t/Raxml.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # Before `./Build install' is performed this script should be runnable with
   4 # `./Build test --test_files test.t'. After `./Build install' it should work as `perl test.t'
   5
   6 use strict;
   7
   8 BEGIN {
   9     use Bio::Root::Test;
  10     test_begin(
  11         -tests => 11,
  12     );
  13     use_ok('Bio::Root::IO');
  14     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Raxml');
  15     use_ok('Bio::AlignIO');
  16 }
  17
  18 END { unlink glob "RAxML_*.*"; }
  19
  20 ok(my $raxml = Bio::Tools::Run::Phylo::Raxml->new(-p => 100, -quiet => 1, -d => 1), "Make the object");
  21 isa_ok( $raxml, 'Bio::Tools::Run::Phylo::Raxml');
  22
  23 SKIP: {
  24     test_skip(
  25         -requires_executable => $raxml,
  26         -tests               => 6
  27     );
  28
  29     # The input could be an alignment file in phylip format
  30     my $alignfile = test_input_file("testaln.phylip");
  31     my $tree = $raxml->run($alignfile);
  32     ok( defined($tree), "Tree is defined" );
  33
  34         # The working directory could be different, i.e. -w set
  35         $raxml->w($raxml->tempdir);
  36         $tree = $raxml->run($alignfile);
  37     ok( defined($tree), "Tree is defined" );
  38         my $out = $raxml->w . '/RAxML_bestTree.' . $raxml->outfile_name;
  39         ok( -e $out, "File containing best tree exists in tempdir" );
  40
  41     # The input could be a SimpleAlign object
  42     my $alignio = Bio::AlignIO->new(
  43         -format => 'phylip',
  44         -file   => test_input_file('testaln.phylip')
  45     );
  46     my $alnobj = $alignio->next_aln;
  47
  48     $raxml = Bio::Tools::Run::Phylo::Raxml->new(-p => 100, -quiet => 1, -d => 1);
  49     $tree = $raxml->run($alnobj);
  50     ok( defined($tree), "Tree is defined" );
  51     my @nodes = $tree->get_nodes;
  52     is($#nodes,5, "Number of nodes is correct");
  53
  54     # Input is protein sequence alignment
  55     $alignio = Bio::AlignIO->new(
  56         -format => 'msf',
  57         -file   => test_input_file('cysprot.msf')
  58     );
  59     $alnobj = $alignio->next_aln;
  60
  61     $raxml = Bio::Tools::Run::Phylo::Raxml->new(-quiet => 1, -p => 100);
  62     my $ptree = $raxml->run($alnobj);
  63     ok( defined($ptree), "Tree is defined" );
  64 }