tests/reg-tests.Rout.save

   1 R version 2.5.1 (2007-06-27)
   2 Copyright (C) 2007 The R Foundation for Statistical Computing
   3 ISBN 3-900051-07-0
   4
   5 R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
   6 You are welcome to redistribute it under certain conditions.
   7 Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
   8
   9 R is a collaborative project with many contributors.
  10 Type 'contributors()' for more information and
  11 'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
  12
  13 Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
  14 'help.start()' for an HTML browser interface to help.
  15 Type 'q()' to quit R.
  16
  17 > library(filehash)
  18 Simple key-value database (1.1 2008-04-30)
  19 >
  20 > ######################################################################
  21 > ## Test 'filehashRDS' class
  22 >
  23 > dbCreate("mydbRDS", "RDS")
  24 [1] TRUE
  25 > db <- dbInit("mydbRDS", "RDS")
  26 > show(db)
  27 'filehashRDS' database 'mydbRDS'
  28 >
  29 > ## Put some data into it
  30 > set.seed(1000)
  31 > dbInsert(db, "a", 1:10)
  32 > dbInsert(db, "b", rnorm(100))
  33 > dbInsert(db, "c", 100:1)
  34 > dbInsert(db, "d", runif(1000))
  35 > dbInsert(db, "other", "hello")
  36 >
  37 > dbList(db)
  38 [1] "a"     "b"     "c"     "d"     "other"
  39 >
  40 > dbExists(db, "e")
  41 [1] FALSE
  42 > dbExists(db, "a")
  43 [1] TRUE
  44 >
  45 > env <- db2env(db)
  46 > ls(env)
  47 [1] "a"     "b"     "c"     "d"     "other"
  48 >
  49 > env$a
  50  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
  51 > env$b
  52   [1] -0.44577826 -1.20585657  0.04112631  0.63938841 -0.78655436 -0.38548930
  53   [7] -0.47586788  0.71975069 -0.01850562 -1.37311776 -0.98242783 -0.55448870
  54  [13]  0.12138119 -0.12087232 -1.33604105  0.17005748  0.15507872  0.02493187
  55  [19] -2.04658541  0.21315411  2.67007166 -1.22701601  0.83424733  0.53257175
  56  [25] -0.64682496  0.60316126 -1.78384414  0.33494217  0.56097572  1.22093565
  57  [31] -0.21145359  0.69942953 -0.70643668 -0.46515095 -1.76619861  0.18928860
  58  [37] -0.36618068  1.05760118 -0.74162146 -1.34835905 -0.51730643  1.41173570
  59  [43]  0.18546503 -0.04369144 -0.21591338  1.46377535  0.22966664  0.10762363
  60  [49] -1.37810256 -0.96818288  0.25171138 -1.09469370  0.39764284 -0.99630200
  61  [55]  0.10057801  0.95368028 -1.79032293  0.31170122  2.55398801 -0.86083776
  62  [61]  0.54392844 -0.39233804  1.23544190  1.19608644 -0.49574690 -0.29434122
  63  [67] -0.57349748  1.61920873 -0.95692767  0.04123712 -1.49831044  0.66095916
  64  [73]  0.28545762  1.38886629 -0.15934361 -0.46091890  0.16843807  1.39549302
  65  [79]  0.72842626  0.33508995  1.16927649  0.24796682 -0.35814947  1.38349332
  66  [85]  0.41206917 -0.12300786 -0.06622931 -2.32249088 -1.04565650  2.05787502
  67  [91]  1.97153237 -1.92099520  0.46212607 -0.16072406 -0.10421153  0.46783940
  68  [97]  0.44392082  0.82855281 -0.38705012  2.01893816
  69 > env$c
  70   [1] 100  99  98  97  96  95  94  93  92  91  90  89  88  87  86  85  84  83
  71  [19]  82  81  80  79  78  77  76  75  74  73  72  71  70  69  68  67  66  65
  72  [37]  64  63  62  61  60  59  58  57  56  55  54  53  52  51  50  49  48  47
  73  [55]  46  45  44  43  42  41  40  39  38  37  36  35  34  33  32  31  30  29
  74  [73]  28  27  26  25  24  23  22  21  20  19  18  17  16  15  14  13  12  11
  75  [91]  10   9   8   7   6   5   4   3   2   1
  76 > str(env$d)
  77  num [1:1000] 0.0854 0.3317 0.5647 0.4989 0.4549 ...
