t/Semphy.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 19);
   9     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Semphy');
  10 }
  11
  12 # setup input files
  13 my $alignfilename = test_input_file('semphy.seq');
  14 my $treefilename = test_input_file('semphy.tree');
  15
  16 # object setup and testing
  17 my $factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Semphy->new(-quiet => 1, -z => '2.0', -H => 1, -jtt => 1, -S => 1);
  18
  19 isa_ok($factory, 'Bio::Tools::Run::Phylo::Semphy');
  20 ok $factory->can('alphabet'), 'has a created method not in args';
  21 is $factory->ratio, '2.0', 'ratio param was set via -z';
  22 ok $factory->jtt, 'jtt switch was set';
  23
  24 is ($factory->program_dir, $ENV{'SEMPHYDIR'}, 'program_dir returned correct default');
  25 is ($factory->program_name(), 'semphy', 'Correct exe default name');
  26
  27 # test the program itself
  28 SKIP: {
  29     test_skip(-requires_executable => $factory,
  30               -tests => 12);
  31     use_ok('Bio::TreeIO');
  32     my $tree_out_file = test_output_file();
  33     my $to = Bio::TreeIO->new(-format => 'newick',
  34                               -file => ">$tree_out_file");
  35
  36     # run Semphy with an alignment
  37     ok my $tree1 = $factory->run($alignfilename);
  38     $to->write_tree($tree1);
  39
  40     # or with alignment object
  41     use_ok('Bio::AlignIO');
  42     my $ai = Bio::AlignIO->new(-file => $alignfilename);
  43     my $bio_simplalign = $ai->next_aln;
  44     ok my $tree2 = $factory->run($bio_simplalign);
  45     $to->write_tree($tree2);
  46
  47     # you can supply an initial tree as well, which can be a newick tree file,
  48     # Bio::Tree::Tree object...
  49     my $ti = Bio::TreeIO->new(-file => $treefilename);
  50     my $tree_obj = $ti->next_tree;
  51     ok my $tree3 = $factory->run($bio_simplalign, $tree_obj);
  52     $to->write_tree($tree3);
  53
  54     # ... or Bio::DB::Taxonomy object
  55     my $expected_count = 3;
  56     SKIP: {
  57         test_skip(-tests => 2, -requires_networking => 1);
  58
  59         use_ok('Bio::DB::Taxonomy');
  60         my $bio_db_taxonomy = Bio::DB::Taxonomy->new(-source => 'entrez');
  61         ok my $tree4 = $factory->run($bio_simplalign, $bio_db_taxonomy);
  62         $to->write_tree($tree4);
  63         $expected_count++;
  64     }
  65
  66     $to->close;
  67
  68     my $expected_result = '(Cow:0.280119,((Baboon:0.035422,Human:0.080635):0.000213,(Rat:0.198658,Horse:0.642019):0.120910):0.074791,Semnopithecus_entellus:0.016396);';
  69
  70     open(my $res_fh, $tree_out_file);
  71     my $count = 0;
  72     while (<$res_fh>) {
  73         chomp;
  74         /\S/ || last;
  75         $count++;
  76         is $_, $expected_result;
  77     }
  78     close($res_fh);
  79
  80     is $count, $expected_count;
  81     if ($expected_count == 3) {
  82         ok 1;
  83     }
  84 }