docs/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2014,2015,2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 # This directory provides a unified place for building all kinds of
  36 # GROMACS documentation. This includes some "static" content (Doxygen
  37 # code documentation, reference manual, install guide, old online HTML
  38 # images), and content generated from the gmx program for the various
  39 # tools (man and HTML pages). It also provides the "webpage" target,
  40 # that combines all of the above (except man pages in man format) into
  41 # a form suitable for automated deployment to the GROMACS website. It
  42 # also provides the INSTALL file for the tarball.
  43 #
  44 # The webpage is mostly built by Sphinx.  Variable values for Sphinx
  45 # substitutions are configured by CMake (for things like version numbers),
  46 # using gmx_configure_version_file().  This happens during build time instead
  47 # of configure time, because 1) some of the version variables are only
  48 # available during build time, and 2) we don't want to do all the Sphinx setup
  49 # during configuration to save some time when not building the content.
  50 # All the generated values get put into conf-vars.py (generated from
  51 # conf-vars.py.cmakein), which in turn is included by the Sphinx configuration
  52 # file conf.py.
  53
  54 set(SOURCE_MD5SUM "unknown" CACHE STRING
  55     "MD5 sum of the source tarball, normally used only for the pre-release webpage build")
  56 # REGRESSIONTEST_MD5SUM is set in cmake/gmxVersionInfo.cmake because it is used also in tests/CMakeLists.txt
  57 mark_as_advanced(SOURCE_MD5SUM)
  58
  59 set(EXPECTED_DOXYGEN_VERSION 1.8.5)
  60
  61 if (DEFINED PYTHON_EXECUTABLE)
  62     # Keep quiet on subsequent runs of cmake
  63     set(PythonInterp_FIND_QUIETLY ON)
  64 endif()
  65 find_package(PythonInterp 2.7)
  66 find_package(Sphinx 1.3 QUIET COMPONENTS pygments)
  67
  68 # Even if we aren't going to make the full webpage, set up to put all
  69 # the documentation output in the same place, for convenience
  70 set(HTML_OUTPUT_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/html")
  71 file(MAKE_DIRECTORY ${HTML_OUTPUT_DIR})
  72
  73 # The directory from which man pages will be installed; if it remains
  74 # empty, they will be silently skipped.
  75 set(MAN_PAGE_DIR)
  76 if (SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION)
  77     # When building from the tarball, install the bundled man pages
  78     # (unless overridden).
  79     set(MAN_PAGE_DIR ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR})
  80 endif()
  81
  82 add_subdirectory(doxygen)
  83 add_subdirectory(manual)
  84
  85 if (SPHINX_FOUND)
  86     # We need to have all the Sphinx input files in a single directory, and
  87     # since some of them are generated, we copy everything into the build tree,
  88     # to this directory.
  89     set(SPHINX_INPUT_DIR ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/sphinx-input)
  90     set(SPHINX_EXTENSION_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR})
  91     if (SOURCE_MD5SUM STREQUAL "unknown")
  92         # But for testing the webpage build (e.g. from the repo) we
  93         # need a default value.
  94         set(REGRESSIONTEST_MD5SUM_STRING "unknown")
  95     else()
  96         # The real build of the webpage happens from the tarball, and
  97         # this should be set to the matching MD5 sum.
