tests/reg-tests.R

   1 library(filehash)
   2
   3 ######################################################################
   4 ## Test 'filehashRDS' class
   5
   6 dbCreate("mydbRDS", "RDS")
   7 db <- dbInit("mydbRDS", "RDS")
   8 show(db)
   9
  10 ## Put some data into it
  11 set.seed(1000)
  12 dbInsert(db, "a", 1:10)
  13 dbInsert(db, "b", rnorm(100))
  14 dbInsert(db, "c", 100:1)
  15 dbInsert(db, "d", runif(1000))
  16 dbInsert(db, "other", "hello")
  17
  18 dbList(db)
  19
  20 dbExists(db, "e")
  21 dbExists(db, "a")
  22
  23 env <- db2env(db)
  24 ls(env)
  25
  26 env$a
  27 env$b
  28 env$c
  29 str(env$d)
  30 env$other
  31
  32 env$b <- rnorm(100)
  33 mean(env$b)
  34
  35 env$a[1:5] <- 5:1
  36 print(env$a)
  37
  38 dbDelete(db, "c")
  39
  40 tryCatch(print(env$c), error = function(e) print(e))
  41 tryCatch(dbFetch(db, "c"), error = function(e) print(e))
  42
  43
  44 ######################################################################
  45 ## test filehashDB1 class
  46
  47 dbCreate("mydb", "DB1")
  48 db <- dbInit("mydb", "DB1")
  49
  50 ## Put some data into it
  51 set.seed(1000)
  52 dbInsert(db, "a", 1:10)
  53 dbInsert(db, "b", rnorm(100))
  54 dbInsert(db, "c", 100:1)
  55 dbInsert(db, "d", runif(1000))
  56 dbInsert(db, "other", "hello")
  57
  58 dbList(db)
  59
  60 env <- db2env(db)
  61 ls(env)
  62
  63 env$a
  64 env$b
  65 env$c
  66 str(env$d)
  67 env$other
  68
  69 env$b <- rnorm(100)
  70 mean(env$b)
  71
  72 env$a[1:5] <- 5:1
  73 print(env$a)
  74
  75 dbDelete(db, "c")
  76
  77 tryCatch(print(env$c), error = function(e) print(e))
  78 tryCatch(dbFetch(db, "c"), error = function(e) print(e))
  79
  80 numbers <- rnorm(100)
  81 dbInsert(db, "numbers", numbers)
  82 b <- dbFetch(db, "numbers")
  83 stopifnot(all.equal(numbers, b))
  84 stopifnot(identical(numbers, b))
  85
  86
  87
  88
  89 ######################################################################
  90 ######################################################################
  91 ## Test everything on all database formats
  92
  93 types <- c("DB1", "RDS")
  94 set.seed(1000)
  95
  96 for(type in types) {
  97     cat("-----------------\n")
  98     cat("-----------------\n")
  99     cat("TESTING TYPE", type, "\n")
 100     cat("-----------------\n")
 101     cat("-----------------\n")
 102
 103     name <- paste("mydb", type, sep = "")
 104     dbCreate(name, type)
 105     db <- dbInit(name, type)
 106
 107     dbInsert(db, "a", 1:10)  ## integer
 108     dbInsert(db, "b", rnorm(100))  ## numeric
 109     dbInsert(db, "c", 100:1)  ## integer
 110     dbInsert(db, "d", runif(1000))  ## numeric
 111     dbInsert(db, "other", "hello")  ## character
 112
 113     ## Use extractor/replacement methods
 114     db$list <- as.list(1:100)
 115     db$dataf <- data.frame(x = rnorm(2000), y = rnorm(2000), z = rnorm(2000))
 116
 117     show(db)
 118
 119     str(db$dataf)
 120     str(db$list)
 121     print(db$d)
 122     print(db$a)
 123     print(db$b)
 124     print(db$c)
 125     print(db$other)
 126
 127     env <- db2env(db)
 128     ls(env)
 129
 130     print(env$a)
 131     print(env$b)
 132     print(env$c)
 133     str(env$d)
 134     print(env$other)
 135
 136     env$b <- rnorm(100)
 137     mean(env$b)
 138
 139     env$a[1:5] <- 5:1
 140     print(env$a)
 141
 142     with(db, print(mean(b)))
 143
 144     r <- lapply(db, summary)
 145     str(r)
 146
 147     dbDelete(db, "c")
 148
 149     tryCatch(print(env$c), error = function(e) print(e))
 150     tryCatch(dbFetch(db, "c"), error = function(e) print(e))
 151
 152     numbers <- rnorm(100)
 153     dbInsert(db, "numbers", numbers)
 154     b <- dbFetch(db, "numbers")
 155     stopifnot(all.equal(numbers, b))
 156     stopifnot(identical(numbers, b))
 157 }
 158
 159
 160
 161 ## Other tests
 162
 163 rm(list = ls())
 164
 165
 166 dbCreate("testLoadingDB", "DB1")
 167 db <- dbInit("testLoadingDB", "DB1")
 168
 169 set.seed(234)
 170
 171 db$a <- rnorm(100)
 172 db$b <- runif(1000)
 173
 174 dbLoad(db)  ## 'a', 'b'
 175 summary(a)
 176 summary(b)
 177
 178 rm(list = ls())
 179 db <- dbInit("testLoadingDB", "DB1")
 180
 181 dbLazyLoad(db)
 182
 183 summary(a)
 184 summary(b)
 185
 186
 187
 188 ################################################################################
 189 ## Check dbReorganize
 190
 191 dbCreate("test_reorg", "DB1")
 192 db <- dbInit("test_reorg", "DB1")
 193
 194 set.seed(1000)
 195 dbInsert(db, "a", 1)
 196 dbInsert(db, "a", 1)
 197 dbInsert(db, "a", 1)
 198 dbInsert(db, "a", 1)
 199 dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 200 dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 201 dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 202 dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 203 dbInsert(db, "c", runif(1000))
 204 dbInsert(db, "c", runif(1000))
 205 dbInsert(db, "c", runif(1000))
 206 dbInsert(db, "c", runif(1000))
 207
 208 summary(db$b)
 209 summary(db$c)
 210
 211 print(file.info(db@datafile)$size)
 212
 213 dbReorganize(db)
 214
 215 db <- dbInit("test_reorg", "DB1")
 216
 217 print(file.info(db@datafile)$size)
 218
 219 summary(db$b)
 220 summary(db$c)