man/man1/g_traj.1

   1 .TH g_traj 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-3c0e5ec"
   2 .SH NAME
   3 g_traj - plots x, v and f of selected atoms/groups (and more) from a trajectory
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-3c0e5ec
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_traj\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-ox" " coord.xvg "
  12 .BI "\-oxt" " coord.xtc "
  13 .BI "\-ov" " veloc.xvg "
  14 .BI "\-of" " force.xvg "
  15 .BI "\-ob" " box.xvg "
  16 .BI "\-ot" " temp.xvg "
  17 .BI "\-ekt" " ektrans.xvg "
  18 .BI "\-ekr" " ekrot.xvg "
  19 .BI "\-vd" " veldist.xvg "
  20 .BI "\-cv" " veloc.pdb "
  21 .BI "\-cf" " force.pdb "
  22 .BI "\-av" " all_veloc.xvg "
  23 .BI "\-af" " all_force.xvg "
  24 .BI "\-[no]h" ""
  25 .BI "\-[no]version" ""
  26 .BI "\-nice" " int "
  27 .BI "\-b" " time "
  28 .BI "\-e" " time "
  29 .BI "\-dt" " time "
  30 .BI "\-tu" " enum "
  31 .BI "\-[no]w" ""
  32 .BI "\-xvg" " enum "
  33 .BI "\-[no]com" ""
  34 .BI "\-[no]pbc" ""
  35 .BI "\-[no]mol" ""
  36 .BI "\-[no]nojump" ""
  37 .BI "\-[no]x" ""
  38 .BI "\-[no]y" ""
  39 .BI "\-[no]z" ""
  40 .BI "\-ng" " int "
  41 .BI "\-[no]len" ""
  42 .BI "\-[no]fp" ""
  43 .BI "\-bin" " real "
  44 .BI "\-ctime" " real "
  45 .BI "\-scale" " real "
  46 .SH DESCRIPTION
  47 \&\fB g_traj\fR plots coordinates, velocities, forces and/or the box.
  48 \&With \fB \-com\fR the coordinates, velocities and forces are
  49 \&calculated for the center of mass of each group.
  50 \&When \fB \-mol\fR is set, the numbers in the index file are
  51 \&interpreted as molecule numbers and the same procedure as with
  52 \&\fB \-com\fR is used for each molecule.
  53
  54
  55 \&Option \fB \-ot\fR plots the temperature of each group,
  56 \&provided velocities are present in the trajectory file.
  57 \&No corrections are made for constrained degrees of freedom!
  58 \&This implies \fB \-com\fR.
  59
  60
  61 \&Options \fB \-ekt\fR and \fB \-ekr\fR plot the translational and
  62 \&rotational kinetic energy of each group,
  63 \&provided velocities are present in the trajectory file.
  64 \&This implies \fB \-com\fR.
  65
  66
  67 \&Options \fB \-cv\fR and \fB \-cf\fR write the average velocities
  68 \&and average forces as temperature factors to a \fB .pdb\fR file with
  69 \&the average coordinates or the coordinates at \fB \-ctime\fR.
  70 \&The temperature factors are scaled such that the maximum is 10.
  71 \&The scaling can be changed with the option \fB \-scale\fR.
  72 \&To get the velocities or forces of one
  73 \&frame set both \fB \-b\fR and \fB \-e\fR to the time of
  74 \&desired frame. When averaging over frames you might need to use
  75 \&the \fB \-nojump\fR option to obtain the correct average coordinates.
  76 \&If you select either of these option the average force and velocity
  77 \&for each atom are written to an \fB .xvg\fR file as well
  78 \&(specified with \fB \-av\fR or \fB \-af\fR).
  79
  80
  81 \&Option \fB \-vd\fR computes a velocity distribution, i.e. the
  82 \&norm of the vector is plotted. In addition in the same graph
  83 \&the kinetic energy distribution is given.
