t/Primer3.t

   1 #-*-Perl-*-
   2 ## $Id$
   3
   4 # test for Bio::Tools::Run::Primer3
   5 # written by Rob Edwards
   6
   7 use strict;
   8
   9 BEGIN {
  10     use Bio::Root::Test;
  11     test_begin(-tests => 9,
  12                -requires_module => 'Clone');
  13     use_ok('Bio::Tools::Run::Primer3');
  14     use_ok('Bio::SeqIO');
  15 }
  16
  17 my ($seqio, $seq, $primer3, $args, $results, $num_results);
  18 $seqio=Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file('Primer3.fa'));
  19 $seq=$seqio->next_seq;
  20
  21 ok $primer3 = Bio::Tools::Run::Primer3->new(-seq=>$seq);
  22
  23 SKIP: {
  24     test_skip(-requires_executable => $primer3,
  25               -tests => 6);
  26     my $v = $primer3->version;
  27     skip("Primer3 wrapper only supports Primer3 v1", 6) if
  28         !defined $v || $v ge '1.2';
  29     $args = $primer3->arguments;
  30     is($$args{'PRIMER_SEQUENCE_ID'}, "(string, optional) an id. Optional. Note must be present if PRIMER_FILE_FLAG is set");
  31     ok $primer3->add_targets('PRIMER_SEQUENCE_ID'=>'test seq');
  32     ok $results = $primer3->run;
  33     is( $num_results = $results->number_of_results,5);
  34     is( $results->{input_options}->{PRIMER_SEQUENCE_ID},'test seq');
  35     like( $primer3->program_name, qr/primer3/, 'program_name');
  36 }