t/Tmhmm.t

   1 #-*-Perl-*-
   2 # $id$
   3 # ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   4 # #
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7    use Bio::Root::Test;
   8    test_begin(-tests => 9);
   9    use_ok('Bio::Tools::Run::Tmhmm');
  10    use_ok('Bio::SeqIO');
  11 }
  12
  13 # AHEM - Fugu guys, can you make sure this is genericized?
  14
  15 my $factory = Bio::Tools::Run::Tmhmm->new();
  16 isa_ok $factory,'Bio::Tools::Run::Tmhmm';
  17 SKIP:{
  18    test_skip(-requires_executable => $factory,
  19              -tests => 6);
  20    my $prot_file=  test_input_file("test_prot.FastA");
  21    ok(-e $prot_file);
  22
  23    my $seqstream = Bio::SeqIO->new(-file => $prot_file, -fmt => 'Fasta');
  24    my $seq1 = $seqstream->next_seq();
  25    isa_ok( $seq1,'Bio::Seq');
  26    my @feat = $factory->run($seq1);
  27    is @feat, 5;
  28
  29    isa_ok $feat[0],'Bio::SeqFeatureI';
  30    is ($feat[0]->start,121);
  31    is ($feat[0]->end,143);
  32 }