man/man1/trjcat.1

   1 .TH trjcat 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 trjcat - concatenates trajectory files
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3trjcat\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-o" " trajout.xtc "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-demux" " remd.xvg "
  12 .BI "\-[no]h" ""
  13 .BI "\-[no]version" ""
  14 .BI "\-nice" " int "
  15 .BI "\-tu" " enum "
  16 .BI "\-xvg" " enum "
  17 .BI "\-b" " time "
  18 .BI "\-e" " time "
  19 .BI "\-dt" " time "
  20 .BI "\-prec" " int "
  21 .BI "\-[no]vel" ""
  22 .BI "\-[no]settime" ""
  23 .BI "\-[no]sort" ""
  24 .BI "\-[no]keeplast" ""
  25 .BI "\-[no]overwrite" ""
  26 .BI "\-[no]cat" ""
  27 .SH DESCRIPTION
  28 \&\fB trjcat\fR concatenates several input trajectory files in sorted order.
  29 \&In case of double time frames the one in the later file is used.
  30 \&By specifying \fB \-settime\fR you will be asked for the start time
  31 \&of each file. The input files are taken from the command line,
  32 \&such that a command like \fB trjcat \-f *.trr \-o fixed.trr\fR should do
  33 \&the trick. Using \fB \-cat\fR, you can simply paste several files
  34 \&together without removal of frames with identical time stamps.
  35
  36
  37 \&One important option is inferred when the output file is amongst the
  38 \&input files. In that case that particular file will be appended to
  39 \&which implies you do not need to store double the amount of data.
  40 \&Obviously the file to append to has to be the one with lowest starting
  41 \&time since one can only append at the end of a file.
  42
  43
  44 \&If the \fB \-demux\fR option is given, the N trajectories that are
  45 \&read, are written in another order as specified in the \fB .xvg\fR file.
  46 \&The \fB .xvg\fR file should contain something like:
  47
  48
  49 \&\fB 0  0  1  2  3  4  5
  50
  51 \&2  1  0  2  3  5  4\fR
  52
  53 \&Where the first number is the time, and subsequent numbers point to
  54 \&trajectory indices.
  55 \&The frames corresponding to the numbers present at the first line
  56 \&are collected into the output trajectory. If the number of frames in
  57 \&the trajectory does not match that in the \fB .xvg\fR file then the program
  58 \&tries to be smart. Beware.
  59 .SH FILES
  60 .BI "\-f" " traj.xtc"
  61 .B Input, Mult.
  62  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  63
  64 .BI "\-o" " trajout.xtc"
  65 .B Output, Mult.
  66  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  67
  68 .BI "\-n" " index.ndx"
  69 .B Input, Opt.
  70  Index file
  71
  72 .BI "\-demux" " remd.xvg"
  73 .B Input, Opt.
  74  xvgr/xmgr file
  75
  76 .SH OTHER OPTIONS
  77 .BI "\-[no]h"  "no    "
  78  Print help info and quit
  79
  80 .BI "\-[no]version"  "no    "
  81  Print version info and quit
  82
  83 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  84  Set the nicelevel
  85
  86 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
  87  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
  88
  89 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  90  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  91
  92 .BI "\-b"  " time" " \-1    "
  93  First time to use (ps)
  94
  95 .BI "\-e"  " time" " \-1    "
  96  Last time to use (ps)
  97
  98 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  99  Only write frame when t MOD dt = first time (ps)
 100
 101 .BI "\-prec"  " int" " 3"
 102  Precision for \fB .xtc\fR and \fB .gro\fR writing in number of decimal places
 103
 104 .BI "\-[no]vel"  "yes   "
 105  Read and write velocities if possible
 106
 107 .BI "\-[no]settime"  "no    "
 108  Change starting time interactively
 109
 110 .BI "\-[no]sort"  "yes   "
 111  Sort trajectory files (not frames)
 112
 113 .BI "\-[no]keeplast"  "no    "
 114  Keep overlapping frames at end of trajectory
 115
 116 .BI "\-[no]overwrite"  "no    "
 117  Overwrite overlapping frames during appending
 118
 119 .BI "\-[no]cat"  "no    "
 120  Do not discard double time frames
 121
 122 .SH SEE ALSO
 123 .BR gromacs(7)
 124
 125 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.