.travis.yml

   1 language: perl
   2 perl:
   3   - "5.24"
   4   #- "5.20"
   5   #- "5.18"
   6   - "5.16"
   7   - "5.14"
   8
   9 sudo: false
  10 env: PERL_CPANM_OPT="--notest --force --skip-satisfied"
  11
  12 addons:
  13   apt:
  14     packages:
  15       - clustalw
  16       - blast2
  17       - ncbi-blast+
  18       - muscle
  19       - phylip
  20       - emboss
  21
  22 install:
  23     #These are recommended or required Perl libraries
  24     - "cpanm CJFIELDS/BioPerl-1.007000_005.tar.gz 2>&1 | tail -n 1"
  25     #- "cpanm GD 2>&1 CGI | tail -n 1"
  26     #- "cpanm HTML::TableExtract DBI Data::Stag DB_File 2>&1 | tail -n 1"
  27     #- "cpanm DBD::mysql DBD::Pg DBD::SQLite 2>&1 | tail -n 1"
  28     #- "cpanm Algorithm::Munkres Array::Compare Convert::Binary::C Error 2>&1 | tail -n 1"
  29     #- "cpanm Graph SVG SVG::Graph GraphViz 2>&1 | tail -n 1"
  30     #- "cpanm XML::DOM::XPath XML::Parser XML::Parser::PerlSAX 2>&1 | tail -n 1"
  31     #- "cpanm XML::SAX XML::SAX::Writer XML::Simple XML::LibXML XML::Twig XML::Writer 2>&1 | tail -n 1"
  32     #- "cpanm PostScript::TextBlock Set::Scalar Sort::Naturally YAML | tail -n 1"
  33     #- "cpanm Math::Random Spreadsheet::ParseExcel | tail -n 1"
  34     #- "cpanm Bio::Phylo | tail -n 1"
  35     #- "cpanm Test::Weaken | tail -n 1"
  36     #- "cpanm Test::Memory::Cycle | tail -n 1"
  37     #Test coverage from Coveralls
  38     #- cpanm --quiet --notest Devel::Cover::Report::Coveralls
  39     #for some reason tests and deps aren't skipped here.  Will have to look into it more...
  40     #git repos, seems to only work for simple checkouts, so pure perl only (TODO: look into before_script for more detail)
  41     #- "git clone https://github.com/bioperl/Bio-Root.git; export PERL5LIB=$( pwd )/Bio-Root/lib:$PERL5LIB"
  42     #This installs BioPerl itself:
  43     - "perl ./Build.PL --accept"
  44
  45 script:
  46     - "./Build test"
  47     #Devel::Cover coverage options are: statement, branch, condition, path, subroutine, pod, time, all and none
  48     #- "./Build build && cover -test -report coveralls" #complete version coverage test
  49     #- PERL5OPT=-MDevel::Cover=+ignore,prove,-coverage,statement,subroutine prove -lr t #limited version coverage test
  50     #- cover -report coveralls
  51
  52 #after_success:
  53 #    - ./travis_scripts/trigger-dockerhub.sh
  54
  55 #TODO - send emails to bioperl-guts-l
  56 notifications:
  57   email:
  58     recipients:
  59       #- bioperl-guts-l@lists.open-bio.org
  60 ‹      #- cjfields1@gmail.com
  61     on_success: change
  62     on_failure: change
  63
  64 # whitelist branches
  65 branches:
  66   only:
  67     - master