t/Phrap.t

   1 use strict;
   2
   3 # These tests will return similar warnings because of the incomplete status of
   4 # the Phrap parser:
   5 # --------------------- WARNING ---------------------
   6 # MSG: Adding non-nucleotidic sequence RFPERU_003_E10.x01.phd.1
   7 # ---------------------------------------------------
   8
   9 BEGIN {
  10     use Bio::Root::Test;
  11     test_begin(-tests => 127,
  12                -requires_modules => [qw(Bio::Tools::Run::Phrap)]);
  13     use_ok('Bio::SeqIO');
  14 }
  15
  16 my $assembler;
  17 ok($assembler = Bio::Tools::Run::Phrap->new());
  18 isa_ok($assembler, 'Bio::Tools::Run::Phrap');
  19
  20 ok($assembler->program_name('aaa'));
  21 is($assembler->program_name, 'aaa');
  22
  23 ok($assembler->program_dir('/dir'));
  24 is($assembler->program_dir, '/dir');
  25
  26 my @params = @Bio::Tools::Run::Phrap::program_params;
  27 for my $param (@params) {
  28   ok($assembler->$param(321));
  29   is($assembler->$param(), 321);
  30 }
  31
  32 my @switches = @Bio::Tools::Run::Phrap::program_switches;
  33 for my $switch (@switches) {
  34   ok($assembler->$switch(1));
  35   is($assembler->$switch(), 1);
  36 }
  37
  38 # test the program itself
  39 my $program_name = $Bio::Tools::Run::Phrap::program_name;
  40 ok($assembler->program_name($program_name));
  41 SKIP: {
  42     test_skip(-requires_executable => $assembler,
  43               -tests => 39);
  44
  45    # Input data
  46    my $result_file = 'results.phrap';
  47    my $fasta_file = test_input_file('sample_dataset_1.fa');
  48    my $qual_file  = test_input_file('sample_dataset_1.qual');
  49    my $io = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, -format => 'fasta' );
  50    my @seq_arr;
  51    while (my $seq = $io->next_seq) {
  52       push @seq_arr, $seq;
  53    }
  54    $io = Bio::SeqIO->new( -file => $qual_file, -format => 'qual' );
  55    my @qual_arr;
  56    while (my $qual = $io->next_seq) {
  57       push @qual_arr, $qual;
  58    }
  59
  60    my $asm;
  61    ok($assembler = Bio::Tools::Run::Phrap->new());
  62
  63    # Try FASTA or sequence object input
  64    ok($asm = $assembler->run($fasta_file));
  65    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  66    is($asm->get_nof_singlets, 191);
  67    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  68
  69    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  70    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  71    is($asm->get_nof_singlets, 191);
  72    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  73
  74    # Try optional quality score input as a QUAL file or bioperl objects
  75    ok($asm = $assembler->run($fasta_file, $qual_file));
  76    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  77    is($asm->get_nof_singlets, 191);
  78    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  79
  80    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr, \@qual_arr));
  81    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  82    is($asm->get_nof_singlets, 191);
  83    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  84
  85    # Try the different output types
  86    ok($assembler->out_type($result_file));
  87    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  88    ok($asm eq $result_file);
  89    is((-f $asm), 1);
  90    unlink $result_file;
  91
  92    ok($assembler->out_type('Bio::Assembly::IO'));
  93    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  94    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::IO');
  95    ok($asm->next_assembly);
  96
  97    ok($assembler->out_type('Bio::Assembly::ScaffoldI'));
  98    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  99    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
 100    is($asm->get_nof_singlets, 191);
 101    is($asm->get_nof_contigs, 3);
 102
 103    # Try some Phrap specific parameters
 104    ok($assembler->minmatch(1000));
 105    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 106    is($asm->get_nof_singlets, 194);
 107    is($asm->get_nof_contigs, 2);
 108
 109    ok($assembler->minmatch(1000));
 110    ok($assembler->minscore(100));
 111    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 112    is($asm->get_nof_singlets, 194);
 113    is($asm->get_nof_contigs, 2);
 114
 115 }