src/gromacs/gmxpreprocess/tests/refdata/GetIrTest_ProducesOutputFromElectricFieldPulsed.xml

   1 <?xml version="1.0"?>
   2 <?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
   3 <ReferenceData>
   4   <Bool Name="Error parsing mdp file">false</Bool>
   5   <String Name="OutputMdpFile">
   6 ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS
   7 ; Preprocessor information: use cpp syntax.
   8 ; e.g.: -I/home/joe/doe -I/home/mary/roe
   9 include                  =
  10 ; e.g.: -DPOSRES -DFLEXIBLE (note these variable names are case sensitive)
  11 define                   =
  12
  13 ; RUN CONTROL PARAMETERS
  14 integrator               = md
  15 ; Start time and timestep in ps
  16 tinit                    = 0
  17 dt                       = 0.001
  18 nsteps                   = 0
  19 ; For exact run continuation or redoing part of a run
  20 init-step                = 0
  21 ; Part index is updated automatically on checkpointing (keeps files separate)
  22 simulation-part          = 1
  23 ; mode for center of mass motion removal
  24 comm-mode                = Linear
  25 ; number of steps for center of mass motion removal
  26 nstcomm                  = 100
  27 ; group(s) for center of mass motion removal
  28 comm-grps                =
  29
  30 ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS
  31 ; Friction coefficient (amu/ps) and random seed
  32 bd-fric                  = 0
  33 ld-seed                  = -1
  34
  35 ; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS
  36 ; Force tolerance and initial step-size
  37 emtol                    = 10
  38 emstep                   = 0.01
  39 ; Max number of iterations in relax-shells
  40 niter                    = 20
  41 ; Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints
  42 fcstep                   = 0
  43 ; Frequency of steepest descents steps when doing CG
  44 nstcgsteep               = 1000
  45 nbfgscorr                = 10
  46
  47 ; TEST PARTICLE INSERTION OPTIONS
  48 rtpi                     = 0.05
  49
  50 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS
  51 ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
  52 nstxout                  = 0
  53 nstvout                  = 0
  54 nstfout                  = 0
  55 ; Output frequency for energies to log file and energy file
  56 nstlog                   = 1000
  57 nstcalcenergy            = 100
  58 nstenergy                = 1000
  59 ; Output frequency and precision for .xtc file
  60 nstxout-compressed       = 0
  61 compressed-x-precision   = 1000
  62 ; This selects the subset of atoms for the compressed
  63 ; trajectory file. You can select multiple groups. By
  64 ; default, all atoms will be written.
  65 compressed-x-grps        =
  66 ; Selection of energy groups
  67 energygrps               =
  68
  69 ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
  70 ; cut-off scheme (Verlet: particle based cut-offs, group: using charge groups)
  71 cutoff-scheme            = Verlet
  72 ; nblist update frequency
  73 nstlist                  = 10
  74 ; ns algorithm (simple or grid)
  75 ns-type                  = Grid
  76 ; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy
  77 pbc                      = xyz
  78 periodic-molecules       = no
  79 ; Allowed energy error due to the Verlet buffer in kJ/mol/ps per atom,
  80 ; a value of -1 means: use rlist
  81 verlet-buffer-tolerance  = 0.005
  82 ; nblist cut-off
  83 rlist                    = 1
  84 ; long-range cut-off for switched potentials
  85
  86 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
  87 ; Method for doing electrostatics
  88 coulombtype              = Cut-off
  89 coulomb-modifier         = Potential-shift-Verlet
  90 rcoulomb-switch          = 0
  91 rcoulomb                 = 1
  92 ; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field
  93 epsilon-r                = 1
  94 epsilon-rf               = 0
  95 ; Method for doing Van der Waals
  96 vdw-type                 = Cut-off
  97 vdw-modifier             = Potential-shift-Verlet
  98 ; cut-off lengths
  99 rvdw-switch              = 0
 100 rvdw                     = 1
 101 ; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure
 102 DispCorr                 = No
 103 ; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off
 104 table-extension          = 1
 105 ; Separate tables between energy group pairs
 106 energygrp-table          =
