Make SD stuff private for update.cpp
[gromacs.git] / COPYING
blob0ded3b23bd3398330574a6a523c58dc67ade6d53
1 GROMACS is free software, distributed under the GNU Lesser General
2 Public License (LGPL) Version 2.1 or (at your option) any later
3 version. See section 1 for details. GROMACS includes optional code
4 covered by several different licences as described below.  The
5 GROMACS package in its entirety may be copied, modified or
6 distributed according to the conditions described in section 1.
7 However, in the interests of clarity and completeness, some
8 individual parts of GROMACS that can be used under their respective
9 licenses are also noted here.
11 This file contains the licenses for the following bodies of code:
12 1. GROMACS
13 2. Trajectory file reading using VMD plugins
14 3. Internal FFT (fftpack)
15 4. thread_mpi
16 5. Blas
17 6. Lapack
18 7. Parts of Boost C++ library
19 8. Google Test and Google Mock
20 9. Sun XDR implementation (External Data Representation)
21 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
22 11. ThreeFry Random Engine
23 12. Gamma distribution from libc++
24 13. md5
25 14. lmfit
26 15. clFFT
27 16. Guidelines Support Library (GSL)
28 17. P0009 reference implementation (Sandia Corporation)
29 18. pybind11
30 19. Reference implementation of std::string_view
31 20. Reference implementation of std::optional
33 Our chosen method for packaging distributions (CPack) only permits a
34 package to have a single license file, so we are unfortunately forced
35 to combine all of this information into a single license file. Sorry
36 about that.
38 ============================================
40 1. GROMACS
41 ==========
43 As our use of the LGPL conveys upon a licensee the option to
44 redistribute the library under the terms of the plain GPL, we must
45 include a copy of that GPL for their reference. The applicable GPL
46 license comes after the applicable LGPL license in this file.
48 ============================================
50                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
51                        Version 2.1, February 1999
53  Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc.
54  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
55  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
56  of this license document, but changing it is not allowed.
58 [This is the first released version of the Lesser GPL.  It also counts
59  as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
60  the version number 2.1.]
62                             Preamble
64   The licenses for most software are designed to take away your
65 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
66 Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change
67 free software--to make sure the software is free for all its users.
69   This license, the Lesser General Public License, applies to some
70 specially designated software packages--typically libraries--of the
71 Free Software Foundation and other authors who decide to use it.  You
72 can use it too, but we suggest you first think carefully about whether
73 this license or the ordinary General Public License is the better
74 strategy to use in any particular case, based on the explanations below.
76   When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
77 not price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that
78 you have the freedom to distribute copies of free software (and charge
79 for this service if you wish); that you receive source code or can get
80 it if you want it; that you can change the software and use pieces of
81 it in new free programs; and that you are informed that you can do
82 these things.
84   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
85 distributors to deny you these rights or to ask you to surrender these
86 rights.  These restrictions translate to certain responsibilities for
87 you if you distribute copies of the library or if you modify it.
89   For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
90 or for a fee, you must give the recipients all the rights that we gave
91 you.  You must make sure that they, too, receive or can get the source
92 code.  If you link other code with the library, you must provide
93 complete object files to the recipients, so that they can relink them
94 with the library after making changes to the library and recompiling
95 it.  And you must show them these terms so they know their rights.
97   We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright the
98 library, and (2) we offer you this license, which gives you legal
99 permission to copy, distribute and/or modify the library.
101   To protect each distributor, we want to make it very clear that
102 there is no warranty for the free library.  Also, if the library is
103 modified by someone else and passed on, the recipients should know
104 that what they have is not the original version, so that the original
105 author's reputation will not be affected by problems that might be
106 introduced by others.
108   Finally, software patents pose a constant threat to the existence of
109 any free program.  We wish to make sure that a company cannot
110 effectively restrict the users of a free program by obtaining a
111 restrictive license from a patent holder.  Therefore, we insist that
112 any patent license obtained for a version of the library must be
113 consistent with the full freedom of use specified in this license.
115   Most GNU software, including some libraries, is covered by the
116 ordinary GNU General Public License.  This license, the GNU Lesser
117 General Public License, applies to certain designated libraries, and
118 is quite different from the ordinary General Public License.  We use
119 this license for certain libraries in order to permit linking those
120 libraries into non-free programs.
122   When a program is linked with a library, whether statically or using
123 a shared library, the combination of the two is legally speaking a
124 combined work, a derivative of the original library.  The ordinary
125 General Public License therefore permits such linking only if the
126 entire combination fits its criteria of freedom.  The Lesser General
127 Public License permits more lax criteria for linking other code with
128 the library.
130   We call this license the "Lesser" General Public License because it
131 does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
132 Public License.  It also provides other free software developers Less
133 of an advantage over competing non-free programs.  These disadvantages
134 are the reason we use the ordinary General Public License for many
135 libraries.  However, the Lesser license provides advantages in certain
136 special circumstances.
138   For example, on rare occasions, there may be a special need to
139 encourage the widest possible use of a certain library, so that it becomes
140 a de-facto standard.  To achieve this, non-free programs must be
141 allowed to use the library.  A more frequent case is that a free
142 library does the same job as widely used non-free libraries.  In this
143 case, there is little to gain by limiting the free library to free
144 software only, so we use the Lesser General Public License.
