man/man1/g_rms.1

   1 .TH g_rms 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_rms - calculates rmsd's with a reference structure and rmsd matrices
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rms\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-f" " traj.xtc "
  10 .BI "\-f2" " traj.xtc "
  11 .BI "\-n" " index.ndx "
  12 .BI "\-o" " rmsd.xvg "
  13 .BI "\-mir" " rmsdmir.xvg "
  14 .BI "\-a" " avgrp.xvg "
  15 .BI "\-dist" " rmsd\-dist.xvg "
  16 .BI "\-m" " rmsd.xpm "
  17 .BI "\-bin" " rmsd.dat "
  18 .BI "\-bm" " bond.xpm "
  19 .BI "\-[no]h" ""
  20 .BI "\-[no]version" ""
  21 .BI "\-nice" " int "
  22 .BI "\-b" " time "
  23 .BI "\-e" " time "
  24 .BI "\-dt" " time "
  25 .BI "\-tu" " enum "
  26 .BI "\-[no]w" ""
  27 .BI "\-xvg" " enum "
  28 .BI "\-what" " enum "
  29 .BI "\-[no]pbc" ""
  30 .BI "\-fit" " enum "
  31 .BI "\-prev" " int "
  32 .BI "\-[no]split" ""
  33 .BI "\-skip" " int "
  34 .BI "\-skip2" " int "
  35 .BI "\-max" " real "
  36 .BI "\-min" " real "
  37 .BI "\-bmax" " real "
  38 .BI "\-bmin" " real "
  39 .BI "\-[no]mw" ""
  40 .BI "\-nlevels" " int "
  41 .BI "\-ng" " int "
  42 .SH DESCRIPTION
  43 \&\fB g_rms\fR compares two structures by computing the root mean square
  44 \&deviation (RMSD), the size\-independent rho similarity parameter
  45 \&(\fB rho\fR) or the scaled rho (\fB rhosc\fR),
  46 \&see Maiorov & Crippen, Proteins \fB 22\fR, 273 (1995).
  47 \&This is selected by \fB \-what\fR.
  48
  49 Each structure from a trajectory (\fB \-f\fR) is compared to a
  50 \&reference structure. The reference structure
  51 \&is taken from the structure file (\fB \-s\fR).
  52
  53
  54 \&With option \fB \-mir\fR also a comparison with the mirror image of
  55 \&the reference structure is calculated.
  56 \&This is useful as a reference for 'significant' values, see
  57 \&Maiorov & Crippen, Proteins \fB 22\fR, 273 (1995).
  58
  59
  60 \&Option \fB \-prev\fR produces the comparison with a previous frame
  61 \&the specified number of frames ago.
  62
  63
  64 \&Option \fB \-m\fR produces a matrix in \fB .xpm\fR format of
  65 \&comparison values of each structure in the trajectory with respect to
  66 \&each other structure. This file can be visualized with for instance
  67 \&\fB xv\fR and can be converted to postscript with \fB xpm2ps\fR.
  68
  69
  70 \&Option \fB \-fit\fR controls the least\-squares fitting of
  71 \&the structures on top of each other: complete fit (rotation and
  72 \&translation), translation only, or no fitting at all.
  73
  74
  75 \&Option \fB \-mw\fR controls whether mass weighting is done or not.
  76 \&If you select the option (default) and
  77 \&supply a valid \fB .tpr\fR file masses will be taken from there,
  78 \&otherwise the masses will be deduced from the \fB atommass.dat\fR file in
  79 \&\fB GMXLIB\fR. This is fine for proteins, but not
  80 \&necessarily for other molecules. A default mass of 12.011 amu (carbon)
  81 \&is assigned to unknown atoms. You can check whether this happend by
  82 \&turning on the \fB \-debug\fR flag and inspecting the log file.
  83
  84
  85 \&With \fB \-f2\fR, the 'other structures' are taken from a second
  86 \&trajectory, this generates a comparison matrix of one trajectory
  87 \&versus the other.
