man/man1/g_pme_error.1

   1 .TH g_pme_error 1 "Sun 10 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110410-e5eb052-dirty"
   2 .SH NAME
   3 g_pme_error - estimates the error of using PME with a given input file
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110410-e5eb052-dirty
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_pme_error\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-o" " error.out "
  10 .BI "\-so" " tuned.tpr "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-beta" " real "
  15 .BI "\-[no]tune" ""
  16 .BI "\-self" " real "
  17 .BI "\-seed" " int "
  18 .BI "\-[no]v" ""
  19 .SH DESCRIPTION
  20 \&\fB g_pme_error\fR estimates the error of the electrostatic forces
  21 \&if using the sPME algorithm. The flag \fB \-tune\fR will determine
  22 \&the splitting parameter such that the error is equally
  23 \&distributed over the real and reciprocal space part.
  24 \&The part of the error that stems from self interaction of the particles is computationally demanding. However, a good a approximation is to
  25 \&just use a fraction of the particles for this term which can be
  26 \&indicated by the flag \fB \-self\fR.
  27
  28
  29 .SH FILES
  30 .BI "\-s" " topol.tpr"
  31 .B Input
  32  Run input file: tpr tpb tpa
  33
  34 .BI "\-o" " error.out"
  35 .B Output
  36  Generic output file
  37
  38 .BI "\-so" " tuned.tpr"
  39 .B Output, Opt.
  40  Run input file: tpr tpb tpa
  41
  42 .SH OTHER OPTIONS
  43 .BI "\-[no]h"  "no    "
  44  Print help info and quit
  45
  46 .BI "\-[no]version"  "no    "
  47  Print version info and quit
  48
  49 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  50  Set the nicelevel
  51
  52 .BI "\-beta"  " real" " \-1    "
  53  If positive, overwrite ewald_beta from \fB .tpr\fR file with this value
  54
  55 .BI "\-[no]tune"  "no    "
  56  Tune the splitting parameter such that the error is equally distributed between real and reciprocal space
  57
  58 .BI "\-self"  " real" " 1     "
  59  If between 0.0 and 1.0, determine self interaction error from just this fraction of the charged particles
  60
  61 .BI "\-seed"  " int" " 0"
  62  Random number seed used for Monte Carlo algorithm when \fB \-self\fR is set to a value between 0.0 and 1.0
  63
  64 .BI "\-[no]v"  "no    "
  65  Be loud and noisy
  66
  67 .SH SEE ALSO
  68 .BR gromacs(7)
  69
  70 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.