146   In other cases, permission to use a particular library in non-free
147 programs enables a greater number of people to use a large body of
148 free software.  For example, permission to use the GNU C Library in
149 non-free programs enables many more people to use the whole GNU
150 operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
151 system.
153   Although the Lesser General Public License is Less protective of the
154 users' freedom, it does ensure that the user of a program that is
155 linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
156 that program using a modified version of the Library.
158   The precise terms and conditions for copying, distribution and
159 modification follow.  Pay close attention to the difference between a
160 "work based on the library" and a "work that uses the library".  The
161 former contains code derived from the library, whereas the latter must
162 be combined with the library in order to run.
164                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
165    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
167   0. This License Agreement applies to any software library or other
168 program which contains a notice placed by the copyright holder or
169 other authorized party saying it may be distributed under the terms of
170 this Lesser General Public License (also called "this License").
171 Each licensee is addressed as "you".
173   A "library" means a collection of software functions and/or data
174 prepared so as to be conveniently linked with application programs
175 (which use some of those functions and data) to form executables.
177   The "Library", below, refers to any such software library or work
178 which has been distributed under these terms.  A "work based on the
179 Library" means either the Library or any derivative work under
180 copyright law: that is to say, a work containing the Library or a
181 portion of it, either verbatim or with modifications and/or translated
182 straightforwardly into another language.  (Hereinafter, translation is
183 included without limitation in the term "modification".)
185   "Source code" for a work means the preferred form of the work for
186 making modifications to it.  For a library, complete source code means
187 all the source code for all modules it contains, plus any associated
188 interface definition files, plus the scripts used to control compilation
189 and installation of the library.
191   Activities other than copying, distribution and modification are not
192 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
193 running a program using the Library is not restricted, and output from
194 such a program is covered only if its contents constitute a work based
195 on the Library (independent of the use of the Library in a tool for
196 writing it).  Whether that is true depends on what the Library does
197 and what the program that uses the Library does.
199   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
200 complete source code as you receive it, in any medium, provided that
201 you conspicuously and appropriately publish on each copy an
202 appropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
203 all the notices that refer to this License and to the absence of any
204 warranty; and distribute a copy of this License along with the
205 Library.
207   You may charge a fee for the physical act of transferring a copy,
208 and you may at your option offer warranty protection in exchange for a
209 fee.
211   2. You may modify your copy or copies of the Library or any portion
212 of it, thus forming a work based on the Library, and copy and
213 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
214 above, provided that you also meet all of these conditions:
216     a) The modified work must itself be a software library.
218     b) You must cause the files modified to carry prominent notices
219     stating that you changed the files and the date of any change.
221     c) You must cause the whole of the work to be licensed at no
222     charge to all third parties under the terms of this License.
224     d) If a facility in the modified Library refers to a function or a
225     table of data to be supplied by an application program that uses
226     the facility, other than as an argument passed when the facility
227     is invoked, then you must make a good faith effort to ensure that,
228     in the event an application does not supply such function or
229     table, the facility still operates, and performs whatever part of
230     its purpose remains meaningful.
232     (For example, a function in a library to compute square roots has
233     a purpose that is entirely well-defined independent of the
234     application.  Therefore, Subsection 2d requires that any
235     application-supplied function or table used by this function must
236     be optional: if the application does not supply it, the square
237     root function must still compute square roots.)
239 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
240 identifiable sections of that work are not derived from the Library,
241 and can be reasonably considered independent and separate works in
242 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
243 sections when you distribute them as separate works.  But when you
244 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
245 on the Library, the distribution of the whole must be on the terms of
246 this License, whose permissions for other licensees extend to the
247 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
250 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
251 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
252 exercise the right to control the distribution of derivative or
253 collective works based on the Library.
255 In addition, mere aggregation of another work not based on the Library
256 with the Library (or with a work based on the Library) on a volume of
257 a storage or distribution medium does not bring the other work under
258 the scope of this License.
260   3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
261 License instead of this License to a given copy of the Library.  To do
262 this, you must alter all the notices that refer to this License, so
263 that they refer to the ordinary GNU General Public License, version 2,
264 instead of to this License.  (If a newer version than version 2 of the
265 ordinary GNU General Public License has appeared, then you can specify
266 that version instead if you wish.)  Do not make any other change in
267 these notices.
269   Once this change is made in a given copy, it is irreversible for
270 that copy, so the ordinary GNU General Public License applies to all
271 subsequent copies and derivative works made from that copy.
273   This option is useful when you wish to copy part of the code of
274 the Library into a program that is not a library.
276   4. You may copy and distribute the Library (or a portion or
277 derivative of it, under Section 2) in object code or executable form
278 under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
279 it with the complete corresponding machine-readable source code, which
280 must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a
281 medium customarily used for software interchange.
283   If distribution of object code is made by offering access to copy
284 from a designated place, then offering equivalent access to copy the
285 source code from the same place satisfies the requirement to
286 distribute the source code, even though third parties are not
287 compelled to copy the source along with the object code.