  78 > env$other
  79 [1] "hello"
  80 >
  81 > env$b <- rnorm(100)
  82 > mean(env$b)
  83 [1] -0.02208835
  84 >
  85 > env$a[1:5] <- 5:1
  86 > print(env$a)
  87  [1]  5  4  3  2  1  6  7  8  9 10
  88 >
  89 > dbDelete(db, "c")
  90 >
  91 > tryCatch(print(env$c), error = function(e) cat(as.character(e)))
  92 Error in dbFetch(db, key): unable to obtain value for key 'c'
  93 > tryCatch(dbFetch(db, "c"), error = function(e) cat(as.character(e)))
  94 Error in dbFetch(db, "c"): unable to obtain value for key 'c'
  95 >
  96 > ## Check trailing '/' problem
  97 > dbCreate("testRDSdb", "RDS")
  98 [1] TRUE
  99 > db <- dbInit("testRDSdb/", "RDS")
 100 > print(db)
 101 'filehashRDS' database 'testRDSdb'
 102 >
 103 > ######################################################################
 104 > ## test filehashDB1 class
 105 >
 106 > dbCreate("mydb", "DB1")
 107 [1] TRUE
 108 > db <- dbInit("mydb", "DB1")
 109 >
 110 > ## Put some data into it
 111 > set.seed(1000)
 112 > dbInsert(db, "a", 1:10)
 113 > dbInsert(db, "b", rnorm(100))
 114 > dbInsert(db, "c", 100:1)
 115 > dbInsert(db, "d", runif(1000))
 116 > dbInsert(db, "other", "hello")
 117 >
 118 > dbList(db)
 119 [1] "a"     "b"     "other" "c"     "d"
 120 >
 121 > env <- db2env(db)
 122 > ls(env)
 123 [1] "a"     "b"     "c"     "d"     "other"
 124 >
 125 > env$a
 126  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
 127 > env$b
 128   [1] -0.44577826 -1.20585657  0.04112631  0.63938841 -0.78655436 -0.38548930
 129   [7] -0.47586788  0.71975069 -0.01850562 -1.37311776 -0.98242783 -0.55448870
 130  [13]  0.12138119 -0.12087232 -1.33604105  0.17005748  0.15507872  0.02493187
 131  [19] -2.04658541  0.21315411  2.67007166 -1.22701601  0.83424733  0.53257175
 132  [25] -0.64682496  0.60316126 -1.78384414  0.33494217  0.56097572  1.22093565
 133  [31] -0.21145359  0.69942953 -0.70643668 -0.46515095 -1.76619861  0.18928860
 134  [37] -0.36618068  1.05760118 -0.74162146 -1.34835905 -0.51730643  1.41173570
 135  [43]  0.18546503 -0.04369144 -0.21591338  1.46377535  0.22966664  0.10762363
 136  [49] -1.37810256 -0.96818288  0.25171138 -1.09469370  0.39764284 -0.99630200
 137  [55]  0.10057801  0.95368028 -1.79032293  0.31170122  2.55398801 -0.86083776
 138  [61]  0.54392844 -0.39233804  1.23544190  1.19608644 -0.49574690 -0.29434122
 139  [67] -0.57349748  1.61920873 -0.95692767  0.04123712 -1.49831044  0.66095916
 140  [73]  0.28545762  1.38886629 -0.15934361 -0.46091890  0.16843807  1.39549302
 141  [79]  0.72842626  0.33508995  1.16927649  0.24796682 -0.35814947  1.38349332
 142  [85]  0.41206917 -0.12300786 -0.06622931 -2.32249088 -1.04565650  2.05787502
 143  [91]  1.97153237 -1.92099520  0.46212607 -0.16072406 -0.10421153  0.46783940
 144  [97]  0.44392082  0.82855281 -0.38705012  2.01893816
 145 > env$c
 146   [1] 100  99  98  97  96  95  94  93  92  91  90  89  88  87  86  85  84  83
 147  [19]  82  81  80  79  78  77  76  75  74  73  72  71  70  69  68  67  66  65
 148  [37]  64  63  62  61  60  59  58  57  56  55  54  53  52  51  50  49  48  47
 149  [55]  46  45  44  43  42  41  40  39  38  37  36  35  34  33  32  31  30  29
 150  [73]  28  27  26  25  24  23  22  21  20  19  18  17  16  15  14  13  12  11
 151  [91]  10   9   8   7   6   5   4   3   2   1
 152 > str(env$d)
 153  num [1:1000] 0.0854 0.3317 0.5647 0.4989 0.4549 ...
