man/man1/g_order.1

   1 .TH g_order 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_order - computes the order parameter per atom for carbon tails
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_order\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-nr" " index.ndx "
  11 .BI "\-s" " topol.tpr "
  12 .BI "\-o" " order.xvg "
  13 .BI "\-od" " deuter.xvg "
  14 .BI "\-ob" " eiwit.pdb "
  15 .BI "\-os" " sliced.xvg "
  16 .BI "\-Sg" " sg\-ang.xvg "
  17 .BI "\-Sk" " sk\-dist.xvg "
  18 .BI "\-Sgsl" " sg\-ang\-slice.xvg "
  19 .BI "\-Sksl" " sk\-dist\-slice.xvg "
  20 .BI "\-[no]h" ""
  21 .BI "\-[no]version" ""
  22 .BI "\-nice" " int "
  23 .BI "\-b" " time "
  24 .BI "\-e" " time "
  25 .BI "\-dt" " time "
  26 .BI "\-[no]w" ""
  27 .BI "\-xvg" " enum "
  28 .BI "\-d" " enum "
  29 .BI "\-sl" " int "
  30 .BI "\-[no]szonly" ""
  31 .BI "\-[no]unsat" ""
  32 .BI "\-[no]permolecule" ""
  33 .BI "\-[no]radial" ""
  34 .BI "\-[no]calcdist" ""
  35 .SH DESCRIPTION
  36 \&Compute the order parameter per atom for carbon tails. For atom i the
  37 \&vector i\-1, i+1 is used together with an axis.
  38 \&The index file should contain only the groups to be used for calculations,
  39 \&with each group of equivalent carbons along the relevant acyl chain in its own
  40 \&group. There should not be any generic groups (like System, Protein) in the index
  41 \&file to avoid confusing the program (this is not relevant to tetrahedral order
  42 \&parameters however, which only work for water anyway).
  43
  44
  45 \&The program can also give all
  46 \&diagonal elements of the order tensor and even calculate the deuterium
  47 \&order parameter Scd (default). If the option \fB \-szonly\fR is given, only one
  48 \&order tensor component (specified by the \fB \-d\fR option) is given and the
  49 \&order parameter per slice is calculated as well. If \fB \-szonly\fR is not
  50 \&selected, all diagonal elements and the deuterium order parameter is
  51 \&given.
  52
  53 The tetrahedrality order parameters can be determined
  54 \&around an atom. Both angle an distance order parameters are calculated. See
  55 \&P.\-L. Chau and A.J. Hardwick, Mol. Phys., 93, (1998), 511\-518.
  56 \&for more details.
  57
  58 \&
  59 .SH FILES
  60 .BI "\-f" " traj.xtc"
  61 .B Input
  62  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  63
  64 .BI "\-n" " index.ndx"
  65 .B Input
  66  Index file
  67
  68 .BI "\-nr" " index.ndx"
  69 .B Input
  70  Index file
  71
  72 .BI "\-s" " topol.tpr"
  73 .B Input
  74  Run input file: tpr tpb tpa
  75
  76 .BI "\-o" " order.xvg"
  77 .B Output
  78  xvgr/xmgr file
  79
  80 .BI "\-od" " deuter.xvg"
  81 .B Output
  82  xvgr/xmgr file
  83
  84 .BI "\-ob" " eiwit.pdb"
  85 .B Output
  86  Protein data bank file
  87
  88 .BI "\-os" " sliced.xvg"
  89 .B Output
  90  xvgr/xmgr file
  91
  92 .BI "\-Sg" " sg\-ang.xvg"
  93 .B Output, Opt.
  94  xvgr/xmgr file
  95
  96 .BI "\-Sk" " sk\-dist.xvg"
  97 .B Output, Opt.
  98  xvgr/xmgr file
  99
 100 .BI "\-Sgsl" " sg\-ang\-slice.xvg"
 101 .B Output, Opt.
 102  xvgr/xmgr file
 103
 104 .BI "\-Sksl" " sk\-dist\-slice.xvg"
 105 .B Output, Opt.
 106  xvgr/xmgr file
 107
 108 .SH OTHER OPTIONS
 109 .BI "\-[no]h"  "no    "
 110  Print help info and quit
 111
 112 .BI "\-[no]version"  "no    "
 113  Print version info and quit
 114
 115 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 116  Set the nicelevel
 117
 118 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 119  First frame (ps) to read from trajectory
 120
 121 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 122  Last frame (ps) to read from trajectory
 123
 124 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 125  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 126
 127 .BI "\-[no]w"  "no    "
 128  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 129
 130 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 131  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 132
 133 .BI "\-d"  " enum" " z"
 134  Direction of the normal on the membrane: \fB z\fR, \fB x\fR or \fB y\fR
 135
 136 .BI "\-sl"  " int" " 1"
 137  Calculate order parameter as function of box length, dividing the box in nr slices.
 138
 139 .BI "\-[no]szonly"  "no    "
 140  Only give Sz element of order tensor. (axis can be specified with \fB \-d\fR)
 141
 142 .BI "\-[no]unsat"  "no    "
 143  Calculate order parameters for unsaturated carbons. Note that this cannot be mixed with normal order parameters.
 144
 145 .BI "\-[no]permolecule"  "no    "
 146  Compute per\-molecule Scd order parameters
 147
 148 .BI "\-[no]radial"  "no    "
 149  Compute a radial membrane normal
 150
 151 .BI "\-[no]calcdist"  "no    "
 152  Compute distance from a reference (currently defined only for radial and permolecule)
 153
 154 .SH SEE ALSO
 155 .BR gromacs(7)
 156
 157 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.