t/TCoffee.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 27);
   9         use_ok('Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee');
  10         use_ok('Bio::SimpleAlign');
  11         use_ok('Bio::AlignIO');
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 END { unlink qw(cysprot.dnd cysprot1a.dnd) }
  16
  17 END {
  18     unlink("t_coffee.log");
  19 }
  20
  21 my @params;
  22 my  $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee->new(@params);
  23
  24 isa_ok ($factory, 'Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee');
  25
  26 my $ktuple = 3;
  27 $factory->ktuple($ktuple);
  28
  29 my $new_ktuple = $factory->ktuple();
  30 is $new_ktuple, 3, "set factory parameter";
  31
  32 my $what_matrix = $factory->matrix();
  33 like $what_matrix, qr/BLOSUM/i, "get factory parameter";
  34
  35 my $bequiet = 1;
  36 $factory->quiet($bequiet);  # Suppress tcoffee messages to terminal
  37
  38 my $inputfilename = test_input_file('cysprot.fa');
  39 my $aln;
  40
  41 SKIP: {
  42     test_skip(-requires_executable => $factory,
  43               -tests => 20);
  44         my $version = $factory->version;
  45         cmp_ok ($version, '>=', 1.22, "Code tested only on t_coffee versions > 1.22" );
  46         $aln = $factory->align($inputfilename);
  47         ok($aln);
  48         is( $aln->num_sequences, 7);
  49
  50         my $str = Bio::SeqIO->new('-file' =>
  51                                   test_input_file("cysprot.fa"),
  52                                   '-format' => 'fasta');
  53         my @seq_array =();
  54
  55         while ( my $seq = $str->next_seq() ) {
  56                 push (@seq_array, $seq) ;
  57         }
  58
  59         my $seq_array_ref = \@seq_array;
  60
  61         $aln = $factory->align($seq_array_ref);
  62         is $aln->num_sequences, 7;
  63         my $s1_perid = $aln->average_percentage_identity;
  64
  65         my $profile1 = test_input_file("cysprot1a.msf");
  66         my $profile2 = test_input_file("cysprot1b.msf");
  67
  68         # convert any warnings about program to an actual exception
  69         $factory->verbose(2);
  70         lives_ok {$aln = $factory->profile_align($profile1,$profile2)};
  71         skip("T-COFFEE error, skipping tests", 15) if $@;
  72         is $aln->num_sequences, 7;
  73
  74         my $str1 = Bio::AlignIO->new(-file=> test_input_file("cysprot1a.msf"));
  75         my $aln1 = $str1->next_aln();
  76         is $aln1->num_sequences, 3;
  77
  78         my $str2 = Bio::AlignIO->new(-file=> test_input_file("cysprot1b.msf"));
  79         my $aln2 = $str2->next_aln();
  80         is $aln2->num_sequences, 4;
  81
  82         $aln = $factory->profile_align($aln1,$aln2);
  83         is $aln->num_sequences, 7;
  84
  85         $str1 = Bio::AlignIO->new(-file=> test_input_file("cysprot1a.msf"));
  86         $aln1 = $str1->next_aln();
  87         $str2 = Bio::SeqIO->new(-file=> test_input_file("cysprot1b.fa"));
  88         my $seq = $str2->next_seq();
  89
  90         is $aln1->num_sequences, 3;
  91         is( int($aln1->average_percentage_identity), 39);
  92         $aln = $factory->profile_align($aln1,$seq);
  93         is( $aln->num_sequences, 4);
  94         if( $version <= 1.22 ) {
  95                 cmp_ok( $aln->overall_percentage_identity, '>', 18);
  96                 is( int($aln->average_percentage_identity), 44);
  97         } else {
  98                 my $overall = int($aln->overall_percentage_identity);
  99                 ok( $overall >=21 && $overall <= 23, 'expect 21 >= val >= 23');
 100                 my $avg = int($aln->average_percentage_identity);
 101                 ok( $avg == 47 || $avg ==48, 'expect 47 or 48');
 102         }
 103
 104         # test new 'run' generic running of factory
 105
 106         $aln = $factory->run('-type' => 'align',
 107                                  '-seq'  => test_input_file("cysprot.fa"));
 108         is ($aln->num_sequences, 7, 'simple generic run');
 109         is ($aln->percentage_identity,$s1_perid); #calculated before
 110
 111         lives_ok{ $aln = $factory->run('-type' => 'profile',
 112                                  '-profile' => $aln1,
 113                                  '-seq'  => test_input_file("cysprot1b.fa"))} ;
 114
 115         skip("T-COFFEE error, skipping tests",3) if $@;
 116
 117         is( $aln->num_sequences, 7);
 118         if( $version <= 1.22 ) {
 119                 cmp_ok( $aln->overall_percentage_identity, '>', 18);
 120                 is( int($aln->average_percentage_identity), 44);
 121         } else {
 122                 my $overall = int $aln->overall_percentage_identity;
 123                 ok($overall == 14 || $overall == 13, 'expect 13 or 14');
 124                 my $avg = int($aln->average_percentage_identity);
 125                 ok($avg == 41 || $avg == 42, 'expect 41 or 42');
 126         }
 127 }
 128
 129 END {
 130         # warnings are already given above, no need to keep report
 131         if (-e 'error_report.T-COFFEE') {
 132                 unlink('error_report.T-COFFEE');
 133         }
 134         if (my @dnds = glob('*.dnd')) {
 135                 for my $file (@dnds) {
 136                         unlink($file)
 137                 }
 138         }
 139 }