array('title' => "Documentation for Abbreviated Values", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNDOC.RRF", 'filename' => "RXNDOC.RRF", 'table' => "rxndoc", 'required' => 1);
  90     $rx_info['rxnrel'] = array('title' => "Relationships", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNREL.RRF", 'filename' => "RXNREL.RRF", 'table' => "rxnrel", 'required' => 1);
  91     $rx_info['rxnsab'] = array('title' => "Source Information", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNSAB.RRF", 'filename' => "RXNSAB.RRF", 'table' => "rxnsab", 'required' => 0);
  92     $rx_info['rxnsat'] = array('title' => "Simple Concept and Atom Attributes", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNSAT.RRF", 'filename' => "RXNSAT.RRF", 'table' => "rxnsat", 'required' => 0);
  93     $rx_info['rxnsty'] = array('title' => "Semantic Types ", 'dir' => "$dir", 'origin' => "RXNSTY.RRF", 'filename' => "RXNSTY.RRF", 'table' => "rxnsty", 'required' => 1);
  94
  95     // load scripts
  96     $file_load = file_get_contents($dirScripts.'/Table_scripts_mysql_rxn.sql', true);
  97     if ($is_windows_flag) {
  98         $data_load = file_get_contents($dirScripts.'/Load_scripts_mysql_rxn_win.sql', true);
  99     }
 100     else {
 101         $data_load = file_get_contents($dirScripts.'/Load_scripts_mysql_rxn_unix.sql', true);
 102     }
 103     $indexes_load = file_get_contents($dirScripts.'/Indexes_mysql_rxn.sql', true);
 104
 105     //
 106     // Creating the structure for table and applying indexes
 107     //
 108
 109     $file_array=explode(";",$file_load);
 110     foreach($file_array as $val){
 111         if(trim($val)!='')
 112         {
 113             sqlStatement($val);
 114         }
 115     }
 116
 117     $indexes_array=explode(";",$indexes_load);
 118
 119     foreach($indexes_array as $val1){
 120         if(trim($val1)!='')
 121         {
 122             sqlStatement($val1);
 123         }
 124     }
 125
 126     $data=explode(";",$data_load);
 127     foreach($data as $val)
 128     {
 129         foreach($rx_info as $key => $value)
 130         {
 131             $file_name= $value['origin'];
 132             $replacement=$dir."/".$file_name;
 133
 134             $pattern='/'.$file_name.'/';
 135             if(strpos($val,$file_name) !== false) {
 136                 $val1 = str_replace($file_name,$replacement,$val);
 137                 if(trim($val1)!='') {
 138                     sqlStatement($val1);
 139                 }
 140             }
 141         }
 142     }
 143     return true;
 144 }
 145
 146 // Function to import SNOMED tables
 147 function snomed_import($us_extension=FALSE) {
 148
 149     // set up array
 150     $table_array_for_snomed=array(
 151         "sct_concepts_drop"=>"DROP TABLE IF EXISTS `sct_concepts`",
 152         "sct_concepts_structure"=>"CREATE TABLE IF NOT EXISTS `sct_concepts` (
 153             `ConceptId` bigint(20) NOT NULL,
 154             `ConceptStatus` int(11) NOT NULL,
 155             `FullySpecifiedName` varchar(255) NOT NULL,
 156             `CTV3ID` varchar(5) NOT NULL,
 157             `SNOMEDID` varchar(8) NOT NULL,
 158             `IsPrimitive` tinyint(1) NOT NULL,
 159             PRIMARY KEY (`ConceptId`)
 160             ) ENGINE=MyISAM",
 161         "sct_descriptions_drop"=>"DROP TABLE IF EXISTS `sct_descriptions`",
 162         "sct_descriptions_structure"=>"CREATE TABLE IF NOT EXISTS `sct_descriptions` (
 163             `DescriptionId` bigint(20) NOT NULL,
 164             `DescriptionStatus` int(11) NOT NULL,
 165             `ConceptId` bigint(20) NOT NULL,
 166             `Term` varchar(255) NOT NULL,
 167             `InitialCapitalStatus` tinyint(1) NOT NULL,
