t/Probalign.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 13);
   9
  10         use_ok('Bio::Tools::Run::Alignment::Probalign');
  11         use_ok('Bio::AlignIO');
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13         use_ok('Cwd', qw(cwd));
  14         use_ok('POSIX');
  15 }
  16
  17 END { unlink qw(cysprot.dnd cysprot1a.dnd) }
  18
  19 END {
  20         unlink('probalign.log', 'probalign.out');
  21 }
  22
  23 my @params = ();
  24 my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Probalign->new(@params);
  25 my $inputfilename = test_input_file('cysprot.fa');
  26 my $aln;
  27
  28 SKIP: {
  29     test_skip(-requires_executable => $factory,
  30               -tests => 8);
  31         my $version = $factory->version;
  32         cmp_ok ($version, '>=', 3.3,"Code tested only on probalign versions > 3.3" );
  33         $aln = $factory->align($inputfilename);
  34         ok($aln);
  35         is( $aln->num_sequences, 7);
  36
  37         my $str = Bio::SeqIO->new('-file' => $inputfilename,
  38                                   '-format' => 'Fasta');
  39         my @seq_array =();
  40
  41         while ( my $seq = $str->next_seq() ) {
  42                 push (@seq_array, $seq) ;
  43         }
  44
  45         my $seq_array_ref = \@seq_array;
  46
  47         $aln = $factory->align($seq_array_ref);
  48         is $aln->num_sequences, 7;
  49         my $s1_perid = POSIX::ceil($aln->average_percentage_identity);
  50         is($s1_perid == 43 || $s1_perid == 44, 1,
  51            'diff versions of PROBALIGN have different vals');
  52
  53         my $outfile = test_output_file();
  54         # add some more params
  55         @params = ('-outfile_name'      => $outfile);
  56         $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Probalign->new(@params);
  57         $aln = $factory->align($seq_array_ref);
  58         is $aln->num_sequences, 7;
  59         $s1_perid = POSIX::ceil($aln->average_percentage_identity);
  60         is($s1_perid == 43 || $s1_perid == 44, 1,
  61            'diff versions of PROBALIGN have different vals');
  62
  63
  64         $inputfilename = test_input_file("cysprot1a.fa");
  65         $aln = $factory->align($inputfilename);
  66         is $aln->num_sequences, 3;
  67         $s1_perid = POSIX::ceil($aln->average_percentage_identity);
  68
  69         is($s1_perid == 41 || $s1_perid == 42, 1,
  70            'diff versions of PROBALIGN have different vals');
  71 }