  98         set(REGRESSIONTEST_MD5SUM_STRING "${REGRESSIONTEST_MD5SUM}")
  99     endif()
 100     set(SPHINX_SOURCE_FILES
 101         index.rst
 102         download.rst
 103         dev-manual/index.rst
 104         dev-manual/build-system.rst
 105         dev-manual/doxygen.rst
 106         dev-manual/formatting.rst
 107         dev-manual/gmxtree.rst
 108         dev-manual/includestyle.rst
 109         dev-manual/jenkins.rst
 110         dev-manual/language-features.rst
 111         dev-manual/naming.rst
 112         dev-manual/overview.rst
 113         dev-manual/relocatable-binaries.rst
 114         dev-manual/style.rst
 115         dev-manual/testutils.rst
 116         dev-manual/tools.rst
 117         dev-manual/uncrustify.rst
 118         fragments/doxygen-links.rst
 119         install-guide/index.rst
 120         user-guide/index.rst
 121         user-guide/getting-started.rst
 122         user-guide/flow.rst
 123         user-guide/system-preparation.rst
 124         user-guide/cutoff-schemes.rst
 125         user-guide/managing-simulations.rst
 126         user-guide/mdrun-features.rst
 127         user-guide/mdrun-performance.rst
 128         user-guide/mdp-options.rst
 129         user-guide/file-formats.rst
 130         user-guide/cmdline.rst
 131         user-guide/environment-variables.rst
 132         user-guide/plotje.gif
 133         user-guide/xvgr.gif
 134         conf.py
 135         links.dat
 136         )
 137
 138     include(SphinxMacros.cmake)
 139     gmx_init_sphinx_setup(${SPHINX_INPUT_DIR})
 140
 141     set(SPHINX_CONFIG_VARS_FILE ${SPHINX_INPUT_DIR}/conf-vars.py)
 142     gmx_configure_version_file(conf-vars.py.cmakein ${SPHINX_CONFIG_VARS_FILE}
 143         EXTRA_VARS
 144             SPHINX_EXTENSION_PATH RELENG_PATH
 145             EXPECTED_DOXYGEN_VERSION
 146             CMAKE_MINIMUM_REQUIRED_VERSION REQUIRED_CUDA_VERSION
 147             REQUIRED_OPENCL_MIN_VERSION
 148             REQUIRED_CUDA_COMPUTE_CAPABILITY REGRESSIONTEST_VERSION
 149             SOURCE_MD5SUM REGRESSIONTEST_MD5SUM_STRING
 150             GMX_TNG_MINIMUM_REQUIRED_VERSION
 151             GMX_LMFIT_MINIMUM_REQUIRED_VERSION
 152         COMMENT "Configuring Sphinx configuration file")
 153     gmx_add_sphinx_input_file(${SPHINX_CONFIG_VARS_FILE})
 154     gmx_add_sphinx_source_files(FILES ${SPHINX_SOURCE_FILES})
 155     if (EXISTS ${RELENG_PATH}/docs/FileList.cmake)
 156         include(${RELENG_PATH}/docs/FileList.cmake)
 157         gmx_add_sphinx_source_files(
 158             FROM ${RELENG_PATH}/docs TO dev-manual/releng PREFIX releng/docs/
 159             FILES ${RELENG_SPHINX_FILES})
 160     else()
 161         gmx_add_sphinx_source_files(FILES
 162             dev-manual/releng/index.rst
 163             dev-manual/releng/jenkins-howto.rst
 164             dev-manual/releng/jenkins-ui.rst
 165             )
 166     endif()
 167     gmx_add_sphinx_input_target(sphinx-input)
 168     # Remove other rst files from the build tree, since they confuse Sphinx.
 169     # Skip generated files in onlinehelp/, and fragments.
 170     # The latter do not cause issues with obsolete files, as they
 171     # are not considered as Sphinx input files, but will only be
 172     # included using an explicit .. include::.
 173     gmx_remove_obsolete_sphinx_input_files("^(onlinehelp|fragments)/.*\\\\.rst$")
 174
 175     # TODO: Make this remove obsolete .rst files.
 176     # TODO: This does not work in cross-compilation scenarios; disable up to
 177     # the necessary level.
 178     gmx_add_custom_output_target(sphinx-programs OUTPUT STAMP
 179         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E make_directory onlinehelp
 180         COMMAND gmx -quiet help -export rst
 181         DEPENDS gmx
 182         WORKING_DIRECTORY ${SPHINX_INPUT_DIR}
 183         COMMENT "Generating reStructuredText help")
 184     # This dependency ensures that the directories exist before the
 185     # executable tries to write things there.
