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   1 GROMACS 2020.1 release notes
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   3
   4 This version was released on March 3rd, 2020. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2020 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2019.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
  14    a space between the colon and number!
  15
  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Fix fatal error with mdrun -multidir with more than 1 rank per simulation
  20 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 :issue:`3296`
  23
  24 Fix deadlock in mdrun runs with multiple ranks and separate PME ranks
  25 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  26
  27 When multiple PP ranks as well as separate PME ranks are used, mdrun could
  28 deadlock before starting the PP-PME balancing.
  29
  30 :issue:`3335`
  31
  32 Avoid mdrun assertion failure when running with shells and update on a GPU
  33 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  34
  35 A check for shells has been added in the mdrun task assignment code,
  36 so that mdrun falls back to CPU or produces a clear error message
  37 when attempting to run with shells and update on a GPU.
  38
  39 :issue:`3303`
  40
  41 Allow large prime factors in the mdrun MPI rank count
  42 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  43
  44 The domain decomposition would refuse to run with large prime factors
  45 in the MPI rank count even when the grid was specified by the user.
  46
  47 :issue:`3336`
  48
  49 Actually fix PME forces with FE without perturbed q/LJ
  50 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  51
  52 PME would incorrectly ignore the mesh forces on perturbed atoms when
  53 no charges or LJ atom types were actually perturbed. Note that this
  54 is a rather uncommon scenario.
  55
  56 :issue:`2640`
  57 :issue:`3359`
  58
  59 Avoid deadlock when checking for missing DD interactions
  60 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  61
  62 When missing bonded interactions after domain decomposition were detected,
  63 mdrun was deadlocking instead of exiting with a failure.
  64
  65 :issue:`3373`
  66
  67 Fix checkpoint restarts using Parrinello-Rahman and md-vv
  68 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  69
  70 Checkpoints using Parrinello-Rahman and md-vv (only implemented in
  71 the new modular simulator approach) could not be read.
  72
  73 :issue:`3377`
  74
  75 Avoid overzealous program abort with orientation restraints
  76 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  77
  78 It could happen that mdrun would abort on checking orientation restraints in multiple
  79 molecules even though no restraints where applied to them.
  80
  81 :issue:`3375`
  82
  83 Add fatal error for mdrun -multidir when simulations sharing state start at different step
  84 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  85
  86 When (re)starting mdrun -multidir for simulations sharing state data
  87 (e.g., replica exchange, AWH with bias sharing or NMR ensemble averaging)
  88 having a different initial step only caused a note to be printed, which
  89 could lead to simulations getting out of sync. Now a fatal error is issued
  90 in this situation.
  91
  92 :issue:`2440`
  93 :issue:`3990`
  94
  95 Correct skewed box using modular simulator without DD
  96 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  97
  98 Using modular simulator without DD, it was not checked whether the box
  99 was getting overly skewed when using pressure control.
 100
 101 :issue:`3383`
 102
 103 Fix NMR restraints using modular simulator
 104 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 105
 106 Using NMR restraints (distance or orientation restraints) under modular simulator
 107 did not work as expected. All orientation restraint simulations would fail with a
 108 segmentation fault, as would distance restraint simulations using time averaging.
 109 All other distance restraint simulations would run correctly, but output to the
 110 energy trajectory would only occur if it coincided with general energy writing
 111 steps.
 112
 113 :issue:`3388`
 114
 115 Avoid integer overflow when using dispersion correction
 116 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 117
 118 A change in the integer type storing the index meant that the value could overflow
 119 and turn negative, leading to wrong lookup and unphysical values.
 120
 121 :issue:`3391`
 122
 123 Fix too small pairlist buffer on Intel GPUs
 124 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 125
 126 The pairlist buffer generated for Intel GPUs was slightly too small,
 127 because it assumed a 4x4 atom-cluster pair kernel instead of 4x2.
 128
 129 :issue:`3407`
 130
 131 Fix checkpoint files getting out of sync with simulations sharing data
 132 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 133
 134 When simulations share data, e.g., replica exchange, AWH with bias sharing
 135 or NMR ensemble averaging, MPI barrier have now been added before renaming
 136 the checkpointing files to avoid that checkpoints files from the simulations
 137 can get out of sync. Now in very unlikely cases some checkpoint files might
 138 have temporary names, but all content will be in sync.
 139
 140 :issue:`2440`
 141
 142 Fix simulations using graph and modular simulations
 143 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 144
 145 Simulations using modular simulator and a graph object would fail with a
 146 segmentation fault.
 147
 148 :issue:`3389`
 149
 150 Fix center of mass motion removal with frozen atoms
 151 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 152
 153 When frozen atoms were part of center of mass motion removal groups,
 154 they would still contribute to the mass of those groups. This meant that
 155 the COM velocity correction was (slightly) too small. Now completely
 156 frozen atoms are removed from COM removal groups by grompp.
 157 When atoms are only frozen along one or two dimensions and part of
 158 a COM removal group, grompp now issues a warning.
 159
 160 :issue:`2553`
 161
 162 Fix temperature calculation when center of mass motion is removed for part of the system
 163 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 164
 165 In the uncommon case where the center of mass motion is removed for part of the system
 166 but not the whole system, the number of degrees of freedom for the part without
 167 COMM removal would be incorrectly lowered by 3.
 168
 169 :issue:`3406`
 170
 171 Fix possible issue with picking undefined NB kernel types
 172 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 173
 174 The CPU reference implementations for the NB kernels were missing some definitions for specific kernel
 175 types. This only affected installations that have SIMD explicitly turned off, something that is
 176 unlikely to happen in production environments.
 177
 178 :issue:`2728`
 179
 180 Fixes for ``gmx`` tools
 181 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 182
 183 Fixes that affect portability
 184 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 185
 186 Add support for ICC NextGen
 187 """""""""""""""""""""""""""
 188
 189 Add support for Intel Compiler based on LLVM technology.
 190 To compile GROMACS with this compiler use ``CXX=icpc CXXFLAGS=-qnextgen cmake``.
 191
 192 Document known issues with OpenCL on Volta and Turing
 193 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 194
 195 :issue:`3125`
 196
 197 Miscellaneous
 198 ^^^^^^^^^^^^^
 199
 200 Fix check for modified source files in release tarballs
 201 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 202 It could happen that modifications to the source tree were not picked
 203 up if they happened after the build directory had been generated.
 204
 205 :issue:`3302`
 206