man/man1/g_hydorder.1

   1 .TH g_hydorder 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_hydorder
   4 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   5 .SH SYNOPSIS
   6 \f3g_hydorder\fP
   7 .BI "\-f" " traj.xtc "
   8 .BI "\-n" " index.ndx "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-o" " intf.xpm "
  11 .BI "\-or" " raw.out "
  12 .BI "\-Spect" " intfspect.out "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-b" " time "
  17 .BI "\-e" " time "
  18 .BI "\-dt" " time "
  19 .BI "\-[no]w" ""
  20 .BI "\-d" " enum "
  21 .BI "\-bw" " real "
  22 .BI "\-sgang1" " real "
  23 .BI "\-sgang2" " real "
  24 .BI "\-tblock" " int "
  25 .BI "\-nlevel" " int "
  26 .SH DESCRIPTION
  27 \&The tetrahedrality order parameters can be determined
  28 \&around an atom. Both angle an distance order parameters are calculated. See
  29 \&P.\-L. Chau and A.J. Hardwick, Mol. Phys., 93, (1998), 511\-518.
  30 \&for more details.
  31 This application calculates the orderparameter in a 3d\-mesh in the box, and
  32 \&with 2 phases in the box gives the user the option to define a 2D interface in time
  33 \&separating the faces by specifying parameters \-sgang1 and \-sgang2 (It is important
  34 \&to select these judiciously)
  35 .SH FILES
  36 .BI "\-f" " traj.xtc"
  37 .B Input
  38  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  39
  40 .BI "\-n" " index.ndx"
  41 .B Input
  42  Index file
  43
  44 .BI "\-s" " topol.tpr"
  45 .B Input
  46  Run input file: tpr tpb tpa
  47
  48 .BI "\-o" " intf.xpm"
  49 .B Output, Mult.
  50  X PixMap compatible matrix file
  51
  52 .BI "\-or" " raw.out"
  53 .B Output, Opt., Mult.
  54  Generic output file
  55
  56 .BI "\-Spect" " intfspect.out"
  57 .B Output, Opt., Mult.
  58  Generic output file
  59
  60 .SH OTHER OPTIONS
  61 .BI "\-[no]h"  "no    "
  62  Print help info and quit
  63
  64 .BI "\-[no]version"  "no    "
  65  Print version info and quit
  66
  67 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  68  Set the nicelevel
  69
  70 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  71  First frame (ps) to read from trajectory
  72
  73 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  74  Last frame (ps) to read from trajectory
  75
  76 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  77  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  78
  79 .BI "\-[no]w"  "no    "
  80  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  81
  82 .BI "\-d"  " enum" " z"
  83  Direction of the normal on the membrane: \fB z\fR, \fB x\fR or \fB y\fR
  84
  85 .BI "\-bw"  " real" " 1     "
  86  Binwidth of box mesh
  87
  88 .BI "\-sgang1"  " real" " 1     "
  89  tetrahedral angle parameter in Phase 1 (bulk)
  90
  91 .BI "\-sgang2"  " real" " 1     "
  92  tetrahedral angle parameter in Phase 2 (bulk)
  93
  94 .BI "\-tblock"  " int" " 1"
  95  Number of frames in one time\-block average
  96
  97 .BI "\-nlevel"  " int" " 100"
  98  Number of Height levels in 2D \- XPixMaps
  99
 100 .SH SEE ALSO
 101 .BR gromacs(7)
 102
 103 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.