 186     add_dependencies(sphinx-programs sphinx-input)
 187
 188     # Make the INSTALL file for CPack for the tarball. This gets put
 189     # into the tarball via the CPack rules below, which requires that
 190     # the INSTALL file is in a separate directory by itself.
 191     set(TEXT_INSTALL_GUIDE_OUTPUT_DIR "install-guide/text")
 192     add_custom_target(install-guide
 193         COMMAND
 194             ${SPHINX_EXECUTABLE}
 195             -q -b text
 196             -w sphinx-install.log
 197             -d ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/install-guide/_doctrees
 198             -c ${SPHINX_INPUT_DIR}
 199             "${SPHINX_INPUT_DIR}/install-guide"
 200             "${TEXT_INSTALL_GUIDE_OUTPUT_DIR}"
 201         COMMAND
 202             ${CMAKE_COMMAND} -E rename
 203             ${TEXT_INSTALL_GUIDE_OUTPUT_DIR}/index.txt
 204             ${TEXT_INSTALL_GUIDE_OUTPUT_DIR}/INSTALL
 205         WORKING_DIRECTORY
 206             ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 207         COMMENT "Building INSTALL with Sphinx"
 208         VERBATIM
 209         )
 210     add_dependencies(install-guide sphinx-input)
 211     gmx_cpack_add_generated_source_directory(install-guide/text DESTINATION /)
 212
 213     # Sphinx cache with pickled ReST documents
 214     set(SPHINX_CACHE_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/_doctrees")
 215
 216     add_custom_target(webpage-sphinx
 217         COMMAND
 218             ${CMAKE_COMMAND} -E make_directory ${SPHINX_INPUT_DIR}/_static
 219         COMMAND
 220             ${SPHINX_EXECUTABLE}
 221             -q -b html
 222             -w sphinx-html.log
 223             -d "${SPHINX_CACHE_DIR}"
 224             "${SPHINX_INPUT_DIR}"
 225             "${HTML_OUTPUT_DIR}"
 226         WORKING_DIRECTORY
 227             ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 228         COMMENT "Building HTML documentation with Sphinx"
 229         VERBATIM
 230         )
 231     add_dependencies(webpage-sphinx sphinx-input sphinx-programs)
 232
 233     add_custom_target(man
 234         COMMAND
 235             ${SPHINX_EXECUTABLE}
 236             -q -b man
 237             -w sphinx-man.log
 238             -d ${SPHINX_CACHE_DIR}
 239             -t do_man
 240             ${SPHINX_INPUT_DIR}
 241             ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/man
 242         COMMENT "Building man pages with Sphinx"
 243         VERBATIM)
 244     add_dependencies(man sphinx-input sphinx-programs)
 245     if (GMX_BUILD_HELP)
 246         # If requested, install the man pages built by the 'man' target
 247         # created above.  Nothing will be installed if the user did not
 248         # manually build the target.
 249         set(MAN_PAGE_DIR ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR})
 250     endif()
 251 else()
 252     add_custom_target(webpage-sphinx
 253         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E echo
 254             "HTML pages cannot be built because Sphinx is not available"
 255         VERBATIM)
 256     add_custom_target(install-guide
 257         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E echo
 258             "INSTALL cannot be built because Sphinx is not available"
 259         VERBATIM)
 260     add_custom_target(man
 261         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E echo
 262             "man pages cannot be built because Sphinx is not available"
 263         VERBATIM)
 264 endif()
 265
 266 if (MAN_PAGE_DIR)
 267     set(MAN_PAGE_DIR ${MAN_PAGE_DIR}/man)
 268     # Trailing slash on directory is significant for
 269     # install(DIRECTORY). See CMake docs.
 270     install(DIRECTORY ${MAN_PAGE_DIR}/
 271         DESTINATION ${MAN_INSTALL_DIR}/man1
 272         COMPONENT man OPTIONAL
 273         FILES_MATCHING PATTERN "*.1")
 274 endif()
 275 gmx_cpack_add_generated_source_directory(man)
 276
 277 # Determine whether we can build all the HTML pages and content linked from
 278 # there.  If not, construct an informative message if the user tries to
 279 # build the target; most people never need to know, unless they've asked for
 280 # the webpage build.