 154 > env$other
 155 [1] "hello"
 156 >
 157 > env$b <- rnorm(100)
 158 > mean(env$b)
 159 [1] -0.02208835
 160 >
 161 > env$a[1:5] <- 5:1
 162 > print(env$a)
 163  [1]  5  4  3  2  1  6  7  8  9 10
 164 >
 165 > dbDelete(db, "c")
 166 >
 167 > tryCatch(print(env$c), error = function(e) cat(as.character(e)))
 168 Error in readSingleKey(con, map, key): unable to obtain value for key 'c'
 169 > tryCatch(dbFetch(db, "c"), error = function(e) cat(as.character(e)))
 170 Error in readSingleKey(con, map, key): unable to obtain value for key 'c'
 171 >
 172 > numbers <- rnorm(100)
 173 > dbInsert(db, "numbers", numbers)
 174 > b <- dbFetch(db, "numbers")
 175 > stopifnot(all.equal(numbers, b))
 176 > stopifnot(identical(numbers, b))
 177 >
 178 > ################################################################################
 179 > ## Other tests
 180 >
 181 > rm(list = ls())
 182 >
 183 >
 184 > dbCreate("testLoadingDB", "DB1")
 185 [1] TRUE
 186 > db <- dbInit("testLoadingDB", "DB1")
 187 >
 188 > set.seed(234)
 189 >
 190 > db$a <- rnorm(100)
 191 > db$b <- runif(1000)
 192 >
 193 > dbLoad(db)  ## 'a', 'b'
 194 > summary(a)
 195      Min.   1st Qu.    Median      Mean   3rd Qu.      Max.
 196 -3.036000 -0.642100  0.172000  0.004131  0.614100  2.107000
 197 > summary(b)
 198     Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max.
 199 0.004583 0.229900 0.478600 0.482200 0.729200 0.999800
 200 >
 201 > rm(list = ls())
 202 > db <- dbInit("testLoadingDB", "DB1")
 203 >
 204 > dbLazyLoad(db)
 205 >
 206 > summary(a)
 207      Min.   1st Qu.    Median      Mean   3rd Qu.      Max.
 208 -3.036000 -0.642100  0.172000  0.004131  0.614100  2.107000
 209 > summary(b)
 210     Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max.
 211 0.004583 0.229900 0.478600 0.482200 0.729200 0.999800
 212 >
 213 >
 214 >
 215 > ################################################################################
 216 > ## Check dbReorganize
 217 >
 218 > dbCreate("test_reorg", "DB1")
 219 [1] TRUE
 220 > db <- dbInit("test_reorg", "DB1")
 221 >
 222 > set.seed(1000)
 223 > dbInsert(db, "a", 1)
 224 > dbInsert(db, "a", 1)
 225 > dbInsert(db, "a", 1)
 226 > dbInsert(db, "a", 1)
 227 > dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 228 > dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 229 > dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 230 > dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 231 > dbInsert(db, "c", runif(1000))
 232 > dbInsert(db, "c", runif(1000))
 233 > dbInsert(db, "c", runif(1000))
 234 > dbInsert(db, "c", runif(1000))
 235 >
 236 > summary(db$b)
 237     Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max.
 238 -2.76800 -0.65520 -0.06100 -0.01269  0.65240  3.73900
 239 > summary(db$c)
 240      Min.   1st Qu.    Median      Mean   3rd Qu.      Max.
 241 0.0002346 0.2416000 0.4813000 0.4938000 0.7492000 0.9992000
 242 >
 243 > print(file.info(db@datafile)$size)
 244 [1] 64980
 245 >
 246 > dbReorganize(db)
 247 Reorganizing database: 33% (1/3)\b\b\b\b\b\b\b\b\b67% (2/3)\b\b\b\b\b\b\b\b\b100% (3/3)\b\b\b\b\b\b\b\b\b\b
 248 Finished; reload database with 'dbInit'
 249 [1] TRUE
 250 >
 251 > db <- dbInit("test_reorg", "DB1")
 252 >
 253 > print(file.info(db@datafile)$size)
 254 [1] 16245
 255 >
 256 > summary(db$b)
 257     Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max.
 258 -2.76800 -0.65520 -0.06100 -0.01269  0.65240  3.73900
 259 > summary(db$c)
 260      Min.   1st Qu.    Median      Mean   3rd Qu.      Max.
 261 0.0002346 0.2416000 0.4813000 0.4938000 0.7492000 0.9992000
 262 >