t/DBA.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9     test_begin(-tests => 18);
  10     use_ok('Bio::Tools::Run::Alignment::DBA');
  11     use_ok('Bio::SimpleAlign');
  12     use_ok('Bio::AlignIO');
  13     use_ok('Bio::SeqIO');
  14 }
  15
  16 my $verbose = -1;
  17 my @params = ('matchA' => 0.75, 'matchB' => '0.55','dymem'=>'linear');
  18 my  $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::DBA->new(@params);
  19
  20 SKIP: {
  21     test_skip(-requires_executable => $factory,
  22               -tests => 14);
  23
  24     isa_ok $factory,'Bio::Tools::Run::Alignment::DBA';
  25     my $bequiet = 1;
  26     $factory->quiet($bequiet);  # Suppress clustal messages to terminal
  27
  28     #test with one file with 2 sequences
  29     my $inputfilename_1a = test_input_file("dba1a.fa");
  30     my $inputfilename_1b = test_input_file("dba1b.fa");
  31     my $inputfilename2 = test_input_file("dba2.fa");
  32     my $aln;
  33     my @hsps = $factory->align($inputfilename2);
  34     isa_ok($hsps[0],"Bio::Search::HSP::GenericHSP");
  35     is($hsps[0]->query->start,4);
  36     is($hsps[0]->query->end,209);
  37     is($hsps[0]->gaps,6);
  38
  39     #test with 2 files of 1 sequence each
  40     my @files = ($inputfilename_1a,$inputfilename_1b);
  41     @hsps = $factory->align(\@files);
  42     is($hsps[0]->query->start,3);
  43     is($hsps[0]->query->end,88);
  44     is($hsps[0]->gaps,0);
  45     is($hsps[1]->hit->start,90);
  46     is($hsps[1]->hit->end,195);
  47     is($hsps[1]->gaps,0);
  48
  49     #test with an array of 2 PrimarySeqI objects
  50
  51     my $str = Bio::SeqIO->new(-file=> test_input_file("dba2.fa"), '-format' => 'Fasta');
  52     my @seq_array =();
  53
  54     while ( my $seq = $str->next_seq() ) {
  55       push (@seq_array, $seq) ;
  56     }
  57     @hsps = $factory->align(\@seq_array);
  58     is($hsps[0]->query->start,4);
  59     is($hsps[0]->query->end,209);
  60     is($hsps[0]->gaps,6);
  61 }