  88
  89
  90 \&Option \fB \-bin\fR does a binary dump of the comparison matrix.
  91
  92
  93 \&Option \fB \-bm\fR produces a matrix of average bond angle deviations
  94 \&analogously to the \fB \-m\fR option. Only bonds between atoms in the
  95 \&comparison group are considered.
  96 .SH FILES
  97 .BI "\-s" " topol.tpr"
  98 .B Input
  99  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
 100
 101 .BI "\-f" " traj.xtc"
 102 .B Input
 103  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 104
 105 .BI "\-f2" " traj.xtc"
 106 .B Input, Opt.
 107  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 108
 109 .BI "\-n" " index.ndx"
 110 .B Input, Opt.
 111  Index file
 112
 113 .BI "\-o" " rmsd.xvg"
 114 .B Output
 115  xvgr/xmgr file
 116
 117 .BI "\-mir" " rmsdmir.xvg"
 118 .B Output, Opt.
 119  xvgr/xmgr file
 120
 121 .BI "\-a" " avgrp.xvg"
 122 .B Output, Opt.
 123  xvgr/xmgr file
 124
 125 .BI "\-dist" " rmsd\-dist.xvg"
 126 .B Output, Opt.
 127  xvgr/xmgr file
 128
 129 .BI "\-m" " rmsd.xpm"
 130 .B Output, Opt.
 131  X PixMap compatible matrix file
 132
 133 .BI "\-bin" " rmsd.dat"
 134 .B Output, Opt.
 135  Generic data file
 136
 137 .BI "\-bm" " bond.xpm"
 138 .B Output, Opt.
 139  X PixMap compatible matrix file
 140
 141 .SH OTHER OPTIONS
 142 .BI "\-[no]h"  "no    "
 143  Print help info and quit
 144
 145 .BI "\-[no]version"  "no    "
 146  Print version info and quit
 147
 148 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 149  Set the nicelevel
 150
 151 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 152  First frame (ps) to read from trajectory
 153
 154 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 155  Last frame (ps) to read from trajectory
 156
 157 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 158  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 159
 160 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
 161  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
 162
 163 .BI "\-[no]w"  "no    "
 164  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 165
 166 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 167  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 168
 169 .BI "\-what"  " enum" " rmsd"
 170  Structural difference measure: \fB rmsd\fR, \fB rho\fR or \fB rhosc\fR
 171
 172 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 173  PBC check
 174
 175 .BI "\-fit"  " enum" " rot+trans"
 176  Fit to reference structure: \fB rot+trans\fR, \fB translation\fR or \fB none\fR
 177
 178 .BI "\-prev"  " int" " 0"
 179  Compare with previous frame
 180
 181 .BI "\-[no]split"  "no    "
 182  Split graph where time is zero
 183
 184 .BI "\-skip"  " int" " 1"
 185  Only write every nr\-th frame to matrix
 186
 187 .BI "\-skip2"  " int" " 1"
 188  Only write every nr\-th frame to matrix
 189
 190 .BI "\-max"  " real" " \-1    "
 191  Maximum level in comparison matrix
 192
 193 .BI "\-min"  " real" " \-1    "
 194  Minimum level in comparison matrix
 195
 196 .BI "\-bmax"  " real" " \-1    "
 197  Maximum level in bond angle matrix
 198
 199 .BI "\-bmin"  " real" " \-1    "
 200  Minimum level in bond angle matrix
 201
 202 .BI "\-[no]mw"  "yes   "
 203  Use mass weighting for superposition
 204
 205 .BI "\-nlevels"  " int" " 80"
 206  Number of levels in the matrices
 207
 208 .BI "\-ng"  " int" " 1"
 209  Number of groups to compute RMS between
 210
 211 .SH SEE ALSO
 212 .BR gromacs(7)
 213
 214 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.