man/man1/g_mdmat.1

   1 .TH g_mdmat 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-3c0e5ec"
   2 .SH NAME
   3 g_mdmat - calculates residue contact maps
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-3c0e5ec
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_mdmat\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-mean" " dm.xpm "
  12 .BI "\-frames" " dmf.xpm "
  13 .BI "\-no" " num.xvg "
  14 .BI "\-[no]h" ""
  15 .BI "\-[no]version" ""
  16 .BI "\-nice" " int "
  17 .BI "\-b" " time "
  18 .BI "\-e" " time "
  19 .BI "\-dt" " time "
  20 .BI "\-xvg" " enum "
  21 .BI "\-t" " real "
  22 .BI "\-nlevels" " int "
  23 .SH DESCRIPTION
  24 \&\fB g_mdmat\fR makes distance matrices consisting of the smallest distance
  25 \&between residue pairs. With \fB \-frames\fR, these distance matrices can be
  26 \&stored in order to see differences in tertiary structure as a
  27 \&function of time. If you choose your options unwisely, this may generate
  28 \&a large output file. By default, only an averaged matrix over the whole
  29 \&trajectory is output.
  30 \&Also a count of the number of different atomic contacts between
  31 \&residues over the whole trajectory can be made.
  32 \&The output can be processed with \fB xpm2ps\fR to make a PostScript (tm) plot.
  33 .SH FILES
  34 .BI "\-f" " traj.xtc"
  35 .B Input
  36  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  37
  38 .BI "\-s" " topol.tpr"
  39 .B Input
  40  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  41
  42 .BI "\-n" " index.ndx"
  43 .B Input, Opt.
  44  Index file
  45
  46 .BI "\-mean" " dm.xpm"
  47 .B Output
  48  X PixMap compatible matrix file
  49
  50 .BI "\-frames" " dmf.xpm"
  51 .B Output, Opt.
  52  X PixMap compatible matrix file
  53
  54 .BI "\-no" " num.xvg"
  55 .B Output, Opt.
  56  xvgr/xmgr file
  57
  58 .SH OTHER OPTIONS
  59 .BI "\-[no]h"  "no    "
  60  Print help info and quit
  61
  62 .BI "\-[no]version"  "no    "
  63  Print version info and quit
  64
  65 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  66  Set the nicelevel
  67
  68 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  69  First frame (ps) to read from trajectory
  70
  71 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  72  Last frame (ps) to read from trajectory
  73
  74 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  75  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  76
  77 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  78  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  79
  80 .BI "\-t"  " real" " 1.5   "
  81  trunc distance
  82
  83 .BI "\-nlevels"  " int" " 40"
  84  Discretize distance in  levels
  85
  86 .SH SEE ALSO
  87 .BR gromacs(7)
  88
  89 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.