t/Minimo.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use Bio::Root::Test;
   5     test_begin(-tests => 72,
   6                -requires_modules => [qw(IPC::Run Bio::Tools::Run::Minimo)]);
   7     use_ok('Bio::SeqIO');
   8 }
   9
  10 my $assembler;
  11 ok($assembler = Bio::Tools::Run::Minimo->new());
  12 isa_ok($assembler, 'Bio::Tools::Run::Minimo');
  13
  14 ok($assembler->program_name('aaa'));
  15 is($assembler->program_name, 'aaa');
  16
  17 ok($assembler->program_dir('/dir'));
  18 is($assembler->program_dir, '/dir');
  19
  20 my @params = @Bio::Tools::Run::Minimo::program_params;
  21 for my $param (@params) {
  22   ok($assembler->$param(321));
  23   is($assembler->$param(), 321);
  24 }
  25
  26 my @switches = @Bio::Tools::Run::Minimo::program_switches;
  27 for my $switch (@switches) {
  28   ok($assembler->$switch(1));
  29   is($assembler->$switch(), 1);
  30 }
  31
  32 # test the program itself
  33 my $program_name = $Bio::Tools::Run::Minimo::program_name;
  34 ok($assembler->program_name($program_name));
  35 SKIP: {
  36     test_skip(-requires_executable => $assembler,
  37               -tests => 48);
  38
  39    # Input data
  40    my $result_file = 'results.ace';
  41    my $fasta_file = test_input_file('sample_dataset_1.fa');
  42    my $qual_file  = test_input_file('sample_dataset_1.qual');
  43    my $io = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, -format => 'fasta' );
  44    my @seq_arr;
  45    while (my $seq = $io->next_seq) {
  46       push @seq_arr, $seq;
  47    }
  48    $io = Bio::SeqIO->new( -file => $qual_file, -format => 'qual' );
  49    my @qual_arr;
  50    while (my $qual = $io->next_seq) {
  51       push @qual_arr, $qual;
  52    }
  53
  54    my $asm;
  55    ok($assembler = Bio::Tools::Run::Minimo->new());
  56
  57    # Try FASTA or sequence object input
  58    ok($assembler->min_len(20));
  59    ok($assembler->min_ident(50));
  60    ok($asm = $assembler->run($fasta_file));
  61    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  62    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  63    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  64
  65    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  66    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  67    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  68    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  69
  70    # Try optional quality score input as a QUAL file or bioperl objects
  71    ok($asm = $assembler->run($fasta_file, $qual_file));
  72    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  73    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  74    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  75
  76    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr, \@qual_arr));
  77    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  78    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  79    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  80
  81    # Try the different output types
  82    ok($assembler->out_type($result_file));
  83    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  84    ok($asm eq $result_file);
  85    is((-f $asm), 1);
  86    unlink $result_file;
  87
  88    ok($assembler->out_type('Bio::Assembly::IO'));
  89    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  90    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::IO');
  91    ok($asm->next_assembly);
  92
  93    ok($assembler->out_type('Bio::Assembly::ScaffoldI'));
  94    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  95    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  96    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  97    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  98
  99    # Try some Minimo specific parameters
 100    ok($assembler->bad_qual(30));
 101    ok($assembler->aln_wiggle(3));
 102    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 103    is($asm->get_nof_singlets, 0);
 104    is($asm->get_nof_contigs, 3);
 105
 106    ok($assembler->min_len(1000));
 107    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 108    is($asm->get_nof_singlets, 0);
 109    is($asm->get_nof_contigs, 0);
 110
 111    ok($assembler->min_len(20));
 112    ok($assembler->min_ident(100));
 113    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 114    is($asm->get_nof_singlets, 0);
 115    is($asm->get_nof_contigs, 0);
 116
 117    # Function alias
 118    ok($assembler->minimum_overlap_similarity(100));
 119    ok($assembler->minimum_overlap_length(20));
 120 }