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   1 GROMACS 2020.2 release notes
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   4 This version was released on April 30th, 2020. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2020.1 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2019.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
  14    a space between the colon and number!
  15
  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Ewald dipole correction incorrect without domain decomposition
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 Ewald dipole correction (epsilon-surface != 0) is now disabled when not
  23 using domain decomposition. With domain decomposition, it only works
  24 when each molecule consists of a single update group (e.g. water).
  25 This will be fixed in release-2021.
  26
  27 :issue:`3441`
  28
  29 Expanded ensemble simulations restarted from checkpoints
  30 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  31
  32 When restarting expanded ensemble simulations from checkpoints, expanded
  33 ensemble would silently refuse to run, and simulations would remain in
  34 their original lambda state.
  35
  36 :issue:`3465`
  37
  38 Fixed free energy calculations with LJ PME
  39 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  40
  41 Fixed an issue that calculated wrong long-range corrections when using
  42 free energy perturbation with ``vdwtype = pme``. This affected forces,
  43 energies, lambda derivatives and foreign lambdas.
  44
  45 :issue:`3470`
  46
  47 The velocities of the center of mass are now removed correctly in case of -update gpu
  48 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  49
  50 When the center of mass motion is removed, the velocities are updated in the CPU memory.
  51 In case of GPU update, they should be copied back to the GPU memory after they were updated
  52 on the CPU. This affected most runs where the velocity of the center of mass has to be removed,
  53 in particular these where this velocity is large in the beginning of the run.
  54
  55 :issue:`3508`
  56
  57 Fix checkpoint restart with non-zero initial step
  58 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  59
  60 When restarting from the checkpoint, the init-step mdp parameter was ignored while
  61 checking if the simulation is already finished. As a result, this check only worked
  62 properly when init-step was 0 or was not specified.
  63
  64 :issue:`3489`
  65
  66 Fixes for ``gmx`` tools
  67 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  68
  69 Time output unit fixes
  70 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  71
  72 When selecting a time unit of microseconds or larger,
  73 ``gmx tool -tu`` now produces the correct string in .xvg and
  74 particularly .xvgr plots
  75
  76 Fix do_dssp
  77 ^^^^^^^^^^^
  78
  79 The tool would fail with a segmentation fault.
  80
  81 :issue:`3444`
  82
  83 Fixes that affect portability
  84 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  85
  86 Give clearer message about not detecting IBM_VSX support in gcc > 9
  87 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  88
  89 CMake would fail with a confusing error message.
  90
  91 :issue:`3380`
  92
  93 Miscellaneous
  94 ^^^^^^^^^^^^^
  95
  96 Fixed initial DLB state reporting
  97 """""""""""""""""""""""""""""""""
  98
  99 The initial DLB state was reported incorrectly in the log file when
 100 the either "on" or "auto" value was the chosen at mdrun startup.