Supply TEMPLATE and SUFFIX for temporary query sequence files.
[bioperl-run.git] / t / data / cysprot1a.msf
blob4a69ba696a7f409b432a1f08663eb2c6578bf66b
1 PileUp
5    MSF:  383  Type: P    Check:  3696   .. 
7  Name: ALEU_HORVU oo  Len:  383  Check:  9840  Weight:  34.4
8  Name: CATH_HUMAN oo  Len:  383  Check:  7134  Weight:  30.1
9  Name: CYS1_DICDI oo  Len:  383  Check:  6722  Weight:  35.4
15 ALEU_HORVU      MAHARVLLLA LAVLATAAVA VASSSSFADS NPIRPVTDRA ASTLESAVLG 
16 CATH_HUMAN      ......MWAT LPLLCAGAWL LG........ VPVCGAAELS VNSLEK.... 
17 CYS1_DICDI      .....MKVIL LFVLAVFTVF VS........ .......SRG IPPEEQ.... 
20 ALEU_HORVU      ALGRTRHALR FARFAVRYGK SYESAAEVRR RFRIFSESLE EVRSTN.... 
21 CATH_HUMAN      ........FH FKSWMSKHRK TYS.TEEYHH RLQTFASNWR KINAHN.... 
22 CYS1_DICDI      ........SQ FLEFQDKFNK KYS.HEEYLE RFEIFKSNLG KIEELNLIAI 
25 ALEU_HORVU      RKGLPYRLGI NRFSDMSWEE FQATRLG.AA QTCSATLAGN HLMRDAAA.. 
26 CATH_HUMAN      NGNHTFKMAL NQFSDMSFAE IKHKYLWSEP QNCSATKS.. NYLRGTGP.. 
27 CYS1_DICDI      NHKADTKFGV NKFADLSSDE FKNYYLNNKE AIFTDDLPVA DYLDDEFINS 
30 ALEU_HORVU      LPETKDWRED G.IVSPVKNQ AHCGSCWTFS TTGALEAAYT QATGKNISLS 
31 CATH_HUMAN      YPPSVDWRKK GNFVSPVKNQ GACGSCWTFS TTGALESAIA IATGKMLSLA 
32 CYS1_DICDI      IPTAFDWRTR G.AVTPVKNQ GQCGSCWSFS TTGNVEGQHF ISQNKLVSLS 
35 ALEU_HORVU      EQQLVDCAGG FNNF...... ..GCNGGLPS QAFEYIKYNG GIDTEESYPY 
36 CATH_HUMAN      EQQLVDCAQD FNNY...... ..GCQGGLPS QAFEYILYNK GIMGEDTYPY 
37 CYS1_DICDI      EQNLVDCDHE CMEYEGEEAC DEGCNGGLQP NAYNYIIKNG GIQTESSYPY 
40 ALEU_HORVU      KGVNGVCHYK AENAAVQVLD SVNITLNAED ELKNAVGLVR PVSVAFQVID 
41 CATH_HUMAN      QGKDGYCKFQ PGKAIGFVKD VANITIYDEE AMVEAVALYN PVSFAFEVTQ 
42 CYS1_DICDI      TAETGTQCNF NSANIGAKIS NFTMIPKNET VMAGYIVSTG PLAIAADAVE 
45 ALEU_HORVU      GFRQYKSGVY TSDHCGTTPD DVNHAVLAVG YGVEN..... GVPYWLIKNS 
46 CATH_HUMAN      DFMMYRTGIY SSTSCHKTPD KVNHAVLAVG YGEKN..... GIPYWIVKNS 
47 CYS1_DICDI      .WQFYIGGVF DIPCN...PN SLDHGILIVG YSAKNTIFRK NMPYWIVKNS 
50 ALEU_HORVU      WGADWGDNGY FKMEMGKNMC AIATCASYPV VAA
51 CATH_HUMAN      WGPQWGMNGY FLIERGKNMC GLAACASYPI PLV
52 CYS1_DICDI      WGADWGEQGY IYLRRGKNTC GVSNFVSTSI I..