289   5. A program that contains no derivative of any portion of the
290 Library, but is designed to work with the Library by being compiled or
291 linked with it, is called a "work that uses the Library".  Such a
292 work, in isolation, is not a derivative work of the Library, and
293 therefore falls outside the scope of this License.
295   However, linking a "work that uses the Library" with the Library
296 creates an executable that is a derivative of the Library (because it
297 contains portions of the Library), rather than a "work that uses the
298 library".  The executable is therefore covered by this License.
299 Section 6 states terms for distribution of such executables.
301   When a "work that uses the Library" uses material from a header file
302 that is part of the Library, the object code for the work may be a
303 derivative work of the Library even though the source code is not.
304 Whether this is true is especially significant if the work can be
305 linked without the Library, or if the work is itself a library.  The
306 threshold for this to be true is not precisely defined by law.
308   If such an object file uses only numerical parameters, data
309 structure layouts and accessors, and small macros and small inline
310 functions (ten lines or less in length), then the use of the object
311 file is unrestricted, regardless of whether it is legally a derivative
312 work.  (Executables containing this object code plus portions of the
313 Library will still fall under Section 6.)
315   Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
316 distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
317 Any executables containing that work also fall under Section 6,
318 whether or not they are linked directly with the Library itself.
320   6. As an exception to the Sections above, you may also combine or
321 link a "work that uses the Library" with the Library to produce a
322 work containing portions of the Library, and distribute that work
323 under terms of your choice, provided that the terms permit
324 modification of the work for the customer's own use and reverse
325 engineering for debugging such modifications.
327   You must give prominent notice with each copy of the work that the
328 Library is used in it and that the Library and its use are covered by
329 this License.  You must supply a copy of this License.  If the work
330 during execution displays copyright notices, you must include the
331 copyright notice for the Library among them, as well as a reference
332 directing the user to the copy of this License.  Also, you must do one
333 of these things:
335     a) Accompany the work with the complete corresponding
336     machine-readable source code for the Library including whatever
337     changes were used in the work (which must be distributed under
338     Sections 1 and 2 above); and, if the work is an executable linked
339     with the Library, with the complete machine-readable "work that
340     uses the Library", as object code and/or source code, so that the
341     user can modify the Library and then relink to produce a modified
342     executable containing the modified Library.  (It is understood
343     that the user who changes the contents of definitions files in the
344     Library will not necessarily be able to recompile the application
345     to use the modified definitions.)
347     b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
348     Library.  A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a
349     copy of the library already present on the user's computer system,
350     rather than copying library functions into the executable, and (2)
351     will operate properly with a modified version of the library, if
352     the user installs one, as long as the modified version is
353     interface-compatible with the version that the work was made with.
355     c) Accompany the work with a written offer, valid for at
356     least three years, to give the same user the materials
357     specified in Subsection 6a, above, for a charge no more
358     than the cost of performing this distribution.
360     d) If distribution of the work is made by offering access to copy
361     from a designated place, offer equivalent access to copy the above
362     specified materials from the same place.
364     e) Verify that the user has already received a copy of these
365     materials or that you have already sent this user a copy.
367   For an executable, the required form of the "work that uses the
368 Library" must include any data and utility programs needed for
369 reproducing the executable from it.  However, as a special exception,
370 the materials to be distributed need not include anything that is
371 normally distributed (in either source or binary form) with the major
372 components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
373 which the executable runs, unless that component itself accompanies
374 the executable.
376   It may happen that this requirement contradicts the license
377 restrictions of other proprietary libraries that do not normally
378 accompany the operating system.  Such a contradiction means you cannot
379 use both them and the Library together in an executable that you
380 distribute.
382   7. You may place library facilities that are a work based on the
383 Library side-by-side in a single library together with other library
384 facilities not covered by this License, and distribute such a combined
385 library, provided that the separate distribution of the work based on
386 the Library and of the other library facilities is otherwise
387 permitted, and provided that you do these two things:
389     a) Accompany the combined library with a copy of the same work
390     based on the Library, uncombined with any other library
391     facilities.  This must be distributed under the terms of the
392     Sections above.
394     b) Give prominent notice with the combined library of the fact
395     that part of it is a work based on the Library, and explaining
396     where to find the accompanying uncombined form of the same work.
398   8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute
399 the Library except as expressly provided under this License.  Any
400 attempt otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or
401 distribute the Library is void, and will automatically terminate your
402 rights under this License.  However, parties who have received copies,
403 or rights, from you under this License will not have their licenses
404 terminated so long as such parties remain in full compliance.
406   9. You are not required to accept this License, since you have not
407 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
408 distribute the Library or its derivative works.  These actions are
409 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
410 modifying or distributing the Library (or any work based on the
411 Library), you indicate your acceptance of this License to do so, and
412 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
413 the Library or works based on it.
415   10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
416 Library), the recipient automatically receives a license from the
417 original licensor to copy, distribute, link with or modify the Library
418 subject to these terms and conditions.  You may not impose any further
419 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
420 You are not responsible for enforcing compliance by third parties with
421 this License.