 168             `DescriptionType` int(11) NOT NULL,
 169             `LanguageCode` varchar(8) NOT NULL,
 170             PRIMARY KEY (`DescriptionId`)
 171             ) ENGINE=MyISAM",
 172         "sct_relationships_drop"=>"DROP TABLE IF EXISTS `sct_relationships`",
 173         "sct_relationships_structure"=>"CREATE TABLE IF NOT EXISTS `sct_relationships` (
 174             `RelationshipId` bigint(20) NOT NULL,
 175             `ConceptId1` bigint(20) NOT NULL,
 176             `RelationshipType` bigint(20) NOT NULL,
 177             `ConceptId2` bigint(20) NOT NULL,
 178             `CharacteristicType` int(11) NOT NULL,
 179             `Refinability` int(11) NOT NULL,
 180             `RelationshipGroup` int(11) NOT NULL,
 181             PRIMARY KEY (`RelationshipId`)
 182             ) ENGINE=MyISAM"
 183 );
 184
 185     // set up paths
 186     $dir_snomed = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/SNOMED/";
 187     $sub_path="Terminology/Content/";
 188     $dir=$dir_snomed;
 189     $dir=str_replace('\\','/',$dir);
 190
 191     // executing the create statement for tables, these are defined in snomed_capture.inc file
 192     // this is skipped if the US extension is being added
 193     if (!$us_extension) {
 194         foreach($table_array_for_snomed as $val){
 195             if(trim($val)!=''){
 196                 sqlStatement($val);
 197             }
 198         }
 199     }
 200
 201     // reading the SNOMED directory and identifying the files to import and replacing the variables by originals values.
 202     if( is_dir($dir) && $handle = opendir($dir)) {
 203         while (false !== ($filename = readdir($handle))) {
 204             if ($filename != "." && $filename != ".." && !strpos($filename,"zip")) {
 205                 $path=$dir."".$filename."/".$sub_path;
 206                 if (!(is_dir($path))) {
 207                     $path=$dir."".$filename."/RF1Release/".$sub_path;
 208                 }
 209                 if( is_dir($path) && $handle1 = opendir($path)) {
 210                     while (false !== ($filename1 = readdir($handle1))) {
 211                         $load_script="Load data local infile '#FILENAME#' into table #TABLE# fields terminated by '\\t' ESCAPED BY '' lines terminated by '\\n' ignore 1 lines   ";
 212                         $array_replace=array("#FILENAME#","#TABLE#");
 213                         if ($filename1 != "." && $filename1 != "..") {
 214                             $file_replace=$path.$filename1;
 215                             if(strpos($filename1,"Concepts") !== false){
 216                                 $new_str=str_replace($array_replace,array($file_replace,"sct_concepts"),$load_script);
 217                             }
 218                             if(strpos($filename1,"Descriptions") !== false){
 219                                 $new_str=str_replace($array_replace,array($file_replace,"sct_descriptions"),$load_script);
 220                             }
 221                             if(strpos($filename1,"Relationships") !== false){
 222                                 $new_str=str_replace($array_replace,array($file_replace,"sct_relationships"),$load_script);
 223                             }
 224                             if($new_str!=''){
 225                                 sqlStatement($new_str);
 226                             }
 227                         }
 228                     }
 229                 }
 230                 closedir($handle1);
 231             }
 232         }
 233         closedir($handle);
 234     }
 235     return true;
 236 }
 237
 238 // Function to import ICD tables $type differentiates ICD 9, 10 and eventually 11 (circa 2018 :-) etc.
