tests/reg-tests.R

   1 library(filehash)
   2
   3 ######################################################################
   4 ## Test 'filehashRDS' class
   5
   6 dbCreate("mydbRDS", "RDS")
   7 db <- dbInit("mydbRDS", "RDS")
   8 show(db)
   9
  10 ## Put some data into it
  11 set.seed(1000)
  12 dbInsert(db, "a", 1:10)
  13 dbInsert(db, "b", rnorm(100))
  14 dbInsert(db, "c", 100:1)
  15 dbInsert(db, "d", runif(1000))
  16 dbInsert(db, "other", "hello")
  17
  18 dbList(db)
  19
  20 dbExists(db, "e")
  21 dbExists(db, "a")
  22
  23 env <- db2env(db)
  24 ls(env)
  25
  26 env$a
  27 env$b
  28 env$c
  29 str(env$d)
  30 env$other
  31
  32 env$b <- rnorm(100)
  33 mean(env$b)
  34
  35 env$a[1:5] <- 5:1
  36 print(env$a)
  37
  38 dbDelete(db, "c")
  39
  40 tryCatch(print(env$c), error = function(e) print(e))
  41 tryCatch(dbFetch(db, "c"), error = function(e) print(e))
  42
  43 ## Check trailing '/' problem
  44 dbCreate("testRDSdb", "RDS")
  45 db <- dbInit("testRDSdb/", "RDS")
  46 print(db)
  47
  48 ######################################################################
  49 ## test filehashDB1 class
  50
  51 dbCreate("mydb", "DB1")
  52 db <- dbInit("mydb", "DB1")
  53
  54 ## Put some data into it
  55 set.seed(1000)
  56 dbInsert(db, "a", 1:10)
  57 dbInsert(db, "b", rnorm(100))
  58 dbInsert(db, "c", 100:1)
  59 dbInsert(db, "d", runif(1000))
  60 dbInsert(db, "other", "hello")
  61
  62 dbList(db)
  63
  64 env <- db2env(db)
  65 ls(env)
  66
  67 env$a
  68 env$b
  69 env$c
  70 str(env$d)
  71 env$other
  72
  73 env$b <- rnorm(100)
  74 mean(env$b)
  75
  76 env$a[1:5] <- 5:1
  77 print(env$a)
  78
  79 dbDelete(db, "c")
  80
  81 tryCatch(print(env$c), error = function(e) print(e))
  82 tryCatch(dbFetch(db, "c"), error = function(e) print(e))
  83
  84 numbers <- rnorm(100)
  85 dbInsert(db, "numbers", numbers)
  86 b <- dbFetch(db, "numbers")
  87 stopifnot(all.equal(numbers, b))
  88 stopifnot(identical(numbers, b))
  89
  90
  91
  92
  93 ######################################################################
  94 ######################################################################
  95 ## Test everything on all database formats
  96
  97 types <- c("DB1", "RDS")
  98 set.seed(1000)
  99
 100 for(type in types) {
 101     cat("-----------------\n")
 102     cat("-----------------\n")
 103     cat("TESTING TYPE", type, "\n")
 104     cat("-----------------\n")
 105     cat("-----------------\n")
 106
 107     name <- paste("mydb", type, sep = "")
 108     dbCreate(name, type)
 109     db <- dbInit(name, type)
 110
 111     dbInsert(db, "a", 1:10)  ## integer
 112     dbInsert(db, "b", rnorm(100))  ## numeric
 113     dbInsert(db, "c", 100:1)  ## integer
 114     dbInsert(db, "d", runif(1000))  ## numeric
 115     dbInsert(db, "other", "hello")  ## character
 116
 117     ## Use extractor/replacement methods
 118     db$list <- as.list(1:100)
 119     db$dataf <- data.frame(x = rnorm(2000), y = rnorm(2000), z = rnorm(2000))
 120
 121     show(db)
 122
 123     str(db$dataf)
 124     str(db$list)
 125     print(db$d)
 126     print(db$a)
 127     print(db$b)
 128     print(db$c)
 129     print(db$other)
 130
 131     env <- db2env(db)
 132     ls(env)
 133
 134     print(env$a)
 135     print(env$b)
 136     print(env$c)
 137     str(env$d)
 138     print(env$other)
 139
 140     env$b <- rnorm(100)
 141     mean(env$b)
 142
 143     env$a[1:5] <- 5:1
 144     print(env$a)
 145
 146     with(db, print(mean(b)))
 147
 148     r <- lapply(db, summary)
 149     str(r)
 150
 151     dbDelete(db, "c")
 152
 153     tryCatch(print(env$c), error = function(e) print(e))
 154     tryCatch(dbFetch(db, "c"), error = function(e) print(e))
 155
 156     numbers <- rnorm(100)
 157     dbInsert(db, "numbers", numbers)
 158     b <- dbFetch(db, "numbers")
 159     stopifnot(all.equal(numbers, b))
 160     stopifnot(identical(numbers, b))
 161 }
 162
 163
 164
 165 ## Other tests
 166
 167 rm(list = ls())
 168
 169
 170 dbCreate("testLoadingDB", "DB1")
 171 db <- dbInit("testLoadingDB", "DB1")
 172
 173 set.seed(234)
 174
 175 db$a <- rnorm(100)
 176 db$b <- runif(1000)
 177
 178 dbLoad(db)  ## 'a', 'b'
 179 summary(a)
 180 summary(b)
 181
 182 rm(list = ls())
 183 db <- dbInit("testLoadingDB", "DB1")
 184
 185 dbLazyLoad(db)
 186
 187 summary(a)
 188 summary(b)
 189
 190
 191
 192 ################################################################################
 193 ## Check dbReorganize
 194
 195 dbCreate("test_reorg", "DB1")
 196 db <- dbInit("test_reorg", "DB1")
 197
 198 set.seed(1000)
 199 dbInsert(db, "a", 1)
 200 dbInsert(db, "a", 1)
 201 dbInsert(db, "a", 1)
 202 dbInsert(db, "a", 1)
 203 dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 204 dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 205 dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 206 dbInsert(db, "b", rnorm(1000))
 207 dbInsert(db, "c", runif(1000))
 208 dbInsert(db, "c", runif(1000))
 209 dbInsert(db, "c", runif(1000))
 210 dbInsert(db, "c", runif(1000))
 211
 212 summary(db$b)
 213 summary(db$c)
 214
 215 print(file.info(db@datafile)$size)
 216
 217 dbReorganize(db)
 218
 219 db <- dbInit("test_reorg", "DB1")
 220
 221 print(file.info(db@datafile)$size)
 222
 223 summary(db$b)
 224 summary(db$c)