man/man1/g_gyrate.1

   1 .TH g_gyrate 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-3c0e5ec"
   2 .SH NAME
   3 g_gyrate - calculates the radius of gyration
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-3c0e5ec
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_gyrate\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " gyrate.xvg "
  12 .BI "\-acf" " moi\-acf.xvg "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-b" " time "
  17 .BI "\-e" " time "
  18 .BI "\-dt" " time "
  19 .BI "\-[no]w" ""
  20 .BI "\-xvg" " enum "
  21 .BI "\-nmol" " int "
  22 .BI "\-[no]q" ""
  23 .BI "\-[no]p" ""
  24 .BI "\-[no]moi" ""
  25 .BI "\-nz" " int "
  26 .BI "\-acflen" " int "
  27 .BI "\-[no]normalize" ""
  28 .BI "\-P" " enum "
  29 .BI "\-fitfn" " enum "
  30 .BI "\-ncskip" " int "
  31 .BI "\-beginfit" " real "
  32 .BI "\-endfit" " real "
  33 .SH DESCRIPTION
  34 \&\fB g_gyrate\fR computes the radius of gyration of a group of atoms
  35 \&and the radii of gyration about the \fI x\fR\-, \fI y\fR\- and \fI z\fR\-axes,
  36 \&as a function of time. The atoms are explicitly mass weighted.
  37
  38
  39 \&With the \fB \-nmol\fR option the radius of gyration will be calculated
  40 \&for multiple molecules by splitting the analysis group in equally
  41 \&sized parts.
  42
  43
  44 \&With the option \fB \-nz\fR 2D radii of gyration in the \fI x\-y\fR plane
  45 \&of slices along the \fI z\fR\-axis are calculated.
  46 .SH FILES
  47 .BI "\-f" " traj.xtc"
  48 .B Input
  49  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  50
  51 .BI "\-s" " topol.tpr"
  52 .B Input
  53  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  54
  55 .BI "\-n" " index.ndx"
  56 .B Input, Opt.
  57  Index file
  58
  59 .BI "\-o" " gyrate.xvg"
  60 .B Output
  61  xvgr/xmgr file
  62
  63 .BI "\-acf" " moi\-acf.xvg"
  64 .B Output, Opt.
  65  xvgr/xmgr file
  66
  67 .SH OTHER OPTIONS
  68 .BI "\-[no]h"  "no    "
  69  Print help info and quit
  70
  71 .BI "\-[no]version"  "no    "
  72  Print version info and quit
  73
  74 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  75  Set the nicelevel
  76
  77 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  78  First frame (ps) to read from trajectory
  79
  80 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  81  Last frame (ps) to read from trajectory
  82
  83 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  84  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  85
  86 .BI "\-[no]w"  "no    "
  87  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  88
  89 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  90  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  91
  92 .BI "\-nmol"  " int" " 1"
  93  The number of molecules to analyze
  94
  95 .BI "\-[no]q"  "no    "
  96  Use absolute value of the charge of an atom as weighting factor instead of mass
  97
  98 .BI "\-[no]p"  "no    "
  99  Calculate the radii of gyration about the principal axes.
 100
 101 .BI "\-[no]moi"  "no    "
 102  Calculate the moments of inertia (defined by the principal axes).
 103
 104 .BI "\-nz"  " int" " 0"
 105  Calculate the 2D radii of gyration of  slices along the z\-axis
 106
 107 .BI "\-acflen"  " int" " \-1"
 108  Length of the ACF, default is half the number of frames
 109
 110 .BI "\-[no]normalize"  "yes   "
 111  Normalize ACF
 112
 113 .BI "\-P"  " enum" " 0"
 114  Order of Legendre polynomial for ACF (0 indicates none): \fB 0\fR, \fB 1\fR, \fB 2\fR or \fB 3\fR
 115
 116 .BI "\-fitfn"  " enum" " none"
 117  Fit function: \fB none\fR, \fB exp\fR, \fB aexp\fR, \fB exp_exp\fR, \fB vac\fR, \fB exp5\fR, \fB exp7\fR, \fB exp9\fR or \fB erffit\fR
 118
 119 .BI "\-ncskip"  " int" " 0"
 120  Skip N points in the output file of correlation functions
 121
 122 .BI "\-beginfit"  " real" " 0     "
 123  Time where to begin the exponential fit of the correlation function
 124
 125 .BI "\-endfit"  " real" " \-1    "
 126  Time where to end the exponential fit of the correlation function, \-1 is until the end
 127
 128 .SH SEE ALSO
 129 .BR gromacs(7)
 130
 131 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.