doc/release-notes.txt

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   3 Release Notes
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   7 Version 0.2.2
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  10 * Add the ``sequest-rally`` code variant.  This is an adaptation of the
  11   greylag code to run the Yates' lab's SEQUEST binary.  Although it may not be
  12   useful in itself, it contains a number of improvements that should be folded
  13   into the main greylag code.
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  16 Version 0.2.1
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  19 * New program ``greylag-reannotate`` takes a set of SQT files and a FASTA
  20   database and reannotates the found peptides as if the search had been done
  21   against the specified database.  (This is usually much faster than redoing
  22   the search.)
  23
  24   This command will work on SQT files produced by greylag or SEQUEST, and
  25   fixes some truncation problems in loci generated by the latter.  It also
  26   produces better flanking residues and handles isobaric residues more
  27   correctly.
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  29 * ``greylag-validate --prefer-closer-mass`` now has better charge alias
  30   handling.
  31
  32 * ``maximum_missed_cleavage_sites`` now defaults to 1.
  33
  34 * Carriage return characters in ms2 files are now handled better.
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  37 Version 0.2
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  40 * Fix some subtle but significant bugs in peak scoring and validation.  These
  41   were found by comparing greylag and MyriMatch results.  Greylag's results
  42   are now more similar to those of MyriMatch.
  43
  44 * New program ``greylag-call-proteins`` takes the validated peptide list from
  45   ``greylag-validate`` and assigns them to specific protein groups using the
  46   parsimony criterion.
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  48 * New filter flags to ``greylag-validate`` to support high-accuracy spectra
  49   (e.g., Orbitrap).  This should help greylag to more often correctly
  50   distinguish between, for example, trimethlyation, acetylation, and
  51   carbamylation.
  52
  53   The new ``-exact-ptms`` flag supports validation of specific peptide
  54   modifications, as opposed to the peptide in general (with whatever
  55   modifications).
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  57   The ``--bootstrap`` flag provides a rough estimation of validation
  58   variance.
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  60 * Better performance on single hosts.
  61
  62 * More documentation.
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  64 * Many other bug fixes and improvements.
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  67 Version 0.1.2
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  70 * Fix validation bugs.
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  72 * Better ``greylag-chase`` error reporting back to user.
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  74 * Add basic Markov shuffle to ``greylag-shuffle-database``.
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  76 * Add ``--mass-error-histogram`` to ``greylag-validate``.
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  78 * Add ``greylag-flatten-fasta`` utility.
  79
  80 * Reduce RAM and open file requirements of various programs.  In particular,
  81   ``greylag-chase`` no longer requires RAM linear in the number of spectra
  82   searched.
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  84
  85 Version 0.1.1
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  88 * Significant improvements to ``greylag-validate``, including saturation and
  89   FDR adjustment.  There is now no need to use DTASelect for further quality
  90   filtering.
  91
  92 * Search for basic terminal modifications now works.
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  94 * Better logging, modification tracking in output.
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  96 * Doc improvements.
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  99 Version 0.1
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 102 * Initial internal release.  Based on the new "rally" master/slave parallel
 103   search architecture.
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 105 * Known issues:
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 107   - ``greylag-merge`` is currently not working
 108   - some fields of the SQT output are not calculated
 109   - N15 is the only isotope currently supported.
 110   - N- and C-terminal modification handling may not be correct.
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 112 See also the TODO file.
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