t/Phyml.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 46);
   9     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml');
  10     use_ok('Bio::AlignIO');
  11 }
  12
  13 # setup input files etc
  14 my $inputfilename = test_input_file("protpars.phy");
  15 ok (-e $inputfilename, 'Found protein input file');
  16
  17 my $factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml->new(-verbose => test_debug());
  18 isa_ok($factory, 'Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml');
  19
  20 # test default factory values
  21 is ($factory->program_dir, $ENV{'PHYMLDIR'}, 'program_dir returned correct default');
  22 is ($factory->program_name(), 'phyml', 'Correct exe default name');
  23
  24 is ($factory->data_format, 'i', 'data_format, default');
  25 is ($factory->data_format('s'), 's', 'data_format, sequential');
  26 is ($factory->data_format('i'), 'i', 'data_format, interleaved');
  27
  28 is ($factory->dataset_count, 1, 'dataset_count, default');
  29 is ($factory->dataset_count(2), 2, 'data_count, 2');
  30
  31 is ($factory->kappa, 'e', 'kappa, default');
  32 is ($factory->kappa(4), '4.0', 'kappa');
  33
  34 is ($factory->invar, 'e', 'invar, default');
  35 is ($factory->invar(.5), '0.5', 'invar');
  36
  37 is ($factory->category_number, 1, 'category_number, default');
  38 is ($factory->category_number(4), 4, 'category_number');
  39
  40 is ($factory->alpha, 'e', 'alpha, default');
  41 is ($factory->alpha(1.0), '1.0', 'alpha');
  42 is ($factory->alpha('e'), 'e', 'alpha');
  43
  44 is ($factory->tree, 'BIONJ', 'tree, default');
  45 # not a valid tree for this MSA, just testing
  46 my $mock_treefile = test_input_file("treefile.example");
  47 is ($factory->tree($mock_treefile), $mock_treefile, 'tree');
  48 is ($factory->tree('BIONJ'), 'BIONJ', 'tree');
  49
  50 # test the program itself
  51 SKIP: {
  52     test_skip(-requires_executable => $factory,
  53               -tests => 23);
  54
  55     cmp_ok $factory->version, '>', '2.4','version';
  56     # test version-specific parameters
  57     if ($factory->version >= 3 ) {
  58         is ($factory->data_type, 'aa', 'data_type, default');
  59         is ($factory->data_type('nt'), 'nt', 'data_type, dna');
  60         is ($factory->data_type('aa'), 'aa', 'data_type, aa');
  61
  62         is ($factory->model, 'LG', 'model, default');
  63
  64         is ($factory->opt, 'n', 'opt, default');
  65         is ($factory->opt('tl'), 'tl', 'opt_topology');
  66
  67         is ($factory->freq, undef, 'freq, default');
  68         is ($factory->freq('d'), 'd', 'freq');
  69
  70         is ($factory->search, 'NNI', 'search, default');
  71         is ($factory->search('SPR'), 'SPR', 'search');
  72
  73         is ($factory->rand_start, 0, 'rand_start, default');
  74         is ($factory->rand_start(1), 1, 'rand_start');
  75
  76         is ($factory->rand_starts, 1, 'rand_starts, default');
  77         is ($factory->rand_starts(10), 10, 'rand_starts');
  78
  79         cmp_ok $factory->rand_seed, '>=', 1, 'rand_seed, default';
  80         is ($factory->rand_seed(10), 10, 'rand_seed');
  81         $factory->search('NNI'); #to take the fastest option for running
  82
  83     } else { # version 2.4.4
  84
  85         is ($factory->data_type, '1', 'data_type, default');
  86         is ($factory->data_type('dna'), '0', 'data_type, dna');
  87         is ($factory->data_type('protein'), '1', 'data_type, protein');
  88
  89         is ($factory->model, 'JTT', 'model, default');
  90
  91         is ($factory->opt_topology, 'y', 'opt_topology, default');
  92         is ($factory->opt_topology('0'), 'n', 'opt_topology');
  93         is ($factory->opt_topology('1'), 'y', 'opt_topology');
  94
  95         is ($factory->opt_lengths, 'y', 'opt_lengths, default');
  96         is ($factory->opt_lengths('0'), 'n', 'opt_lengths');
  97         is ($factory->opt_lengths('1'), 'y', 'opt_lengths');
  98
  99         for (1..6) {ok 1;} # to have same number of tests for all versions
 100     }
 101 #    $factory->save_tempfiles(1);
 102 #    my $workdir = '/tmp/phyml_test';
 103 #    $factory->tempdir($workdir);
 104
 105     # using filename input
 106     my $tree = $factory->run($inputfilename);
 107     isa_ok($tree, 'Bio::Tree::Tree');
 108     my @leaves = $tree->get_leaf_nodes;
 109     is (@leaves, 3, 'Result tree from filename input had correct number of leaves');
 110
 111     if ($factory->version >= 3){
 112         is substr($factory->stats, 2, 9), "ooooooooo", 'stats()';
 113     } else { # PhyML v2
 114         is substr($factory->stats, 0, 9), "\n- PHYML ", 'stats()';
 115     }
 116
 117     is substr($factory->tree_string, 0, 9), 'BIONJ(SIN', 'tree_string()';
 118
 119
 120     # using AlignIO on a DNA MSA
 121     $inputfilename = test_input_file("dna_seqs1.phy");
 122     ok (-e $inputfilename, 'Found DNA input file');
 123
 124     my $alignio = Bio::AlignIO->new(-file => $inputfilename);
 125     my $aln = $alignio->next_aln;
 126
 127     my $alphabet;
 128     if ($factory->version >= 3){
 129         $alphabet = 'nt';
 130     } else {
 131         $alphabet = 'dna';
 132     }
 133
 134     #testing passing attributes to the constructor
 135     my %args = (
 136         -data_type => $alphabet,
 137         -model => 'JC69',
 138         -kappa => 4,
 139         -invar => 'e',
 140         -category_number => 4,
 141         -alpha => 'e',
 142         -tree => 'BIONJ',
 143         -verbose => 0
 144         );
 145
 146     $factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml->new(%args);
 147     $factory->save_tempfiles(1);
 148     $tree = $factory->run($aln);
 149     @leaves = $tree->get_leaf_nodes;
 150     is (@leaves, 5, 'Result tree from DNA SimpleAlign input had correct number of leaves');
 151 }