423   11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
424 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
425 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
426 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
427 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
428 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
429 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
430 may not distribute the Library at all.  For example, if a patent
431 license would not permit royalty-free redistribution of the Library by
432 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
433 the only way you could satisfy both it and this License would be to
434 refrain entirely from distribution of the Library.
436 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
437 particular circumstance, the balance of the section is intended to apply,
438 and the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
440 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
441 patents or other property right claims or to contest validity of any
442 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
443 integrity of the free software distribution system which is
444 implemented by public license practices.  Many people have made
445 generous contributions to the wide range of software distributed
446 through that system in reliance on consistent application of that
447 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
448 to distribute software through any other system and a licensee cannot
449 impose that choice.
451 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
452 be a consequence of the rest of this License.
454   12. If the distribution and/or use of the Library is restricted in
455 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
456 original copyright holder who places the Library under this License may add
457 an explicit geographical distribution limitation excluding those countries,
458 so that distribution is permitted only in or among countries not thus
459 excluded.  In such case, this License incorporates the limitation as if
460 written in the body of this License.
462   13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
463 versions of the Lesser General Public License from time to time.
464 Such new versions will be similar in spirit to the present version,
465 but may differ in detail to address new problems or concerns.
467 Each version is given a distinguishing version number.  If the Library
468 specifies a version number of this License which applies to it and
469 "any later version", you have the option of following the terms and
470 conditions either of that version or of any later version published by
471 the Free Software Foundation.  If the Library does not specify a
472 license version number, you may choose any version ever published by
473 the Free Software Foundation.
475   14. If you wish to incorporate parts of the Library into other free
476 programs whose distribution conditions are incompatible with these,
477 write to the author to ask for permission.  For software which is
478 copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
479 Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.  Our
480 decision will be guided by the two goals of preserving the free status
481 of all derivatives of our free software and of promoting the sharing
482 and reuse of software generally.
484                             NO WARRANTY
486   15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
487 WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
488 EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
489 OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
490 KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
491 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
492 PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
493 LIBRARY IS WITH YOU.  SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
494 THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
496   16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
497 WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
498 AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU
499 FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR
500 CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
501 LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
502 RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
503 FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER SOFTWARE), EVEN IF
504 SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
505 DAMAGES.
507                      END OF TERMS AND CONDITIONS
509            How to Apply These Terms to Your New Libraries
511   If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
512 possible use to the public, we recommend making it free software that
513 everyone can redistribute and change.  You can do so by permitting
514 redistribution under these terms (or, alternatively, under the terms of the
515 ordinary General Public License).
517   To apply these terms, attach the following notices to the library.  It is
518 safest to attach them to the start of each source file to most effectively
519 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least the
520 "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
522     <one line to give the library's name and a brief idea of what it does.>
523     Copyright (C) <year>  <name of author>
525     This library is free software; you can redistribute it and/or
526     modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
527     License as published by the Free Software Foundation; either
528     version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
530     This library is distributed in the hope that it will be useful,
531     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
532     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
533     Lesser General Public License for more details.
535     You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
536     License along with this library; if not, write to the Free Software
537     Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
539 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
541 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
542 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the library, if
543 necessary.  Here is a sample; alter the names:
545   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the
546   library `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random Hacker.
548   <signature of Ty Coon>, 1 April 1990
549   Ty Coon, President of Vice
551 That's all there is to it!
553 ============================================
555                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
556                        Version 2, June 1991
558  Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.,
559  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
560  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
561  of this license document, but changing it is not allowed.
563                             Preamble
565   The licenses for most software are designed to take away your
566 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
567 License is intended to guarantee your freedom to share and change free
568 software--to make sure the software is free for all its users.  This
569 General Public License applies to most of the Free Software
570 Foundation's software and to any other program whose authors commit to
571 using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
572 the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
573 your programs, too.
575   When we speak of free software, we are referring to freedom, not
576 price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
577 have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
578 this service if you wish), that you receive source code or can get it
579 if you want it, that you can change the software or use pieces of it
580 in new free programs; and that you know you can do these things.
582   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
583 anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
584 These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
585 distribute copies of the software, or if you modify it.
587   For example, if you distribute copies of such a program, whether
588 gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
589 you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
590 source code.  And you must show them these terms so they know their
591 rights.
593   We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
594 (2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
595 distribute and/or modify the software.
597   Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
598 that everyone understands that there is no warranty for this free
599 software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
600 want its recipients to know that what they have is not the original, so
601 that any problems introduced by others will not reflect on the original
602 authors' reputations.
604   Finally, any free program is threatened constantly by software
605 patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
606 program will individually obtain patent licenses, in effect making the
607 program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
608 patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
610   The precise terms and conditions for copying, distribution and
611 modification follow.
613                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
614    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
616   0. This License applies to any program or other work which contains
617 a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
618 under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
619 refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
620 means either the Program or any derivative work under copyright law:
621 that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
622 either verbatim or with modifications and/or translated into another
623 language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
624 the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
626 Activities other than copying, distribution and modification are not
627 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
628 running the Program is not restricted, and the output from the Program
629 is covered only if its contents constitute a work based on the
630 Program (independent of having been made by running the Program).
631 Whether that is true depends on what the Program does.
633   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
634 source code as you receive it, in any medium, provided that you
635 conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
636 copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
637 notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
638 and give any other recipients of the Program a copy of this License
639 along with the Program.