 107 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
 108 fourierspacing           = 0.12
 109 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
 110 fourier-nx               = 0
 111 fourier-ny               = 0
 112 fourier-nz               = 0
 113 ; EWALD/PME/PPPM parameters
 114 pme-order                = 4
 115 ewald-rtol               = 1e-05
 116 ewald-rtol-lj            = 0.001
 117 lj-pme-comb-rule         = Geometric
 118 ewald-geometry           = 3d
 119 epsilon-surface          = 0
 120
 121 ; IMPLICIT SOLVENT ALGORITHM
 122 implicit-solvent         = No
 123
 124 ; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS
 125 ; Algorithm for calculating Born radii
 126 gb-algorithm             = Still
 127 ; Frequency of calculating the Born radii inside rlist
 128 nstgbradii               = 1
 129 ; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms
 130 ; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps
 131 rgbradii                 = 1
 132 ; Dielectric coefficient of the implicit solvent
 133 gb-epsilon-solvent       = 80
 134 ; Salt concentration in M for Generalized Born models
 135 gb-saltconc              = 0
 136 ; Scaling factors used in the OBC GB model. Default values are OBC(II)
 137 gb-obc-alpha             = 1
 138 gb-obc-beta              = 0.8
 139 gb-obc-gamma             = 4.85
 140 gb-dielectric-offset     = 0.009
 141 sa-algorithm             = Ace-approximation
 142 ; Surface tension (kJ/mol/nm^2) for the SA (nonpolar surface) part of GBSA
 143 ; The value -1 will set default value for Still/HCT/OBC GB-models.
 144 sa-surface-tension       = -1
 145
 146 ; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
 147 ; Temperature coupling
 148 tcoupl                   = No
 149 nsttcouple               = -1
 150 nh-chain-length          = 10
 151 print-nose-hoover-chain-variables = no
 152 ; Groups to couple separately
 153 tc-grps                  =
 154 ; Time constant (ps) and reference temperature (K)
 155 tau-t                    =
 156 ref-t                    =
 157 ; pressure coupling
 158 pcoupl                   = No
 159 pcoupltype               = Isotropic
 160 nstpcouple               = -1
 161 ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
 162 tau-p                    = 1
 163 compressibility          =
 164 ref-p                    =
 165 ; Scaling of reference coordinates, No, All or COM
 166 refcoord-scaling         = No
 167
 168 ; OPTIONS FOR QMMM calculations
 169 QMMM                     = no
 170 ; Groups treated Quantum Mechanically
 171 QMMM-grps                =
 172 ; QM method
 173 QMmethod                 =
 174 ; QMMM scheme
 175 QMMMscheme               = normal
 176 ; QM basisset
 177 QMbasis                  =
 178 ; QM charge
 179 QMcharge                 =
 180 ; QM multiplicity
 181 QMmult                   =
 182 ; Surface Hopping
 183 SH                       =
 184 ; CAS space options
 185 CASorbitals              =
 186 CASelectrons             =
 187 SAon                     =
 188 SAoff                    =
 189 SAsteps                  =
 190 ; Scale factor for MM charges
 191 MMChargeScaleFactor      = 1
 192
 193 ; SIMULATED ANNEALING
 194 ; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
 195 annealing                =
 196 ; Number of time points to use for specifying annealing in each group
 197 annealing-npoints        =
 198 ; List of times at the annealing points for each group
 199 annealing-time           =
 200 ; Temp. at each annealing point, for each group.
 201 annealing-temp           =
 202
 203 ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN
 204 gen-vel                  = no
 205 gen-temp                 = 300
 206 gen-seed                 = -1
 207
 208 ; OPTIONS FOR BONDS
 209 constraints              = none
 210 ; Type of constraint algorithm
 211 constraint-algorithm     = Lincs
 212 ; Do not constrain the start configuration
 213 continuation             = no
 214 ; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations
 215 Shake-SOR                = no
 216 ; Relative tolerance of shake
 217 shake-tol                = 0.0001
 218 ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix
 219 lincs-order              = 4
 220 ; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for
 221 ; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.
 222 ; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.
