t/Simprot.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   8
   9 use strict;
  10 BEGIN {
  11     use Bio::Root::Test;
  12     test_begin(-tests => 6,
  13                            -requires_module => 'IO::String');
  14
  15         use_ok('Bio::Root::IO');
  16         use_ok('Bio::Tools::Run::Simprot');
  17         use_ok('Bio::AlignIO');
  18         use_ok('Bio::TreeIO');
  19 }
  20
  21 ok my $simprot = Bio::Tools::Run::Simprot->new();
  22
  23 SKIP: {
  24     test_skip(-requires_executable => $simprot,
  25               -tests => 1);
  26
  27         my $treeio = Bio::TreeIO->new(
  28                 -format => 'nhx', -file => 't/data/simprot_tree.nh');
  29
  30         my $tree = $treeio->next_tree;
  31
  32         $simprot->tree($tree);
  33         $simprot->set_parameter("variablegamma",1);
  34         $simprot->set_parameter("alpha",0.01);
  35         $simprot->set_parameter("rootLength",1000);
  36         $simprot->set_parameter("eFactor",15);
  37         $simprot->set_parameter("indelFrequncy",0.99);
  38         $simprot->set_parameter("maxIndel",999999);
  39         $simprot->set_parameter("Benner",0);
  40         $simprot->set_parameter("bennerk",-2);
  41         $simprot->set_parameter("subModel",2);
  42         $simprot->set_parameter("interleaved",1);
  43         my @nodes = map { $_->id } $tree->get_leaf_nodes;
  44
  45         my ($rc,$alnio,$seq) = $simprot->run();
  46         my $aln = $alnio->next_aln;
  47         my @seqs = map { $_->display_name} $aln->each_seq;
  48         is (scalar(@seqs),scalar(@nodes));
  49
  50         #*** where are the tests?!
  51 }