docs/release-notes/2019/2019.4.rst

   1 GROMACS 2019.4 release notes
   2 ----------------------------
   3
   4 This version was released on October 2nd, 2019. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2019.3 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2018.7 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
  14    a space between the colon and number!
  15
  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Fix incorrect pressure when atoms in CMAP cross a box boundary
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 The virial calculation and thus the pressure would be incorrect
  23 when the second and third atom involved in a CHARMM CMAP correction
  24 term would reside in different periodic images. This can happen when
  25 a protein is positioned over a box boundary. Note that the energy
  26 and forces were correct, but sampling was affected when pressure
  27 coupling was applied when a protein crossed a box boundary.
  28
  29 :issue:`2845`
  30 :issue:`2867`
  31
  32 Fix incorrect LJ cut-off on GPU when rvdw < rcoulomb
  33 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  34
  35 When rvdw was chosen by the user to be smaller than rcoulomb in the mdp file,
  36 the LJ cut-off would initially be set to the Coulomb cut-off for computing
  37 non-bonded interactions on the GPU. This only affected energy minimization,
  38 mdrun -rerun and the first 2*nstlist steps of a normal MD run, since the correct
  39 LJ cut-off is set when PME tuning (on by default) starts after 2*nstlist steps
  40 (unless PME tuning was disabled with -notunepme).
  41
  42 :issue:`3056`
  43
  44
  45 Fix (unlikely) missing bonded forces with CUDA GPUs and domain decomposition
  46 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  47
  48 Forces could be missing for bonded interactions computed on CUDA GPUs with
  49 domain decomposition when there are non-local bonded interactions, but no
  50 non-local non-bonded interactions between two domains. Note that this is
  51 extremely unlikely to happen, since the distance between the bonded atoms
  52 needs to be larger than the pair-list cut-off distance and there should be no
  53 other non-local atoms within the pair-list cut-off distance.
  54
  55 :issue:`3063`
  56
  57 Fix incorrect reporting of final kinetic energy and temperature
  58 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  59
  60 With the leap-frog integrator, the kinetic energy and temperature reported
  61 for the last step were incorrect when the last step was not divisible by
  62 nstcalcenergy, nsttcouple or nstpcouple.
  63
  64 :issue:`2950`
  65
  66 Fix segmentation fault in grompp and mdrun with cosine COM pulling
  67 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  68
  69 :issue:`3023`
  70
  71
  72 Fixes for ``gmx`` tools
  73 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  74
  75 Fix grompp not adding angle constraints between constraints
  76 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  77
  78 When using the mdp option constraints=all-angles, angles involving
  79 bonds supplied as constraints in the topology would be removed,
  80 but not replaced by angle constraints.
  81
  82 :issue:`3067`
  83
  84 Fix gmx wham with angle and dihedral geometries
  85 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  86
  87 gmx wham would apply an incorrect radian to degree unit conversion,
  88 leading to no overlap or not-a-number output.
  89
  90 :issue:`2609`
  91 :issue:`3094`
  92
  93 Fix bug in gmx xpm2ps
  94 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  95
  96 The tool would fail when not being provided with a library file to read in.
  97
  98 :issue:`3012`
  99
 100 Fix bug in gmx anaeig
 101 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 102
 103 An issue was noted when reading a second set
 104 set of eigenvectors that could lead to problems when the number
 105 of eigenvectors was less than the three times the number of atoms.
 106
 107 :issue:`2972`
 108
 109 Fix issue with demux.pl script
 110 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 111
 112 The trajectories could become discontinuous with simulations longer than 100ns
 113 and exchange strides that are not a multiple of 1 ps. This only affected the
 114 post-processing of trajectories generated from replica exchange simulations.
 115
 116 Made gmx disre work with non-consecutively labeled restraints
 117 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 118
 119 :issue:`2953`
 120
 121 Fixed writing of gro files with index groups
 122 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 123
 124 An output ``.gro`` file from from e.g. ``gmx editconf -f -n`` would
 125 take the atom names for the output file in order from the atoms in the
 126 input file, rather than in order from the atoms indicated by the
 127 indices in the index file.
 128
 129 :issue:`3107`
 130
 131 Made gmx make_ndx keep chain IDs
 132 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 133
 134 Old style structure file reading caused the chain IDs to be overwritten with
 135 default values.
 136
 137 :issue:`3070`
 138
 139 Fixes that affect portability
 140 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 141
 142 Disable PME OpenCL on Apple
 143 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 144
 145 The Apple OpenCL compilers fail to produce a functional clFFT build.
 146 The OpenCL PME support is therefore disabled on Apple platforms.
 147
 148 :issue:`2941`
 149
 150 Miscellaneous
 151 ^^^^^^^^^^^^^
 152
 153 Added AMD Zen 2 detection
 154 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 155
 156 The AMD Zen 2 architecture is now detected as different from Zen 1
 157 and uses 256-bit wide AVX2 SIMD instructions (GMX_SIMD=AVX2_256) by default.
 158 Also the non-bonded kernel parameters have been tuned for Zen 2.
 159 This has a significant impact on performance.