t/Newbler.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use Bio::Root::Test;
   5     use File::Basename;
   6     test_begin(-tests => 98,
   7                -requires_modules => [qw(IPC::Run Bio::Tools::Run::Newbler)]);
   8     use_ok('Bio::SeqIO');
   9 }
  10
  11 my $assembler;
  12 ok($assembler = Bio::Tools::Run::Newbler->new());
  13 isa_ok($assembler, 'Bio::Tools::Run::Newbler');
  14
  15 ok($assembler->program_name('aaa'));
  16 is($assembler->program_name, 'aaa');
  17
  18 ok($assembler->program_dir('/dir'));
  19 is($assembler->program_dir, '/dir');
  20
  21 my @params = @Bio::Tools::Run::Newbler::program_params;
  22 for my $param (@params) {
  23   ok($assembler->$param(321));
  24   is($assembler->$param(), 321);
  25 }
  26
  27 my @switches = @Bio::Tools::Run::Newbler::program_switches;
  28 for my $switch (@switches) {
  29   ok($assembler->$switch(1));
  30   is($assembler->$switch(), 1);
  31 }
  32
  33 # Test that weird types of input will make it to the assembler
  34 my $fasta_file = test_input_file('sample_dataset_1.fa');
  35 my $input_file = $fasta_file;
  36 my $input_dir  = dirname($fasta_file);
  37 my $mid_prefix = 'mi2d@';
  38 my $combo_file = $mid_prefix.$input_file;
  39 my $combo_dir  = $mid_prefix.$input_dir;
  40 ok($assembler->_check_sequence_input($input_file));
  41 ok($assembler->_check_sequence_input($input_dir));
  42 ok($assembler->_check_sequence_input($combo_file));
  43 ok($assembler->_check_sequence_input($combo_dir));
  44
  45 # Test the Newbler assembler program itself
  46 my $program_name = $Bio::Tools::Run::Newbler::program_name;
  47 ok($assembler->program_name($program_name));
  48 SKIP: {
  49     test_skip(-requires_executable => $assembler,
  50               -tests => 46);
  51
  52    # Input data
  53    my $result_file = 'results.ace';
  54    my $qual_file  = test_input_file('sample_dataset_1.qual');
  55    my $io = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, -format => 'fasta' );
  56    my @seq_arr;
  57    while (my $seq = $io->next_seq) {
  58       push @seq_arr, $seq;
  59    }
  60    $io = Bio::SeqIO->new( -file => $qual_file, -format => 'qual' );
  61    my @qual_arr;
  62    while (my $qual = $io->next_seq) {
  63       push @qual_arr, $qual;
  64    }
  65
  66    my $asm;
  67    ok($assembler = Bio::Tools::Run::Newbler->new());
  68
  69    # Try FASTA or sequence object input
  70    ok($asm = $assembler->run($fasta_file));
  71    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  72    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  73    is($asm->get_nof_contigs, 2);
  74
  75    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  76    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  77    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  78    is($asm->get_nof_contigs, 2);
  79
  80    # Try optional quality score input as a QUAL file or bioperl objects
  81    ok($asm = $assembler->run($fasta_file, $qual_file));
  82    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  83    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  84    is($asm->get_nof_contigs, 2);
  85
  86    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr, \@qual_arr));
  87    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  88    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  89    is($asm->get_nof_contigs, 2);
  90
  91    # Try the different output types
  92    ok($assembler->out_type($result_file));
  93    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  94    ok($asm eq $result_file);
  95    is((-f $asm), 1);
  96    unlink $result_file;
  97
  98    ok($assembler->out_type('Bio::Assembly::IO'));
  99    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 100    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::IO');
 101    is($asm->{'variant'}, '454', 'ACE 454 variant');
 102    ok($asm->next_assembly);
 103
 104    ok($assembler->out_type('Bio::Assembly::ScaffoldI'));
 105    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 106    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
 107    is($asm->get_nof_singlets, 0);
 108    is($asm->get_nof_contigs, 2);
 109
 110    # Try some Newbler specific parameters
 111    ok($assembler->expected_depth(2.1));
 112    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 113    is($asm->get_nof_singlets, 0);
 114    is($asm->get_nof_contigs, 2);
 115
 116    ok($assembler->min_ovl_length(1000));
 117    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 118    is($asm->get_nof_singlets, 0);
 119    # We really expect 0 contigs... must be a bug in Newbler!
 120    #is($asm->get_nof_contigs, 0);
 121    is($asm->get_nof_contigs, 2);
 122
 123    ok($assembler->min_ovl_identity(100));
 124    ok($assembler->min_ovl_length(1));
 125    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 126    is($asm->get_nof_singlets, 0);
 127    is($asm->get_nof_contigs, 0);
 128
 129    # Function alias
 130    ok($assembler->minimum_overlap_similarity(100));
 131    ok($assembler->minimum_overlap_length(20));
 132 }