 239 //
 240 function icd_import($type) {
 241
 242     // set up paths
 243     $dir_icd = $GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type."/";
 244     $dir=str_replace('\\','/',$dir_icd);
 245     $db_load = '';
 246     $db_update = '';
 247
 248     // the incoming array is a metadata array containing keys that substr match to the incoming filename
 249     // followed by the field name, position and length of each fixed length text record in the incoming
 250     // flat files. There are separate definitions for ICD 9 and 10 based on the type passed in
 251     $incoming = array();
 252     if ($type == 'ICD9') {
 253         $incoming['SHORT_DX'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_dx_code",
 254                 '#FLD1#' => "dx_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 255                 '#FLD2#' => "short_desc", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 60);
 256         $incoming['SHORT_SG'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_sg_code",
 257                 '#FLD1#' => "sg_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 4,
 258                 '#FLD2#' => "short_desc", '#POS2#' => 6, '#LEN2#' => 60);
 259         $incoming['LONG_SG'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_sg_long_code",
 260                 '#FLD1#' => "sg_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 4,
 261                 '#FLD2#' => "long_desc", '#POS2#' => 6, '#LEN2#' => 300);
 262         $incoming['LONG_DX'] = array('#TABLENAME#' => "icd9_dx_long_code",
 263                 '#FLD1#' => "dx_code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 264                 '#FLD2#' => "long_desc", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 300);
 265     } else {
 266
 267         $incoming['icd10pcs_order_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_pcs_order_code",
 268                 '#FLD1#' => "pcs_code", '#POS1#' => 7, '#LEN1#' => 7,
 269                 '#FLD2#' => "valid_for_coding", '#POS2#' => 15, '#LEN2#' => 1,
 270                 '#FLD3#' => "short_desc", '#POS3#' => 17, '#LEN3#' => 60,
 271                 '#FLD4#' => "long_desc", '#POS4#' => 78, '#LEN4#' => 300);
 272         $incoming['icd10cm_order_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_dx_order_code",
 273                 '#FLD1#' => "dx_code", '#POS1#' =>7, '#LEN1#' => 7,
 274                 '#FLD2#' => "valid_for_coding", '#POS2#' => 15, '#LEN2#' => 1,
 275                 '#FLD3#' => "short_desc", '#POS3#' => 17, '#LEN3#' => 60,
 276                 '#FLD4#' => "long_desc", '#POS4#' => 78, '#LEN4#' => 300);
 277         $incoming['reimb_map_pr_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_reimbr_pcs_9_10",
 278                 '#FLD1#' => "code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 279                 '#FLD2#' => "code_cnt", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 1,
 280                 '#FLD3#' => "ICD9_01", '#POS3#' => 11, '#LEN3#' => 5,
 281                 '#FLD4#' => "ICD9_02", '#POS4#' => 17, '#LEN4#' => 5,
 282                 '#FLD5#' => "ICD9_03", '#POS5#' => 23, '#LEN5#' => 5,
 283                 '#FLD6#' => "ICD9_04", '#POS6#' => 29, '#LEN6#' => 5,
 284                 '#FLD7#' => "ICD9_05", '#POS7#' => 35, '#LEN7#' => 5,
 285                 '#FLD8#' => "ICD9_06", '#POS8#' => 41, '#LEN8#' => 5);
 286         $incoming['reimb_map_dx_'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_reimbr_dx_9_10",
 287                 '#FLD1#' => "code", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 288                 '#FLD2#' => "code_cnt", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 1,
 289                 '#FLD3#' => "ICD9_01", '#POS3#' => 11, '#LEN3#' => 5,
 290                 '#FLD4#' => "ICD9_02", '#POS4#' => 17, '#LEN4#' => 5,
 291                 '#FLD5#' => "ICD9_03", '#POS5#' => 23, '#LEN5#' => 5,
 292                 '#FLD6#' => "ICD9_04", '#POS6#' => 29, '#LEN6#' => 5,
 293                 '#FLD7#' => "ICD9_05", '#POS7#' => 35, '#LEN7#' => 5,
 294                 '#FLD8#' => "ICD9_06", '#POS8#' => 41, '#LEN8#' => 5);
 295         $incoming['2012_I10gem'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_dx_10_9",