641 You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
642 you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
644   2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
645 of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
646 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
647 above, provided that you also meet all of these conditions:
649     a) You must cause the modified files to carry prominent notices
650     stating that you changed the files and the date of any change.
652     b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
653     whole or in part contains or is derived from the Program or any
654     part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
655     parties under the terms of this License.
657     c) If the modified program normally reads commands interactively
658     when run, you must cause it, when started running for such
659     interactive use in the most ordinary way, to print or display an
660     announcement including an appropriate copyright notice and a
661     notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
662     a warranty) and that users may redistribute the program under
663     these conditions, and telling the user how to view a copy of this
664     License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
665     does not normally print such an announcement, your work based on
666     the Program is not required to print an announcement.)
668 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
669 identifiable sections of that work are not derived from the Program,
670 and can be reasonably considered independent and separate works in
671 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
672 sections when you distribute them as separate works.  But when you
673 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
674 on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
675 this License, whose permissions for other licensees extend to the
676 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
678 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
679 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
680 exercise the right to control the distribution of derivative or
681 collective works based on the Program.
683 In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
684 with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
685 a storage or distribution medium does not bring the other work under
686 the scope of this License.
688   3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
689 under Section 2) in object code or executable form under the terms of
690 Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
692     a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
693     source code, which must be distributed under the terms of Sections
694     1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
696     b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
697     years, to give any third party, for a charge no more than your
698     cost of physically performing source distribution, a complete
699     machine-readable copy of the corresponding source code, to be
700     distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
701     customarily used for software interchange; or,
703     c) Accompany it with the information you received as to the offer
704     to distribute corresponding source code.  (This alternative is
705     allowed only for noncommercial distribution and only if you
706     received the program in object code or executable form with such
707     an offer, in accord with Subsection b above.)
709 The source code for a work means the preferred form of the work for
710 making modifications to it.  For an executable work, complete source
711 code means all the source code for all modules it contains, plus any
712 associated interface definition files, plus the scripts used to
713 control compilation and installation of the executable.  However, as a
714 special exception, the source code distributed need not include
715 anything that is normally distributed (in either source or binary
716 form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
717 operating system on which the executable runs, unless that component
718 itself accompanies the executable.
720 If distribution of executable or object code is made by offering
721 access to copy from a designated place, then offering equivalent
722 access to copy the source code from the same place counts as
723 distribution of the source code, even though third parties are not
724 compelled to copy the source along with the object code.
726   4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
727 except as expressly provided under this License.  Any attempt
728 otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
729 void, and will automatically terminate your rights under this License.
730 However, parties who have received copies, or rights, from you under
731 this License will not have their licenses terminated so long as such
732 parties remain in full compliance.
734   5. You are not required to accept this License, since you have not
735 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
736 distribute the Program or its derivative works.  These actions are
737 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
738 modifying or distributing the Program (or any work based on the
739 Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
740 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
741 the Program or works based on it.
743   6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
744 Program), the recipient automatically receives a license from the
745 original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
746 these terms and conditions.  You may not impose any further
747 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
748 You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
749 this License.
751   7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
752 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
753 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
754 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
755 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
756 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
757 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
758 may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
759 license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
760 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
761 the only way you could satisfy both it and this License would be to
762 refrain entirely from distribution of the Program.
764 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
765 any particular circumstance, the balance of the section is intended to
766 apply and the section as a whole is intended to apply in other
767 circumstances.
769 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
770 patents or other property right claims or to contest validity of any
771 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
772 integrity of the free software distribution system, which is
773 implemented by public license practices.  Many people have made
774 generous contributions to the wide range of software distributed
775 through that system in reliance on consistent application of that
776 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
777 to distribute software through any other system and a licensee cannot
778 impose that choice.
780 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
781 be a consequence of the rest of this License.
783   8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
784 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
785 original copyright holder who places the Program under this License
786 may add an explicit geographical distribution limitation excluding
787 those countries, so that distribution is permitted only in or among
788 countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
789 the limitation as if written in the body of this License.
791   9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
792 of the General Public License from time to time.  Such new versions will
793 be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
794 address new problems or concerns.
796 Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
797 specifies a version number of this License which applies to it and "any
798 later version", you have the option of following the terms and conditions
799 either of that version or of any later version published by the Free
800 Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
801 this License, you may choose any version ever published by the Free Software
802 Foundation.
804   10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
805 programs whose distribution conditions are different, write to the author
806 to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
807 Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
808 make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
809 of preserving the free status of all derivatives of our free software and
810 of promoting the sharing and reuse of software generally.
812                             NO WARRANTY
814   11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
815 FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
816 OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
817 PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
818 OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
819 MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
820 TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
821 PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
822 REPAIR OR CORRECTION.
824   12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
825 WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
826 REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
827 INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
828 OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
829 TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
830 YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
831 PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
832 POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
834                      END OF TERMS AND CONDITIONS
836             How to Apply These Terms to Your New Programs
838   If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
839 possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
840 free software which everyone can redistribute and change under these terms.
