t/Primate.t

   1 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   2
   3 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   4 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   5
   6 use strict;
   7
   8 BEGIN {
   9     use Bio::Root::Test;
  10     test_begin(-tests => 8);
  11         use_ok('Bio::Tools::Run::Primate');
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my $verbose = 0;
  16
  17 my $query = test_input_file('primate_query.fa');
  18 my $target= test_input_file('primate_target.fa');
  19
  20 my @params = ("query" => $query,"target" => $target,"m"=>0,"b"=>"TRUE");
  21 my $fact = Bio::Tools::Run::Primate->new(@params);
  22
  23 SKIP: {
  24     test_skip(-requires_executable => $fact,
  25               -tests => 6);
  26
  27         isa_ok($fact,"Bio::Tools::Run::Primate");
  28         my @feat = $fact->search;
  29
  30         isa_ok ($feat[0],"Bio::SeqFeature::Generic");
  31
  32         is ($feat[2]->start,11);
  33         is ($feat[5]->end,33);
  34         is ($feat[6]->seq->seq,"TATTTCTAC");
  35         is ($feat[12]->strand,-1);
  36
  37 }