 296                 '#FLD1#' => "dx_icd10_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 297                 '#FLD2#' => "dx_icd9_target", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 5,
 298                 '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 299         $incoming['2012_I9gem'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_dx_9_10",
 300                 '#FLD1#' => "dx_icd9_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 301                 '#FLD2#' => "dx_icd10_target", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 7,
 302                 '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 303         $incoming['gem_pcsi9'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_pcs_10_9",
 304                 '#FLD1#' => "pcs_icd10_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 7,
 305                 '#FLD2#' => "pcs_icd9_target", '#POS2#' => 9, '#LEN2#' => 5,
 306                 '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 307         $incoming['gem_i9pcs'] = array('#TABLENAME#' => "icd10_gem_pcs_9_10",
 308                 '#FLD1#' => "pcs_icd9_source", '#POS1#' => 1, '#LEN1#' => 5,
 309                 '#FLD2#' => "pcs_icd10_target", '#POS2#' => 7, '#LEN2#' => 7,
 310                 '#FLD3#' => "flags", '#POS3#' => 15, '#LEN3#' => 5);
 311     }
 312
 313     // set up the start of the load script to be appended from the incoming array defined above where incoming
 314     // file matches
 315     $db_load = "LOAD DATA LOCAL INFILE '#INFILE#' INTO TABLE #TABLENAME# FIELDS TERMINATED BY '\0' (@var) SET revision = 0, ";
 316     $col_template = "#FLD# = trim(Substring(@var, #POS#, #LEN#))";
 317
 318     // load all data and set active revision
 319     if( is_dir($dir) && $handle = opendir($dir)) {
 320         while (false !== ($filename = readdir($handle))) {
 321             // bypass unwanted entries
 322             if (!stripos($filename, ".txt") || stripos($filename,"diff")) {
 323                 continue;
 324             }
 325
 326             // reset the sql load command and susbtitute the filename
 327             $run_sql = $db_load;
 328             $run_sql = str_replace("#INFILE#", $dir . $filename, $run_sql);
 329             $keys = array_keys($incoming);
 330             while ($this_key = array_pop($keys)) {
 331                 if (stripos($filename, $this_key) !== false) {
 332
 333                     // now substitute the tablename
 334                     $run_sql = str_replace("#TABLENAME#", $incoming[$this_key]['#TABLENAME#'], $run_sql);
 335
 336                     // the range defines the maximum number of fields contained
 337                     // in any of the incoming files
 338                     foreach(range(1, 8) as $field) {
 339                         $fld = "#FLD" . $field . "#";
 340                         $nxtfld = "#FLD" . ($field+1) . "#";
 341                         $pos = "#POS" . $field . "#";
 342                         $len = "#LEN" . $field . "#";
 343
 344                         // concat this fields template in the sql string
 345                         $run_sql .= $col_template;
 346                         $run_sql = str_replace("#FLD#", $incoming[$this_key][$fld], $run_sql);
 347                         $run_sql = str_replace("#POS#", $incoming[$this_key][$pos], $run_sql);
 348                         $run_sql = str_replace("#LEN#", $incoming[$this_key][$len], $run_sql);
 349                         // at the end of this table's field list
 350                         if (!array_key_exists($nxtfld, $incoming[$this_key])) {
 351                             break;
 352                         }
 353                         $run_sql .= ",";
 354                     }
 355                     sqlStatement($run_sql);
 356
 357                     // now update the revision for this load
 358                     $res = sqlStatement("SELECT max(revision) rev FROM " . $incoming[$this_key]['#TABLENAME#']);
 359                     $row = sqlFetchArray($res);
 360                     $next_rev = $row['rev'] + 1;
 361                     $run_sql = "UPDATE " . $incoming[$this_key]['#TABLENAME#'] . " SET active = 0";
 362                     sqlQuery($run_sql);
 363                     $run_sql = "UPDATE " . $incoming[$this_key]['#TABLENAME#'] . " SET active = 1, revision = ? WHERE revision = 0";
