t/TigrAssembler.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use Bio::Root::Test;
   5     test_begin(-tests => 88,
   6                -requires_modules => [qw(IPC::Run Bio::Tools::Run::TigrAssembler)]);
   7     use_ok('Bio::SeqIO');
   8 }
   9
  10 my $assembler;
  11 ok($assembler = Bio::Tools::Run::TigrAssembler->new());
  12 isa_ok($assembler, 'Bio::Tools::Run::TigrAssembler');
  13
  14 ok($assembler->program_name('aaa'));
  15 is($assembler->program_name, 'aaa');
  16
  17 ok($assembler->program_dir('/dir'));
  18 is($assembler->program_dir, '/dir');
  19
  20 my @params = @Bio::Tools::Run::TigrAssembler::program_params;
  21 for my $param (@params) {
  22   ok($assembler->$param(321));
  23   is($assembler->$param(), 321);
  24 }
  25
  26 my @switches = @Bio::Tools::Run::TigrAssembler::program_switches;
  27 for my $switch (@switches) {
  28   ok($assembler->$switch(1));
  29   is($assembler->$switch(), 1);
  30 }
  31
  32 # Test the TIGR Assembler program itself
  33 my $program_name = $Bio::Tools::Run::TigrAssembler::program_name;
  34 ok($assembler->program_name($program_name));
  35 SKIP: {
  36     test_skip(-requires_executable => $assembler,
  37               -tests => 45);
  38
  39    # Input data
  40    my $result_file = 'results.tigr';
  41    my $fasta_file = test_input_file('sample_dataset_1.fa');
  42    my $qual_file  = test_input_file('sample_dataset_1.qual');
  43    my $io = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, -format => 'fasta' );
  44    my @seq_arr;
  45    while (my $seq = $io->next_seq) {
  46       push @seq_arr, $seq;
  47    }
  48    $io = Bio::SeqIO->new( -file => $qual_file, -format => 'qual' );
  49    my @qual_arr;
  50    while (my $qual = $io->next_seq) {
  51       push @qual_arr, $qual;
  52    }
  53
  54    my $asm;
  55    ok($assembler = Bio::Tools::Run::TigrAssembler->new());
  56
  57    # Try FASTA or sequence object input
  58    ok($asm = $assembler->run($fasta_file));
  59    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  60    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  61    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  62
  63    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  64    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  65    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  66    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  67
  68    # Try optional quality score input as a QUAL file or bioperl objects
  69    ok($asm = $assembler->run($fasta_file, $qual_file));
  70    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  71    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  72    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  73
  74    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr, \@qual_arr));
  75    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  76    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  77    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  78
  79    # Try the different output types
  80    ok($assembler->out_type($result_file));
  81    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  82    ok($asm eq $result_file);
  83    is((-f $asm), 1);
  84    unlink $result_file;
  85
  86    ok($assembler->out_type('Bio::Assembly::IO'));
  87    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  88    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::IO');
  89    ok($asm->next_assembly);
  90
  91    ok($assembler->out_type('Bio::Assembly::ScaffoldI'));
  92    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  93    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  94    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  95    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  96
  97    # Try some TIGR_assembler specific parameters
  98    ok($assembler->include_singlets(1));
  99    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 100    is($asm->get_nof_singlets, 191);
 101    is($asm->get_nof_contigs, 3);
 102
 103    ok($assembler->minimum_length(1000));
 104    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 105    is($asm->get_nof_singlets, 198);
 106    is($asm->get_nof_contigs, 0);
 107
 108    ok($assembler->minimum_length(1));
 109    ok($assembler->minimum_percent(100));
 110    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 111    is($asm->get_nof_singlets, 198);
 112    is($asm->get_nof_contigs, 0);
 113
 114    # Function alias
 115    ok($assembler->minimum_overlap_similarity(100));
 116    ok($assembler->minimum_overlap_length(20));
 117 }
 118
 119 # Test the LIGR Assembler program itself
 120 ok($assembler = Bio::Tools::Run::TigrAssembler->new( -program_name => 'LIGR_Assembler' ));
 121 SKIP: {
 122     test_skip(-requires_executable => $assembler,
 123               -tests => 6);
 124
 125    my $fasta_file  = test_input_file('sample_dataset_1.fa');
 126    my $result_file = 'results.tigr';
 127    my $asm;
 128    ok($assembler->out_type($result_file));
 129    ok($assembler->incl_bad_seq(1));
 130    ok($assembler->trimmed_seq(1));
 131    ok($asm = $assembler->run($fasta_file));
 132    ok($asm eq $result_file);
 133    is((-f $asm), 1);
 134    unlink $result_file;
 135
 136 }