docs/release-notes/2020/2020.3.rst

   1 GROMACS 2020.3 release notes
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   4 This version was released on July 9th, 2020. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2020.2 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2019.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
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  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
  14    a space between the colon and number!
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  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Fixes for ``gmx`` tools
  20 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  21
  22 Fix incorrect reading of certain older tpr files
  23 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  24
  25 Certain older tpr files could be read incorrectly, usually leading to an exit
  26 with a memory allocation error.
  27
  28 Fix segmentation fault with gmx lie
  29 """""""""""""""""""""""""""""""""""
  30
  31 The tool would crash due to mismatching sizes of energy terms in the file and F_NRE.
  32
  33 :issue:`3547`
  34
  35 Fix matrix reading in gmx xpm2ps
  36 """"""""""""""""""""""""""""""""
  37
  38 The tool would fail to read a matrix if no second matrix was provided.
  39
  40 :issue:`3551`
  41
  42 Fix uninitialized variable warnings in gmx hbond
  43 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  44
  45 Tool would produce garbage due to using uninitialized memory.
  46
  47 :issue:`3550`
  48
  49 Actually fix gmx do_dssp
  50 """"""""""""""""""""""""
  51
  52 The tool was still broken and gave incorrect results after the previous fix.
  53
  54 :issue:`3444`
  55
  56 Allow configuration of dssp default path
  57 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  58
  59 Users can configure the default path for dssp using GMX_DSSP_PROGRAM_PATH.
  60
  61 :issue:`3520`
  62
  63 Avoid segmentation fault in gmx genrestr
  64 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  65
  66 The tool could fail when running simple inputs due to memory access errors
  67 caused by accessing free'd memory.
  68
  69 :issue:`3582`
  70
  71 Fixes that affect portability
  72 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  73
  74 Update MSVC SIMD flags
  75 """"""""""""""""""""""
  76 Newly supported SIMD flags may improve performance on recent x86 running Windows.
  77
  78 Fix error with tinyxml2 linking
  79 """""""""""""""""""""""""""""""
  80 The signature for linking the external library was wrong.
  81
  82 Miscellaneous
  83 ^^^^^^^^^^^^^
  84
  85 Updated message on using GPU with non-dynamical integrator
  86 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  87 The GPU implementation of PME and bonded forces requires dynamical integrator.
  88 The message that informs user why using GPU for PME or bonded forces is not
  89 supported with non-dynamical integrator was made more clear.
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