 223 lincs-iter               = 1
 224 ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond
 225 ; rotates over more degrees than
 226 lincs-warnangle          = 30
 227 ; Convert harmonic bonds to morse potentials
 228 morse                    = no
 229
 230 ; ENERGY GROUP EXCLUSIONS
 231 ; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded
 232 energygrp-excl           =
 233
 234 ; WALLS
 235 ; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald
 236 nwall                    = 0
 237 wall-type                = 9-3
 238 wall-r-linpot            = -1
 239 wall-atomtype            =
 240 wall-density             =
 241 wall-ewald-zfac          = 3
 242
 243 ; COM PULLING
 244 pull                     = no
 245
 246 ; AWH biasing
 247 awh                      = no
 248
 249 ; ENFORCED ROTATION
 250 ; Enforced rotation: No or Yes
 251 rotation                 = no
 252
 253 ; Group to display and/or manipulate in interactive MD session
 254 IMD-group                =
 255
 256 ; NMR refinement stuff
 257 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble
 258 disre                    = No
 259 ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal
 260 disre-weighting          = Conservative
 261 ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
 262 disre-mixed              = no
 263 disre-fc                 = 1000
 264 disre-tau                = 0
 265 ; Output frequency for pair distances to energy file
 266 nstdisreout              = 100
 267 ; Orientation restraints: No or Yes
 268 orire                    = no
 269 ; Orientation restraints force constant and tau for time averaging
 270 orire-fc                 = 0
 271 orire-tau                = 0
 272 orire-fitgrp             =
 273 ; Output frequency for trace(SD) and S to energy file
 274 nstorireout              = 100
 275
 276 ; Free energy variables
 277 free-energy              = no
 278 couple-moltype           =
 279 couple-lambda0           = vdw-q
 280 couple-lambda1           = vdw-q
 281 couple-intramol          = no
 282 init-lambda              = -1
 283 init-lambda-state        = -1
 284 delta-lambda             = 0
 285 nstdhdl                  = 50
 286 fep-lambdas              =
 287 mass-lambdas             =
 288 coul-lambdas             =
 289 vdw-lambdas              =
 290 bonded-lambdas           =
 291 restraint-lambdas        =
 292 temperature-lambdas      =
 293 calc-lambda-neighbors    = 1
 294 init-lambda-weights      =
 295 dhdl-print-energy        = no
 296 sc-alpha                 = 0
 297 sc-power                 = 1
 298 sc-r-power               = 6
 299 sc-sigma                 = 0.3
 300 sc-coul                  = no
 301 separate-dhdl-file       = yes
 302 dhdl-derivatives         = yes
 303 dh_hist_size             = 0
 304 dh_hist_spacing          = 0.1
 305
 306 ; Non-equilibrium MD stuff
 307 acc-grps                 =
 308 accelerate               =
 309 freezegrps               =
 310 freezedim                =
 311 cos-acceleration         = 0
 312 deform                   =
 313
 314 ; simulated tempering variables
 315 simulated-tempering      = no
 316 simulated-tempering-scaling = geometric
 317 sim-temp-low             = 300
 318 sim-temp-high            = 300
 319
 320 ; Ion/water position swapping for computational electrophysiology setups
 321 ; Swap positions along direction: no, X, Y, Z
 322 swapcoords               = no
 323 adress                   = no
 324
 325 ; User defined thingies
 326 user1-grps               =
 327 user2-grps               =
 328 userint1                 = 0
 329 userint2                 = 0
 330 userint3                 = 0
 331 userint4                 = 0
 332 userreal1                = 0
 333 userreal2                = 0
 334 userreal3                = 0
 335 userreal4                = 0
 336 ; Electric fields
 337 ; Format for electric-field-x, etc. is: four real variables:
 338 ; amplitude (V/nm), frequency omega (1/ps), time for the pulse peak (ps),
 339 ; and sigma (ps) width of the pulse. Omega = 0 means static field,
 340 ; sigma = 0 means no pulse, leaving the field to be a cosine function.
 341 electric-field-x         = 0 0 0 0
 342 electric-field-y         = 3.7 2 6.5 1
 343 electric-field-z         = 0 0 0 0
 344 </String>
 345 </ReferenceData>