example.conf

   1 # This is a sample greylag configuration file.  It searches for a set of PTMs,
   2 # but it could be changed to do a non-PTM search by commenting out the
   3 # potential_mods parameter, or by setting potential_mod_limit to 0.
   4
   5
   6 [greylag]
   7
   8 # these paths must be visible to both greylag-rally and greylag-chase
   9 databases = /data/Scerevisiae_NCBI_2007-03-14.fasta
  10
  11 # parent masses calculated using average atomic masses
  12 # fragment masses calculated using monoisotopic atomic masses
  13 mass_regimes = AVG/MONO
  14
  15 # static C+57 modification
  16 pervasive_mods = +C2H3ON!@C carboxyamidomethylation
  17
  18 # search for methionine oxidation together with at most one of these other PTMs
  19 potential_mods = (
  20                   PO3H@STY phosphorylation '*';
  21                   C2H2O@STV acetylation '^';
  22                   C4H6N2O2@K ubiquitination '%';
  23                   O@KD hydroxylation '@';
  24                   CH2@KST methylation '#';
  25                   C2H4@RK dimethylation '~'
  26                  ),
  27                  O@M oxidation '@'
  28
  29 # potential_mod_limit = 2
  30
  31 # enable_pca_mods = yes
  32
  33 parent_mz_tolerance = 1.25