Public Git Hosting - gromacs.git/tree

drwxr-xr-x		..
-rw-r--r--	2075	CMakeLists.txt	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5668	boxdeformation.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3781	boxdeformation.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5389	broadcaststructs.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4683	broadcaststructs.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	53749	calc_verletbuf.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7805	calc_verletbuf.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4065	calcmu.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2604	calcmu.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4951	calcvir.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2132	calcvir.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4498	checkpointhandler.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5861	checkpointhandler.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5589	compute_io.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2126	compute_io.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	45866	constr.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	14459	constr.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8237	constraintrange.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2089	constraintrange.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	77938	coupling.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	11713	coupling.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	25809	dispersioncorrection.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7170	dispersioncorrection.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	10665	ebin.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7690	ebin.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	11927	enerdata_utils.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3655	enerdata_utils.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	50991	energyoutput.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	14867	energyoutput.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	49007	expanded.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3285	expanded.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	12120	force.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6546	force.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2976	force_flags.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	47735	forcerec.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5715	forcerec.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2003	forcerec_threading.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6832	freeenergyparameters.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2451	freeenergyparameters.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	16389	gmx_omp_nthreads.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4894	gmx_omp_nthreads.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4444	gpuforcereduction.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3801	gpuforcereduction_impl.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8102	gpuforcereduction_impl.cu	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5257	gpuforcereduction_impl.cuh	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	14406	groupcoord.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	10865	groupcoord.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	16102	leapfrog_gpu.cu	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6745	leapfrog_gpu.cuh	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	86000	lincs.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5167	lincs.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	41981	lincs_gpu.cu	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7944	lincs_gpu.cuh	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4915	makeconstraints.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	21780	md_support.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5726	md_support.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	18677	mdatoms.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4912	mdatoms.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	24627	mdebin_bar.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8241	mdebin_bar.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	29089	mdoutf.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	9273	mdoutf.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	48071	membed.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2602	membed.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	27575	nsgrid.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6534	nsgrid.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	16139	perf_est.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2666	perf_est.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4302	rbin.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2773	rbin.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8737	resethandler.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8297	resethandler.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3102	rf_util.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2039	rf_util.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	30370	settle.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7809	settle.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	24147	settle_gpu.cu	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6152	settle_gpu.cuh	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	29148	shake.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6464	shake.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5438	sighandler.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3944	sighandler.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	95917	sim_util.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5243	simulationsignal.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6509	simulationsignal.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	10891	splitter.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2280	splitter.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	12126	stat.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3303	stat.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8473	stophandler.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	13185	stophandler.h	blob \| blame \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	tests	tree \| history
-rw-r--r--	9872	tgroup.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3190	tgroup.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8659	trajectory_writing.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3968	trajectory_writing.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	64067	update.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	10656	update.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8066	update_constrain_gpu.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4993	update_constrain_gpu_impl.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	13233	update_constrain_gpu_impl.cu	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	9735	update_constrain_gpu_impl.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	28116	updategroups.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3648	updategroups.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5605	updategroupscog.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6469	updategroupscog.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	20707	vcm.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4853	vcm.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	91255	vsite.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7878	vsite.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	11827	wall.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2734	wall.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2584	wholemoleculetransform.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3628	wholemoleculetransform.h	blob \| blame \| history \| raw