842   To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
843 to attach them to the start of each source file to most effectively
844 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
845 the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
847     <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
848     Copyright (C) <year>  <name of author>
850     This program is free software; you can redistribute it and/or modify
851     it under the terms of the GNU General Public License as published by
852     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
853     (at your option) any later version.
855     This program is distributed in the hope that it will be useful,
856     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
857     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
858     GNU General Public License for more details.
860     You should have received a copy of the GNU General Public License along
861     with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
862     51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
864 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
866 If the program is interactive, make it output a short notice like this
867 when it starts in an interactive mode:
869     Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
870     Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
871     This is free software, and you are welcome to redistribute it
872     under certain conditions; type `show c' for details.
874 The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
875 parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
876 be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
877 mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
879 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
880 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
881 necessary.  Here is a sample; alter the names:
883   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
884   `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
886   <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
887   Ty Coon, President of Vice
889 This General Public License does not permit incorporating your program into
890 proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
891 consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
892 library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
893 Public License instead of this License.
895 2. Trajectory file reading using VMD plugins
896 ============================================
898    Files: src/external/vmd_molfile/
899           src/gromacs/fileio/vmdio.c
901                 (C) Copyright 1995-2009 The Board of Trustees of the
902                             University of Illinois
903                              All Rights Reserved
905 Developed by:           Theoretical and Computational Biophysics Group
906                         University of Illinois at Urbana-Champaign
907                         http://www.ks.uiuc.edu/
909 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of
910 this software and associated documentation files (the Software), to deal with
911 the Software without restriction, including without limitation the rights to
912 use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
913 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to
914 do so, subject to the following conditions:
916 Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
917 this list of conditions and the following disclaimers.
919 Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
920 this list of conditions and the following disclaimers in the documentation
921 and/or other materials provided with the distribution.
923 Neither the names of Theoretical and Computational Biophysics Group,
924 University of Illinois at Urbana-Champaign, nor the names of its contributors
925 may be used to endorse or promote products derived from this Software without
926 specific prior written permission.
928 THE SOFTWARE IS PROVIDED AS IS, WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
929 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
930 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL
931 THE CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
932 OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
933 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
934 OTHER DEALINGS WITH THE SOFTWARE.
936 3. Internal FFT (ffpack)
937 ========================
939    Files: src/external/fftpack/fftpack.c
941 Copyright (c) 2005-2011, NumPy Developers.
942 All rights reserved.
944 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
945 modification, are permitted provided that the following conditions are
946 met:
948     * Redistributions of source code must retain the above copyright
949        notice, this list of conditions and the following disclaimer.
951     * Redistributions in binary form must reproduce the above
952        copyright notice, this list of conditions and the following
953        disclaimer in the documentation and/or other materials provided
954        with the distribution.
956     * Neither the name of the NumPy Developers nor the names of any
957        contributors may be used to endorse or promote products derived
958        from this software without specific prior written permission.
960 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
961 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
962 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
963 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
964 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
965 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
966 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
967 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
968 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
969 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
970 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
972 fftpack.c : A set of FFT routines in C.
973 Algorithmically based on Fortran-77 FFTPACK by Paul N. Swarztrauber (Version 4, 1985).
975 4. thread_mpi
976 =============
978    Files: src/external/thread_mpi/
980 Copyright (c) 2009-2012, Sander Pronk & Erik Lindahl.
981 All rights reserved.
983 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
984 modification, are permitted provided that the following conditions are met:
985 1) Redistributions of source code must retain the above copyright
986    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
987 2) Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
988    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
989    documentation and/or other materials provided with the distribution.
990 3) Neither the name of the <organization> nor the
991    names of its contributors may be used to endorse or promote products
992    derived from this software without specific prior written permission.
994 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY US ''AS IS'' AND ANY
995 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
996 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
997 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL <copyright holder> BE LIABLE FOR ANY
998 DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
999 (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
1000 LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
1001 ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1002 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
1003 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1005 If you want to redistribute modifications, please consider that
1006 scientific software is very special. Version control is crucial -
1007 bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
1008 inclusion in the official distribution, but derived work should not
1009 be called official thread_mpi.
1011 5. Blas
1012 =======
1014 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib BLAS library.
1015 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1016 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1017 not the reference BLAS implementation.
1019 The reference BLAS implementation is available from http://www.netlib.org/blas
1021 BLAS does not come with a formal named "license", but a general statement that
1023 "The reference BLAS is a freely-available software package. It is available from netlib
1024 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1025 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1027 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1028 our modified BLAS files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1029 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1030 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1031 better idea to use the full reference implementation.
1033 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1035 6. Lapack
1036 =========
1038 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib LAPACK library.
1039 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1040 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1041 not the reference LAPACK implementation.
1043 The reference LAPACK implementation is available from http://www.netlib.org/lapack
1045 LAPACK does not come with a formal named "license", but a general statement saying:
1047 "The reference LAPACK is a freely-available software package. It is available from netlib
1048 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1049 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1051 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1052 our modified LAPACK files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1054 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1055 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1056 better idea to use the full reference implementation.