 281 set(HTML_BUILD_IS_POSSIBLE ON)
 282 set(HTML_BUILD_NOT_POSSIBLE_REASON)
 283 set(HTML_BUILD_WARNINGS)
 284
 285 # Next, turn it off if any of the preconditions are unsatisified
 286 if (NOT PYTHON_EXECUTABLE)
 287     set(HTML_BUILD_IS_POSSIBLE OFF)
 288     set(HTML_BUILD_NOT_POSSIBLE_REASON "Python is required")
 289 elseif (NOT SPHINX_FOUND)
 290     # Hardly anything gets built if Sphinx is not available, so don't bother.
 291     set(HTML_BUILD_IS_POSSIBLE OFF)
 292     set(HTML_BUILD_NOT_POSSIBLE_REASON "Sphinx is required")
 293 endif()
 294 if (NOT MANUAL_BUILD_IS_POSSIBLE)
 295     list(APPEND HTML_BUILD_WARNINGS
 296          "Reference PDF manual was not built, so links to it do not work")
 297 endif()
 298 if (NOT DOXYGEN_EXECUTABLE)
 299     list(APPEND HTML_BUILD_WARNINGS
 300         "Doxygen was not available, so links to Doxygen do not work")
 301 endif()
 302 if (NOT DOXYGEN_DOT_EXECUTABLE)
 303     list(APPEND HTML_BUILD_WARNINGS
 304         "dot/graphviz was not found, so some graphs are missing")
 305 endif()
 306
 307 if (HTML_BUILD_IS_POSSIBLE)
 308     set(_webpage_target_properties)
 309     if (HTML_BUILD_WARNINGS)
 310         list(APPEND _webpage_target_properties
 311              COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E echo
 312                  "webpage was built, but with the following limitations:")
 313         foreach(_warning ${HTML_BUILD_WARNINGS})
 314         list(APPEND _webpage_target_properties
 315              COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E echo " - ${_warning}")
 316         endforeach()
 317     endif()
 318
 319     if (MANUAL_BUILD_IS_POSSIBLE)
 320         # Make the PDF reference guide
 321         # TODO Try to make the PDF arrive directly in ${HTML_OUTPUT_DIR}
 322         # TODO Make this depend on the output of the manual build, so that the
 323         # file actually gets copied multiple times.
 324         set(_manual_target_location ${HTML_OUTPUT_DIR}/manual-${GMX_VERSION_STRING}.pdf)
 325         add_custom_command(
 326             OUTPUT ${_manual_target_location}
 327             COMMAND ${CMAKE_COMMAND}
 328                 -E remove -f ${_manual_target_location}
 329             COMMAND ${CMAKE_COMMAND}
 330                 -E copy ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/manual/gromacs.pdf ${_manual_target_location}
 331             DEPENDS manual
 332             VERBATIM)
 333         list(APPEND _webpage_target_properties
 334              DEPENDS ${_manual_target_location})
 335     endif()
 336
 337     # The Doxygen configuration in doxygen/Doxyfile-common.cmakein
 338     # makes all the Doxygen output directly in
 339     # ${HTML_OUTPUT_DIR}/doxygen (and makes the directory if it needs
 340     # to).
 341
 342     # Add a top-level target that builds everything related to the webpage,
 343     # for Jenkins (and possibly others) to use
 344     add_custom_target(webpage ${_webpage_target_properties}
 345         COMMENT "Building webpage"
 346         VERBATIM)
 347     add_dependencies(webpage webpage-sphinx doxygen-all)
 348 else()
 349     add_custom_target(webpage
 350         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E echo
 351             "Cannot build webpage because ${HTML_BUILD_NOT_POSSIBLE_REASON}"
 352         COMMENT "Webpage build not possible"
 353         VERBATIM)
 354 endif()