t/Pseudowise.t

   1 # $Id$
   2 # -*-Perl-*-
   3 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 18);
   9         use_ok('Bio::Tools::Run::Pseudowise');
  10         use_ok('Bio::Root::IO');
  11         use_ok('Bio::Seq');
  12 }
  13 my $DEBUG = test_debug();
  14
  15 #my @params = ('dymem', 'linear', 'kbyte', '5000','erroroffstd'=>1);
  16 my @params = ('erroroffstd'=>1,'-verbose' => $DEBUG,
  17               quiet => $DEBUG);
  18 my  $factory = Bio::Tools::Run::Pseudowise->new(@params);
  19 ok($factory);
  20
  21 SKIP:{
  22         test_skip(-requires_executable => $factory,
  23                           -tests => 14);
  24
  25         warn($factory->executable."\n") if $DEBUG;
  26         isa_ok $factory, 'Bio::Tools::Run::Pseudowise';
  27
  28         #test with one file with 3 sequences
  29         my $inputfilename = test_input_file("ps1.fa");
  30         my $seqstream = Bio::SeqIO->new(-file   => $inputfilename,
  31                                         -format => 'fasta');
  32         my $seq1 = $seqstream->next_seq();
  33         my $seq2 = $seqstream->next_seq();
  34         my $seq3 = $seqstream->next_seq();
  35
  36         my @feat = $factory->predict_genes($seq1, $seq2, $seq3);
  37         my $geneno = scalar(@feat);
  38         ok($geneno,1);
  39         my @subfeat = $feat[0]->sub_SeqFeature;
  40         my $exonno = scalar(@subfeat);
  41
  42         is($geneno, 1);
  43         is($exonno, 2);
  44         isa_ok($feat[0],"Bio::SeqFeatureI");
  45         isa_ok($subfeat[0],"Bio::SeqFeatureI");
  46         is($feat[0]->primary_tag, 'pseudogene');
  47         is($subfeat[0]->primary_tag, 'exon');
  48         is($feat[0]->start, 163);
  49         is($subfeat[0]->start, 163);
  50         is($feat[0]->end, 626);
  51         is($subfeat[0]->end, 213);
  52         is($subfeat[1]->start,585);
  53         is($subfeat[1]->end, 626);
  54 }