t/PhastCons.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 181,
   9                -requires_modules => [qw(Clone)]);
  10     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons');
  11     use_ok('Bio::AlignIO');
  12     use_ok('Bio::TreeIO');
  13     use_ok('Bio::DB::Taxonomy');
  14
  15 }
  16
  17 # setup input files etc
  18 my $alignfilename = test_input_file("apes.multi_fasta");
  19 my $treefilename = test_input_file("apes.newick");
  20 ok (-e $alignfilename, 'Found input alignment file');
  21 ok (-e $treefilename, 'Found input tree file');
  22
  23 my $factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons->new(-verbose => -1,
  24                                                             -quiet => 1,
  25                                                             '-expected-length' => 3,
  26                                                             Target_coverage => 0.286,
  27                                                             '--rho' => 0.01);
  28 isa_ok($factory, 'Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons');
  29 ok $factory->can('ignore_missing'), 'has a created method not in args';
  30 is $factory->expected_length, 3, 'dashed parameter with internal dash was set';
  31 ok ! $factory->can('Target_coverage'), "wrong-case method wasn't created";
  32 is $factory->target_coverage, 0.286, 'dashless wrong-case parameter was set';
  33 is $factory->C, 0.286, 'synonym installed and accessed primary value';
  34 is $factory->rho, 0.01, 'double-dashed parameter was set';
  35
  36 # test default factory values
  37 is ($factory->program_dir, $ENV{'PHASTDIR'}, 'program_dir returned correct default');
  38 is ($factory->program_name(), 'phastCons', 'Correct exe default name');
  39
  40 # test the program itself
  41 SKIP: {
  42     test_skip(-requires_executable => $factory,
  43               -tests => 166);
  44
  45     # using filename input
  46     ok my @result1 = $factory->run($alignfilename, $treefilename), 'got results using filename input';
  47
  48     # using SimpleAlign and Bio::Tree::Tree input
  49     my $alignio = Bio::AlignIO->new(-file => $alignfilename);
  50     my $aln = $alignio->next_aln;
  51     $aln->id('apes');
  52     my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => -1, -file => $treefilename);
  53     my $tree = $treeio->next_tree;
  54     ok my @result2 = $factory->run($aln, $tree), 'got results using object input';
  55
  56     # using database to generate species tree
  57     my $tdb = Bio::DB::Taxonomy->new(-source => 'flatfile',
  58         -directory => test_output_dir(),
  59         -nodesfile => test_input_file('taxdump','nodes.dmp'),
  60         -namesfile => test_input_file('taxdump','names.dmp'));
  61
  62     ok my @result3 = $factory->run($aln, $tdb), 'got results using db input';
  63
  64     is_deeply \@result1, \@result2, 'results same for file and object input';
  65     is_deeply \@result1, \@result3, 'results same for file and db input';
  66
  67     # test the results
  68     my @apes = qw(human chimpanzee Cross_river_gorilla orangutan common_gibbon crested_gibbon siamang mountain_gorilla Hoolock_gibbon silvery_gibbon);
  69     is @result1, 20, 'correct number of results';
  70     foreach my $expected (['apes.1', 10, 14], ['apes.2', 26, 30]) {
  71         foreach my $i (0..9) {
  72             my $feat = shift(@result1);
  73             isa_ok $feat, 'Bio::SeqFeature::Annotated';
  74             is $feat->seq_id, $apes[$i], 'correct seq_id';
  75             is $feat->source->value, 'phastCons', 'correct source';
  76             is ${[$feat->annotation->get_Annotations('Name')]}[0]->value, ${$expected}[0], 'correct feature name';
  77             is $feat->start, ${$expected}[1], 'correct feature start';
  78             is $feat->end, ${$expected}[2], 'correct feature end';
  79             is $feat->score, 6, 'correct feature score';
  80             is $feat->strand, 1, 'correct feature strand';
  81         }
  82     }
  83 }