  84 .SH FILES
  85 .BI "\-f" " traj.xtc"
  86 .B Input
  87  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  88
  89 .BI "\-s" " topol.tpr"
  90 .B Input
  91  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  92
  93 .BI "\-n" " index.ndx"
  94 .B Input, Opt.
  95  Index file
  96
  97 .BI "\-ox" " coord.xvg"
  98 .B Output, Opt.
  99  xvgr/xmgr file
 100
 101 .BI "\-oxt" " coord.xtc"
 102 .B Output, Opt.
 103  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 104
 105 .BI "\-ov" " veloc.xvg"
 106 .B Output, Opt.
 107  xvgr/xmgr file
 108
 109 .BI "\-of" " force.xvg"
 110 .B Output, Opt.
 111  xvgr/xmgr file
 112
 113 .BI "\-ob" " box.xvg"
 114 .B Output, Opt.
 115  xvgr/xmgr file
 116
 117 .BI "\-ot" " temp.xvg"
 118 .B Output, Opt.
 119  xvgr/xmgr file
 120
 121 .BI "\-ekt" " ektrans.xvg"
 122 .B Output, Opt.
 123  xvgr/xmgr file
 124
 125 .BI "\-ekr" " ekrot.xvg"
 126 .B Output, Opt.
 127  xvgr/xmgr file
 128
 129 .BI "\-vd" " veldist.xvg"
 130 .B Output, Opt.
 131  xvgr/xmgr file
 132
 133 .BI "\-cv" " veloc.pdb"
 134 .B Output, Opt.
 135  Protein data bank file
 136
 137 .BI "\-cf" " force.pdb"
 138 .B Output, Opt.
 139  Protein data bank file
 140
 141 .BI "\-av" " all_veloc.xvg"
 142 .B Output, Opt.
 143  xvgr/xmgr file
 144
 145 .BI "\-af" " all_force.xvg"
 146 .B Output, Opt.
 147  xvgr/xmgr file
 148
 149 .SH OTHER OPTIONS
 150 .BI "\-[no]h"  "no    "
 151  Print help info and quit
 152
 153 .BI "\-[no]version"  "no    "
 154  Print version info and quit
 155
 156 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 157  Set the nicelevel
 158
 159 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 160  First frame (ps) to read from trajectory
 161
 162 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 163  Last frame (ps) to read from trajectory
 164
 165 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 166  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 167
 168 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
 169  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
 170
 171 .BI "\-[no]w"  "no    "
 172  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 173
 174 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 175  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 176
 177 .BI "\-[no]com"  "no    "
 178  Plot data for the com of each group
 179
 180 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 181  Make molecules whole for COM
 182
 183 .BI "\-[no]mol"  "no    "
 184  Index contains molecule numbers iso atom numbers
 185
 186 .BI "\-[no]nojump"  "no    "
 187  Remove jumps of atoms across the box
 188
 189 .BI "\-[no]x"  "yes   "
 190  Plot X\-component
 191
 192 .BI "\-[no]y"  "yes   "
 193  Plot Y\-component
 194
 195 .BI "\-[no]z"  "yes   "
 196  Plot Z\-component
 197
 198 .BI "\-ng"  " int" " 1"
 199  Number of groups to consider
 200
 201 .BI "\-[no]len"  "no    "
 202  Plot vector length
 203
 204 .BI "\-[no]fp"  "no    "
 205  Full precision output
 206
 207 .BI "\-bin"  " real" " 1     "
 208  Binwidth for velocity histogram (nm/ps)
 209
 210 .BI "\-ctime"  " real" " \-1    "
 211  Use frame at this time for x in \fB \-cv\fR and \fB \-cf\fR instead of the average x
 212
 213 .BI "\-scale"  " real" " 0     "
 214  Scale factor for \fB .pdb\fR output, 0 is autoscale
 215
 216 .SH SEE ALSO
 217 .BR gromacs(7)
 218
 219 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.