t/ProtPars.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use vars qw($DEBUG );
   5 $DEBUG = test_debug();
   6
   7 use strict;
   8 BEGIN {
   9     use Bio::Root::Test;
  10     test_begin(-tests => 11);
  11         use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars');
  12         use_ok('Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw');
  13 }
  14
  15 my @params = ('threshold'=>10,'jumble'=>'17,10',outgroup=>2,'idlength'=>10);
  16 my $tree_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars->new(@params);
  17 isa_ok $tree_factory,'Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars';
  18
  19 SKIP: {
  20         test_skip(-requires_executable => $tree_factory,
  21                           -tests => 8);
  22
  23         my $threshold = 5;
  24         $tree_factory->threshold($threshold);
  25
  26         my $new_threshold= $tree_factory->threshold();
  27         is $new_threshold, 5, "set factory parameter";
  28
  29         my $outgroup = 3;
  30         $tree_factory->outgroup($outgroup);
  31
  32         my $new_outgroup= $tree_factory->outgroup();
  33         is $new_outgroup, 3, "set factory parameter";
  34
  35         my $jumble = "7,5";
  36         $tree_factory->jumble($jumble);
  37
  38         my $new_jumble= $tree_factory->jumble();
  39         is $new_jumble, "7,5", "set factory parameter";
  40
  41         my $bequiet = 1;
  42         $tree_factory->quiet($bequiet);  # Suppress protpars messages to terminal
  43
  44         my $inputfilename = test_input_file("protpars.phy");
  45         my $tree;
  46
  47         $tree = $tree_factory->create_tree($inputfilename);
  48
  49         # have to sort the since there is polytomy here.
  50         my @nodes = sort { $a->id cmp $b->id } grep { $_->id } $tree->get_nodes();
  51         is ($nodes[2]->id, 'SINFRUP002',
  52                 "creating tree by protpars");
  53
  54         $inputfilename = test_input_file("cysprot1a.fa");
  55         @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM',
  56                    -verbose => -1);
  57         my  $align_factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
  58
  59         SKIP: {
  60                 test_skip(-requires_executable => $align_factory,
  61                                   -tests => 4);
  62
  63                 my $aln = $align_factory->align($inputfilename);
  64
  65                 $tree = $tree_factory->create_tree($aln);
  66
  67                 @nodes = sort { defined $a->id && defined $b->id && $a->id cmp $b->id } $tree->get_nodes();
  68                 is (scalar(@nodes),5, "creating tree by protpars");
  69
  70                 # test name preservation and restoration:
  71                 @params = ('threshold'=>10,'jumble'=>'7,5',outgroup=>2,'idlength'=>10);
  72                 $tree_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars->new(@params);
  73                 $tree_factory->quiet($bequiet);  # Suppress protpars messages to terminal
  74                 $inputfilename = test_input_file("longnames.aln");
  75                 my $aln2 = Bio::AlignIO->new(-file=>$inputfilename, -format=>'clustalw')->next_aln;
  76                 my ($aln_safe, $ref_name) = $aln2->set_displayname_safe(3);
  77                 my $tree2 = $tree_factory->create_tree($aln_safe);
  78                 @nodes = sort { $a->id cmp $b->id } $tree2->get_nodes();
  79                 is (scalar(@nodes),27,
  80                         "creating tree by protpars");
  81                 is ($nodes[12]->id, 'S01',"assign serial names");
  82                 foreach my $nd (@nodes){
  83                   $nd->id($ref_name->{$nd->id_output}) if $nd->is_Leaf;
  84                 }
  85                 is ($nodes[12]->id, 'Spar_21273',"restore original names");
  86         }
  87 }