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   1 GROMACS 2018.2 release notes
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   3
   4 This version was released on June 14, 2018. These release notes document
   5 the changes that have taken place in GROMACS since version 2018.1, to fix known
   6 issues. It also incorporates all fixes made in version 2016.5 and
   7 earlier, which you can find described in the :ref:`release-notes`.
   8
   9 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  10 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  11
  12 Prevented OpenCL timing memory leak
  13 """""""""""""""""""""""""""""""""""
  14
  15 When using OpenCL builds and timing, a memory leak would lead to all system memory being used up.
  16
  17 :issue:`2470`
  18
  19 Fixed MPI error after constraint failure during energy minimization
  20 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 :issue:`2540`
  23
  24 Fixed moving frozen atoms with constraints
  25 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  26
  27 Frozen atoms which also had bond constraints could move.
  28
  29 :issue:`2542`
  30
  31 Fixed COM removal moving frozen atoms
  32 """""""""""""""""""""""""""""""""""""
  33
  34 When frozen atoms were part of center of mass motion removal groups,
  35 they could accumulate momentum and move.
  36
  37 :issue:`2551`
  38
  39 Fixed AWH too infrequent checks for covering
  40 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  41 For multidimensional AWH grids with many points relative to the number
  42 of samples required for covering the grid, the detection of covering
  43 could be delayed because of too infrequent checks.
  44
  45 :issue:`2487`
  46
  47 Fixed AWH continuation consistency checks
  48 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  49
  50 Some kinds of changes upon restarts are now disallowed, as intended.
  51
  52 Fixed AWH awh-nsamples-update value checking
  53 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  54
  55 Zero is now forbidden, as intended.
  56
  57 :issue:`2489`
  58
  59 Fixes for ``gmx`` tools
  60 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  61
  62 Fixed buffer overflow in grompp warnings
  63 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  64 When grompp issued a warning or error with a filename/path of more than
  65 255 characters, a buffer overflow would occur. This could also happens
  66 during make check/test.
  67
  68 :issue:`2465`
  69
  70 Fixed infinite loop in gmx solvate
  71 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  72 When provided with a PDB file that had no box information for the solvent,
  73 gmx solvate could be stuck in an infinite loop.
  74 Fixed by disallowing empty boxes for solvent PDB files.
  75
  76 :issue:`2523`
  77
  78 Fixed enemat when the .edr file had no matching energy groups
  79 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  80
  81 :issue:`2508`
  82
  83 Fixed PQR file output
  84 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  85 PQR files from gmx editconf violated the standard for the format because
  86 they were always written in fixed format. This commit fixes the issue by
  87 introducing a different output method for PQR files that follows the
  88 standard.
  89
  90 :issue:`2511`
  91
  92 Fixed crash in gmx solvate
  93 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  94 gmx solvate would crash due to memory corruption when using multiple solvent
  95 molecule types.
  96
  97 Added check for unallowed periodic setups
  98 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  99
 100 Long distances between atoms in bonded interactions could lead to incorrect
 101 periodicity removal. In such cases an inconsistent shift message was printed,
 102 but the run or analysis was not terminated and other, confusing, errors
 103 could be issued. Now an informative fatal error is issued.
 104
 105 :issue:`2549`
 106
 107 Fixes to improve portability
 108 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 109
 110 Fixed CUDA compilation on Windows.
 111 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 112
 113 :issue:`2509`
 114
 115 Fixed SIMD support for POWER systems in double precision with gcc 8
 116 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 117
 118 :issue:`2421`
 119
 120
 121 Fixed possible illegal instruction on KNL with Intel compiler
 122 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 123
 124 :issue:`2504`
 125
 126 Miscellaneous
 127 ^^^^^^^^^^^^^
 128
 129 Information message about OMP_NUM_THREADS now sent to log file
 130 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 131
 132 Made it easier to track this information by writing it to the log file
 133 in a clear way, rather than to stderr.
 134
 135 :issue:`2472`
 136
 137 Fixed inadvertent disabling of SIMD version of the integrator
 138 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 139
 140 Fixed a bug so the SIMD version of the leap-frog integrator is chosen,
 141 when possible. This may improve performance.
 142
 143 :issue:`2497`
 144
 145 Fixed own FFTW builds on certain AVX2/AVX512 hardware
 146 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 147
 148 Version 3.3.8 of FFTW fixes some known gcc-8 errors for AVX2 by removing the
 149 fast-math flag, and it also appears to fix an issue with failed unit tests on
 150 AVX512-capable hardware, so we have bumped the version we download to 3.3.8.
 151
 152 :issue:`2541`
 153
 154 Switched to using more standard CMake variables for installing on GNU systems
 155 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 156
 157 GnuInstallDirs.cmake is a better approach.
 158
 159 Several documentation and output improvements
 160 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 161
 162 * Updated top-level README file for latest GROMACS core publication.
 163 * Reporting about GPU detection has improved.
 164 * ``gmx mindist -pi`` docs improved.
 165 * Docs for mdp options relating to bonds improved.
 166 * Fixed various typos.
 167 * Removed a leftover mention of the twin-range scheme.
 168 * `gmx trjconv -ndec`` docs improved.