1058 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1060 7. Parts of Boost C++ library
1061 =============================
1063    Files: src/gromacs/utility/current_function.h
1064           src/gromacs/utility/path.cpp
1066 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1068 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1069 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1070 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1071 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1072 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1073 do so, all subject to the following:
1075 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1076 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1077 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1078 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1079 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1080 a source language processor.
1082 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1083 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1084 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1085 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1086 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1087 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1088 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1090 8. Google Test and Google Mock
1091 ===============================
1093    Files: src/external/googletest/*
1095 Copyright 2008, Google Inc.
1096 All rights reserved.
1098 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1099 modification, are permitted provided that the following conditions are
1100 met:
1102     * Redistributions of source code must retain the above copyright
1103 notice, this list of conditions and the following disclaimer.
1104     * Redistributions in binary form must reproduce the above
1105 copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer
1106 in the documentation and/or other materials provided with the
1107 distribution.
1108     * Neither the name of Google Inc. nor the names of its
1109 contributors may be used to endorse or promote products derived from
1110 this software without specific prior written permission.
1112 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
1113 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
1114 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
1115 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
1116 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
1117 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
1118 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
1119 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
1120 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1121 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1122 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1125 9. Sun Extensible Data Representation routines (XDR)
1126 =====================================================
1128     Files: src/gromacs/fileio/gmx_system_xdr.c
1130 Sun RPC is a product of Sun Microsystems, Inc. and is provided for
1131 unrestricted use provided that this legend is included on all tape
1132 media and as a part of the software program in whole or part.  Users
1133 may copy or modify Sun RPC without charge, but are not authorized
1134 to license or distribute it to anyone else except as part of a product or
1135 program developed by the user.
1137 SUN RPC IS PROVIDED AS IS WITH NO WARRANTIES OF ANY KIND INCLUDING THE
1138 WARRANTIES OF DESIGN, MERCHANTIBILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
1139 PURPOSE, OR ARISING FROM A COURSE OF DEALING, USAGE OR TRADE PRACTICE.
1141 Sun RPC is provided with no support and without any obligation on the
1142 part of Sun Microsystems, Inc. to assist in its use, correction,
1143 modification or enhancement.
1145 SUN MICROSYSTEMS, INC. SHALL HAVE NO LIABILITY WITH RESPECT TO THE
1146 INFRINGEMENT OF COPYRIGHTS, TRADE SECRETS OR ANY PATENTS BY SUN RPC
1147 OR ANY PART THEREOF.
1149 In no event will Sun Microsystems, Inc. be liable for any lost revenue
1150 or profits or other special, indirect and consequential damages, even if
1151 Sun has been advised of the possibility of such damages.
1153 Sun Microsystems, Inc.
1154 2550 Garcia Avenue
1155 Mountain View, California  94043
1158 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
1159 ===================================================
1161     Files: src/gromacs/math/utilities.c
1163 Copyright (C) 1993 by Sun Microsystems, Inc. All rights reserved.
1165 Developed at SunSoft, a Sun Microsystems, Inc. business.
1166 Permission to use, copy, modify, and distribute this
1167 software is freely granted, provided that this notice
1168 is preserved.
1171 11. ThreeFry Random Engine
1172 ============================================
1174 Based on proposed Boost implementations by
1175 a) John Salmon, Copyright 2010-2014 by D. E. Shaw Research
1176 b) Thijs van den Berg, Copyright (c) 2014 M.A. (Thijs) van den Berg
1178 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1180 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1181 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1182 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1183 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1184 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1185 do so, all subject to the following:
1187 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1188 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1189 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1190 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1191 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1192 a source language processor.
1194 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1195 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1196 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1197 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1198 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1199 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1200 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1202 12. Gamma distribution from libc++
1203 ============================================
1205 Copyright (c) The LLVM compiler infrastructure
1207 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
1208 of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
1209 in the Software without restriction, including without limitation the rights
1210 to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
1211 copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
1212 furnished to do so, subject to the following conditions:
1214 The above copyright notice and this permission notice shall be included in
1215 all copies or substantial portions of the Software.
1217 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1218 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1219 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
1220 AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
1221 LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
1222 OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
1223 THE SOFTWARE.
1226 13. md5
1227 ============================================
1229 Copyright (C) 1999, 2002 Aladdin Enterprises.  All rights reserved.
1231 This software is provided 'as-is', without any express or implied
1232 warranty.  In no event will the authors be held liable for any damages
1233 arising from the use of this software.
1235 Permission is granted to anyone to use this software for any purpose,
1236 including commercial applications, and to alter it and redistribute it
1237 freely, subject to the following restrictions:
1239 1. The origin of this software must not be misrepresented; you must not
1240   claim that you wrote the original software. If you use this software
1241   in a product, an acknowledgment in the product documentation would be
1242   appreciated but is not required.
1243 2. Altered source versions must be plainly marked as such, and must not be
1244   misrepresented as being the original software.
1245 3. This notice may not be removed or altered from any source distribution.
