NOTES

   1
   2
   3 PUTATIVE INSIGHTS (things we think we've learned so far)
   4
   5 - At least for deeper mod searches, evaluation time for real vs synthetic
   6   spectra swamps everything else.  (Generation of synthetic spectra is
   7   noticeable, at about 15%.)  This means that ordering spectra by parent mass
   8   is pointless?!
   9
  10 - We can afford to be a little sloppy in how we generate the comparisons
  11   (as long as we're not generating duplicates, of course).
  12
  13 - The number of leaves at level N is probably about N times more than all of
  14   the previous N-1 levels put together.
  15
  16 - SEQUEST does its FFT step only for a fixed number (500?) of candidate
  17   matches for each spectrum.  If the number of matches explodes with
  18   increasing depth, maybe this implies that only their preliminary scoring
  19   algorithm really matters for mod searches?
  20
  21 - X!Tandem limits modification combinations searched to 2**12 or so.  For
  22   deeper searches they just silently give up.
  23
  24 - The way X!Tandem quantizes peaks leads to noticeable quantization error.
  25
  26 - Myrimatch silently fails if the number of possible mod positions/kinds is
  27   more than 2^31 or 2^64 (depending on sizeof(int)).
  28
  29
  30 ------------------------------------------------------------------------------
  31
  32 One of our goals is to keep things simple and concise.  Here's a
  33 comparison against similar programs (generated using David A. Wheeler's
  34 'SLOCCount'):
  35
  36 greylag:   cpp:   813 py: 1367
  37 xtandem:   cpp: 14426 (15697 with parallel tandem)
  38 omssa:     cpp:  7583 (plus an unknown, possibly large number from the NCBI
  39                        toolkits [33 distinct headers])
  40                       (the toolkits are 1000000 sloc, 65% cpp, 34% c)
  41 myrimatch: cpp: 10168
  42
  43
  44 ------------------------------------------------------------------------------
  45
  46 This is a nice way to print the source code three-up, in a fairly small font,
  47 which makes it easy to study off-line:
  48
  49   enscript -E -B -3 -r -s 0 --borders -fCourier4.8 --mark-wrapped-lines=arrow