t/Meme.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 25);
   9     use_ok('Bio::Tools::Run::Meme');
  10 }
  11
  12 # setup input files
  13 my $seq1_file = test_input_file('fasta.fa');
  14 my $seq2_file = test_input_file('lagan_dna.fa');
  15 my $seq3_file = test_input_file('new_dna.fa');
  16
  17 # object setup and testing
  18 my $factory = Bio::Tools::Run::Meme->new(-verbose => -1,
  19                                          -quiet => 1,
  20                                          -mod => 'oops',
  21                                          -dna => 1);
  22
  23 isa_ok($factory, 'Bio::Tools::Run::Meme');
  24 ok $factory->can('nmotifs'), 'has a created method not in args';
  25 is $factory->mod, 'oops', 'mod param was set';
  26 ok $factory->dna, 'dna switch was set';
  27
  28 is ($factory->program_dir, $ENV{'MEME_BIN'}, 'program_dir returned correct default');
  29 is ($factory->program_name(), 'meme', 'Correct exe default name');
  30
  31 # test the program itself
  32 SKIP: {
  33     test_skip(-tests => 18,
  34               -requires_executable => $factory);
  35
  36     use_ok('Bio::SeqIO');
  37     my $si = Bio::SeqIO->new(-file => $seq1_file, -format => 'fasta');
  38     ok my $seq1 = $si->next_seq;
  39     $si = Bio::SeqIO->new(-file => $seq2_file, -format => 'fasta');
  40     ok my $seq2 = $si->next_seq;
  41     $si = Bio::SeqIO->new(-file => $seq3_file, -format => 'fasta');
  42     ok my $seq3 = $si->next_seq;
  43
  44     # get an alignio given seq objects
  45     ok my $alignio = $factory->run($seq1, $seq2, $seq3);
  46     my $aligns = 0;
  47     while (my $align = $alignio->next_aln) {
  48         $aligns++;
  49
  50         is $align->score, '1.3e+002';
  51         is $align->length, 20;
  52
  53         my @expected = (['sequence_10', 738], ['Scaffold_2042.1', 787], ['SINFRUT00000067802', 941]);
  54
  55         my $seqs = 0;
  56         foreach my $seq ($align->each_seq) {
  57             $seqs++;
  58
  59             my @answers = @{shift @expected};
  60             is $seq->id, shift @answers;
  61             is $seq->start, shift @answers;
  62             is $seq->strand, 1;
  63         }
  64         is $seqs, 3;
  65     }
  66     is $aligns, 1;
  67
  68     # get a Bio::Map::Prediction
  69     # ...
  70 }