1247 L. Peter Deutsch
1248 ghost@aladdin.com
1250 14. lmfit
1251 ============================================
1252 The package lmfit is distributed under the FreeBSD License:
1255   Copyright (c) 1980-1999 University of Chicago,
1256                           as operator of Argonne National Laboratory
1257   Copyright (c) 2004-2015 Joachim Wuttke, Forschungszentrum Juelich GmbH
1259   All rights reserved.
1261   Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1262   modification, are permitted provided that the following conditions are met:
1264   - Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
1265     this list of conditions and the following disclaimer.
1266   - Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
1267     this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
1268     and/or other materials provided with the distribution.
1270   This software is provided by the copyright holders and contributors "as is"
1271   and any express or implied warranties, including, but not limited to, the
1272   implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose
1273   are disclaimed. In no event shall the copyright holder or contributors
1274   be liable for any direct, indirect, incidental, special, exemplary, or
1275   consequential damages (including, but not limited to, procurement of
1276   substitute goods or services; loss of use, data, or profits; or business
1277   interruption) however caused and on any theory of liability, whether in
1278   contract, strict liability, or tort (including negligence or otherwise)
1279   arising in any way out of the use of this software, even if advised of the
1280   possibility of such damage.
1283 15. clFFT
1284 ============================================
1286    Files: src/external/clFFT/*
1288 The source for clFFT is licensed under the Apache License, Version 2.0
1291 AMD clFFT
1292     Copyright 2013 Advanced Micro Devices, Inc.
1294     This product includes software developed at
1295     Advanced Micro Devices, Inc. (http://www.amd.com).
1298 15. Guidelines Support Library
1299 ============================================
1301    Files: src/gromacs/compat/pointers.h
1303 The source for the Guidelines Support Library (GSL) is licensed under
1304 the MIT license.
1307 Copyright (c) 2015 Microsoft Corporation. All rights reserved.
1309 This code is licensed under the MIT License (MIT).
1311 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
1312 of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
1313 in the Software without restriction, including without limitation the rights
1314 to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
1315 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to do
1316 so, subject to the following conditions:
1318 The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
1319 copies or substantial portions of the Software.
1321 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1322 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1323 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
1324 AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
1325 LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
1326 OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
1327 THE SOFTWARE.
1330 17. P0009 reference implementation (Sandia Corporation)
1331 =======================================================
1333    Files: src/gromacs/mdspan/*
1335                          Kokkos v. 2.0
1336               Copyright (2014) Sandia Corporation
1338 Under the terms of Contract DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation,
1339 the U.S. Government retains certain rights in this software.
1341 Kokkos is licensed under 3-clause BSD terms of use:
1343 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1344 modification, are permitted provided that the following conditions are
1345 met:
1347 1. Redistributions of source code must retain the above copyright
1348 notice, this list of conditions and the following disclaimer.
1350 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
1351 notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
1352 documentation and/or other materials provided with the distribution.
1354 3. Neither the name of the Corporation nor the names of the
1355 contributors may be used to endorse or promote products derived from
1356 this software without specific prior written permission.
1358 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY SANDIA CORPORATION "AS IS" AND ANY
1359 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
1360 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
1361 PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL SANDIA CORPORATION OR THE
1362 CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,
1363 EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
1364 PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR
1365 PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF
1366 LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING
1367 NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
1368 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1370 Questions? Contact Christian R. Trott (crtrott@sandia.gov)
1372 18. pybind11 release 2.5.0 from https://github.com/pybind/pybind11
1373 ==================================================================
1375     Files: python_packaging/src/external/pybind/*
1378 Copyright (c) 2016 Wenzel Jakob <wenzel.jakob@epfl.ch>, All rights reserved.
1380 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1381 modification, are permitted provided that the following conditions are met:
1383 1. Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this
1384    list of conditions and the following disclaimer.
1386 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
1387    this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
1388    and/or other materials provided with the distribution.
1390 3. Neither the name of the copyright holder nor the names of its contributors
1391    may be used to endorse or promote products derived from this software
1392    without specific prior written permission.
1394 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" AND
1395 ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
1396 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
1397 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE
1398 FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
1399 DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
1400 SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
1401 CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY,
1402 OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1403 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1405 Please also refer to the file CONTRIBUTING.md, which clarifies licensing of
1406 external contributions to this project including patches, pull requests, etc.
1409 19. Reference implementation of std::string_view
1410 ================================================
1412 Used with minor modifications from commit bf5824916b6895ccab0dbc2431520ee3b6d4f27f of
1413 https://github.com/martinmoene/string-view-lite.git, which is licensed as below.
1415 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1417 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1418 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1419 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1420 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1421 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1422 do so, all subject to the following:
1424 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1425 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1426 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1427 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1428 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1429 a source language processor.
1431 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1432 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1433 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1434 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1435 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1436 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1437 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1439 20. Reference implementation of std::optional
1440 =============================================
1442 Used with minor modifications from commit 096ce6d7e45ef184d of
1443 https://github.com/martinmoene/optional-lite.git, which is licensed as below.
1445 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1447 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1448 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1449 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1450 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1451 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1452 do so, all subject to the following:
1454 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1455 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1456 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1457 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1458 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1459 a source language processor.
1461 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1462 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1463 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1464 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1465 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1466 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1467 DEALINGS IN THE SOFTWARE.