 364                     sqlQuery($run_sql, array($next_rev) );
 365                     break;
 366                 }
 367             }
 368         }
 369         closedir($handle);
 370     }
 371     else {
 372         echo htmlspecialchars( xl('ERROR: No ICD import directory.'), ENT_NOQUOTES)."<br>";
 373         return;
 374     }
 375
 376     // now update the tables where necessary
 377     if ($type == 'ICD9') {
 378         sqlStatement("update `icd9_dx_code` SET formatted_dx_code = dx_code");
 379         sqlStatement("update `icd9_dx_code` SET formatted_dx_code = concat(concat(left(dx_code, 3), '.'), substr(dx_code, 4)) WHERE dx_code RLIKE '^[V0-9]{1}.*' AND LENGTH(dx_code) > 3");
 380         sqlStatement("update `icd9_dx_code` SET formatted_dx_code = concat(concat(left(dx_code, 4), '.'), substr(dx_code, 5)) WHERE dx_code RLIKE '^[E]{1}.*' AND LENGTH(dx_code) > 4");
 381         sqlStatement("update `icd9_sg_code` SET formatted_sg_code = concat(concat(left(sg_code, 2), '.'), substr(sg_code, 3))");
 382         sqlStatement("update `icd9_dx_code` A, `icd9_dx_long_code` B set A.long_desc = B.long_desc where A.dx_code = B.dx_code and A.active = 1 and A.long_desc is NULL");
 383         sqlStatement("update `icd9_sg_code` A, `icd9_sg_long_code` B set A.long_desc = B.long_desc where A.sg_code = B.sg_code and A.active = 1 and A.long_desc is NULL");
 384     }
 385     else { // ICD 10
 386         sqlStatement("update `icd10_dx_order_code` SET formatted_dx_code = dx_code");
 387         sqlStatement("update `icd10_dx_order_code` SET formatted_dx_code = concat(concat(left(dx_code, 3), '.'), substr(dx_code, 4)) WHERE LENGTH(dx_code) > 3");
 388     }
 389
 390     return true;
 391 }
 392
 393 // Function to clean up temp files
 394 // $type (RXNORM etc.)
 395 function temp_dir_cleanup($type) {
 396     if(is_dir($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type)) {
 397         rmdir_recursive($GLOBALS['temporary_files_dir']."/".$type);
 398     }
 399 }
 400
 401 // Function to update version tracker table if successful
 402 // $type (RXNORM etc.)
 403 function update_tracker_table($type,$revision,$version,$file_checksum) {
 404     if ($type == 'RXNORM') {
 405         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'RXNORM',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum) );
 406         return true;
 407     }
 408     else if ($type == 'SNOMED') {
 409         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'SNOMED',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum) );
 410         return true;
 411     }
 412     else if ($type == 'ICD9') {
 413         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'ICD9',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum) );
 414         return true;
 415     }
 416     else { // $type == 'ICD10')
 417         sqlStatement("INSERT INTO `standardized_tables_track` (`imported_date`,`name`,`revision_date`, `revision_version`, `file_checksum`) VALUES (NOW(),'ICD10',?,?,?)", array($revision, $version, $file_checksum) );
 418         return true;
 419     }
 420     return false;
 421 }
 422
 423 // Function to delete an entire directory
 424 function rmdir_recursive($dir) {
 425     $files = scandir($dir);
 426     array_shift($files);    // remove '.' from array
 427     array_shift($files);    // remove '..' from array
 428
 429     foreach ($files as $file) {
 430         $file = $dir . '/' . $file;
 431         if (is_dir($file)) {
 432             rmdir_recursive($file);
 433             continue;
 434         }
 435         unlink($file);
 436     }
 437     rmdir($dir);
 438 }
 439
 440 // function to cleanup temp, copy and unarchive the zip file
 441 function handle_zip_file($mode, $file) {
 442         // 1. copy the file to temp directory
 443         if (!temp_copy($file,$mode)) {
 444             echo htmlspecialchars( xl('ERROR: Unable to copy the file.'), ENT_NOQUOTES)."<br>";
 445             temp_dir_cleanup($mode);
 446             exit;
 447         }
 448
 449         // 2. unarchive the file
 450         if (!temp_unarchive($file,$mode)) {
 451             echo htmlspecialchars( xl('ERROR: Unable to extract the file.'), ENT_NOQUOTES)."<br>";
 452             temp_dir_cleanup($mode);
 453             exit;
 454         }
 455 }
 456
 457 ?>