man/man1/g_covar.1

   1 .TH g_covar 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_covar - calculates and diagonalizes the covariance matrix
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_covar\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " eigenval.xvg "
  12 .BI "\-v" " eigenvec.trr "
  13 .BI "\-av" " average.pdb "
  14 .BI "\-l" " covar.log "
  15 .BI "\-ascii" " covar.dat "
  16 .BI "\-xpm" " covar.xpm "
  17 .BI "\-xpma" " covara.xpm "
  18 .BI "\-[no]h" ""
  19 .BI "\-[no]version" ""
  20 .BI "\-nice" " int "
  21 .BI "\-b" " time "
  22 .BI "\-e" " time "
  23 .BI "\-dt" " time "
  24 .BI "\-tu" " enum "
  25 .BI "\-xvg" " enum "
  26 .BI "\-[no]fit" ""
  27 .BI "\-[no]ref" ""
  28 .BI "\-[no]mwa" ""
  29 .BI "\-last" " int "
  30 .BI "\-[no]pbc" ""
  31 .SH DESCRIPTION
  32 \&\fB g_covar\fR calculates and diagonalizes the (mass\-weighted)
  33 \&covariance matrix.
  34 \&All structures are fitted to the structure in the structure file.
  35 \&When this is not a run input file periodicity will not be taken into
  36 \&account. When the fit and analysis groups are identical and the analysis
  37 \&is non mass\-weighted, the fit will also be non mass\-weighted.
  38 \&
  39
  40
  41 \&The eigenvectors are written to a trajectory file (\fB \-v\fR).
  42 \&When the same atoms are used for the fit and the covariance analysis,
  43 \&the reference structure for the fit is written first with t=\-1.
  44 \&The average (or reference when \fB \-ref\fR is used) structure is
  45 \&written with t=0, the eigenvectors
  46 \&are written as frames with the eigenvector number as timestamp.
  47 \&
  48
  49
  50 \&The eigenvectors can be analyzed with \fB g_anaeig\fR.
  51 \&
  52
  53
  54 \&Option \fB \-ascii\fR writes the whole covariance matrix to
  55 \&an ASCII file. The order of the elements is: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
  56 \&
  57
  58
  59 \&Option \fB \-xpm\fR writes the whole covariance matrix to an \fB .xpm\fR file.
  60 \&
  61
  62
  63 \&Option \fB \-xpma\fR writes the atomic covariance matrix to an \fB .xpm\fR file,
  64 \&i.e. for each atom pair the sum of the xx, yy and zz covariances is
  65 \&written.
  66 \&
  67
  68
  69 \&Note that the diagonalization of a matrix requires memory and time
  70 \&that will increase at least as fast as than the square of the number
  71 \&of atoms involved. It is easy to run out of memory, in which
  72 \&case this tool will probably exit with a 'Segmentation fault'. You
  73 \&should consider carefully whether a reduced set of atoms will meet
  74 \&your needs for lower costs.
  75 .SH FILES
  76 .BI "\-f" " traj.xtc"
  77 .B Input
  78  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  79
  80 .BI "\-s" " topol.tpr"
  81 .B Input
  82  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  83
  84 .BI "\-n" " index.ndx"
  85 .B Input, Opt.
  86  Index file
  87
  88 .BI "\-o" " eigenval.xvg"
  89 .B Output
  90  xvgr/xmgr file
  91
  92 .BI "\-v" " eigenvec.trr"
  93 .B Output
  94  Full precision trajectory: trr trj cpt
  95
  96 .BI "\-av" " average.pdb"
  97 .B Output
  98  Structure file: gro g96 pdb etc.
  99
 100 .BI "\-l" " covar.log"
 101 .B Output
 102  Log file
 103
 104 .BI "\-ascii" " covar.dat"
 105 .B Output, Opt.
 106  Generic data file
 107
 108 .BI "\-xpm" " covar.xpm"
 109 .B Output, Opt.
 110  X PixMap compatible matrix file
 111
 112 .BI "\-xpma" " covara.xpm"
 113 .B Output, Opt.
 114  X PixMap compatible matrix file
 115
 116 .SH OTHER OPTIONS
 117 .BI "\-[no]h"  "no    "
 118  Print help info and quit
 119
 120 .BI "\-[no]version"  "no    "
 121  Print version info and quit
 122
 123 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 124  Set the nicelevel
 125
 126 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 127  First frame (ps) to read from trajectory
 128
 129 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 130  Last frame (ps) to read from trajectory
 131
 132 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 133  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 134
 135 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
 136  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
 137
 138 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 139  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 140
 141 .BI "\-[no]fit"  "yes   "
 142  Fit to a reference structure
 143
 144 .BI "\-[no]ref"  "no    "
 145  Use the deviation from the conformation in the structure file instead of from the average
 146
 147 .BI "\-[no]mwa"  "no    "
 148  Mass\-weighted covariance analysis
 149
 150 .BI "\-last"  " int" " \-1"
 151  Last eigenvector to write away (\-1 is till the last)
 152
 153 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 154  Apply corrections for periodic boundary conditions
 155
 156 .SH SEE ALSO
 157 .BR gromacs(7)
 158
 159 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.