t/Mdust.t

   1 use strict;
   2 use vars qw($NUMTESTS);
   3 BEGIN {
   4     use Bio::Root::Test;
   5     test_begin(-tests => 5);
   6         use_ok('Bio::Tools::Run::Mdust');
   7         use_ok('Bio::SeqIO');
   8 }
   9
  10 my $input = Bio::SeqIO->new( -file      => test_input_file('NM_002254.gb'),
  11                              -format    => 'Genbank' );
  12
  13 my $seq = $input->next_seq;
  14
  15 my $mdust = Bio::Tools::Run::Mdust->new(
  16                                         -target         => $seq,
  17                                         );
  18 isa_ok $mdust, "Bio::Tools::Run::Mdust";
  19
  20 SKIP: {
  21         test_skip(-requires_executable => $mdust,
  22                           -tests => 2);
  23
  24         $mdust->run;
  25
  26         my @excluded = grep { $_->primary_tag eq 'Excluded' } $seq->top_SeqFeatures;
  27
  28         is (scalar(@excluded),3);
  29
  30         my $input2 = Bio::SeqIO->new( -file     => test_input_file('NM_002254.tfa'),
  31                                           -format       => 'Fasta');
  32
  33         my $seq2 = $input2->next_seq;
  34
  35         $mdust->coords(0);
  36         my $masked = $mdust->run($seq2);
  37
  38         like $masked->seq, qr/N+/;
  39 }