t/Pal2Nal.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 9);
   9     use_ok('Bio::Tools::Run::Alignment::Pal2Nal');
  10 }
  11
  12 # setup input files etc
  13 my $nucleotide_filename = test_input_file('pal2nal.nuc');
  14 my $protein_alignfilename = test_input_file('pal2nal.aln');
  15 my $mxlib = test_input_file('transfac.dat');
  16
  17 my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Pal2Nal->new();
  18
  19 isa_ok($factory, 'Bio::Tools::Run::Alignment::Pal2Nal');
  20
  21 # test default factory values
  22 is ($factory->program_dir, $ENV{'PAL2NALDIR'}, 'program_dir returned correct default');
  23 is ($factory->program_name(), 'pal2nal.pl', 'Correct exe default name');
  24
  25 # test the program itself
  26 SKIP: {
  27         test_skip(-requires_executable => $factory,
  28                   -tests => 5);
  29
  30         # Run Pal2Nal with a protein alignment file and a multi-fasta nucleotide
  31         # file
  32         ok my $aln1 = $factory->run($protein_alignfilename, $nucleotide_filename);
  33
  34         # or with Bioperl objects
  35         use_ok('Bio::AlignIO');
  36         use_ok('Bio::SeqIO');
  37         my $ai = Bio::AlignIO->new(-file => $protein_alignfilename);
  38         my $protein_bio_simplalign = $ai->next_aln;
  39         my $si = Bio::SeqIO->new(-file => $nucleotide_filename, -format => 'fasta');
  40         my $nucleotide_bio_seq1 = $si->next_seq;
  41         my $nucleotide_bio_seq2 = $si->next_seq;
  42         ok my $aln2 = $factory->run($protein_bio_simplalign,
  43                                                                 [$nucleotide_bio_seq1, $nucleotide_bio_seq2]);
  44
  45         is_deeply($aln1, $aln2);
  46 }