t/tRNAscanSE.t

   1 #-*-Perl-*-
   2 # ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # #
   4 use strict;
   5 use vars qw($NTESTS);
   6
   7 BEGIN {
   8     use Bio::Root::Test;
   9     $NTESTS = 12;
  10     test_begin(-tests => $NTESTS,
  11                -requires_modules => [qw(IPC::Run)]);
  12     use_ok('Bio::Tools::Run::tRNAscanSE');
  13     use_ok('Bio::Root::IO');
  14     use_ok('Bio::Seq');
  15 }
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 my $fasta_file = test_input_file('H_pylori_J99.fasta');
  20
  21 my $factory    = Bio::Tools::Run::tRNAscanSE->new(-program => 'tRNAscan-SE');
  22 isa_ok $factory, 'Bio::Tools::Run::tRNAscanSE';
  23
  24 my $seqstream = Bio::SeqIO->new(-file => $fasta_file, -format => 'fasta');
  25 my $seq = $seqstream->next_seq();
  26
  27 SKIP: {
  28     test_skip(-requires_executable => $factory,
  29               -tests => 8);
  30
  31     my $tRNAscanSE = $factory->run($seq);
  32     isa_ok $tRNAscanSE, 'Bio::Tools::tRNAscanSE';
  33
  34     while (my $gene = $tRNAscanSE->next_prediction()) {
  35         isa_ok $gene, 'Bio::SeqFeature::Generic';
  36     }
  37 }
  38
  39 1;